化疗药物在肿瘤的治疗过程中，虽然杀伤了肿瘤细胞，但对人体正常细胞如骨髓细胞、胃肠道黏膜细胞、皮肤黏膜等也有相当程度地损伤。
临床化疗过程中常出现的毒副作用有：骨髓抑制、胃肠道反应、脱发、免疫力下降、炎症反应、心脏毒性、肾脏毒性、肺纤维化、膀胱炎、神经系统毒性、肝脏毒性等。对于儿童来说，除上述的副作用还可能对体格发育及生殖细胞的发育产生不良影响。
但是大多数化疗的副作用对孩子身体的影响一般是较为短暂的，而且在一定程度上是可以预防和治疗的。例如，在化疗期间食用软食、易消化的清洁食物以及少食多餐就可减轻化疗后的恶心、呕吐等胃肠道反应，如果配合镇吐药物则效果更佳。
为了预防身体其他器官的损伤，可以通过饮水、输注大量的液体促进化疗药物的排出，应用保护心脏、肝脏、营养末梢神经等药物预防或治疗并发症。
至于化疗引起的免疫力下降、身体虚弱及血细胞下降等副作用可以应用免疫疗法、促进血细胞生成和抗感染、支持治疗等疗法。
与化疗相比，放疗的副作用主要表现在乏力、皮肤黏膜损伤、饮食下降、恶心、呕吐、发热、脱发及骨髓抑制等方面。
其预防的主要方法是放疗前禁食，当天食用清淡饮食，保证充足的睡眠，衣物柔软舒适，照射部位避免物理和化学刺激。放疗引起的骨髓抑制可以通过间歇性的放疗使骨髓造血功能得以恢复。
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