北宋年间，大内文官黄裳因雕刻《道藏》而领悟一套绝世神功，其后为朝廷征讨明教，因一时之气孤身上了明教连杀数位法王、使者后，全家遭中原武林门派高手所杀，他自己带着重伤之身逃到了深山之中，闭关四十多年，总结自身武功，汇成一部《九阴真经》秘籍。其后多年，真经重现武林，引发一场武林豪杰，全真王重阳、东邪黄药师、西毒欧阳锋、南帝一灯大师、北丐洪七公等相约华山论剑，这部秘籍最终为王重阳所得，后经辗转，落入郭靖、黄蓉手里。
其时宋、蒙大战，襄阳不可守，郭靖、黄蓉夫妇为了给后世江湖侠义之辈留一线希望，遂将《武穆遗书》、《九阴真经》等藏于刀剑之中。百年后，峨眉传人周芷若从灭绝师太口中得知了刀剑秘密，后用计从张无忌手中偷得倚天剑、屠龙记，按着刀剑上图谱所示，上了桃花岛，《九阴真经》这部秘籍经过一百多年的颠沛流离，终于落入了她手里。
得到秘籍后的周芷若几乎发了疯，手段极其残忍，所谓多行不义必自毙，周芷若最终还是被张无忌阴差阳错下化掉了体内的《九阴真经》内力，而她怀里的《九阴真经》秘籍也被赵敏顺手牵羊拿走了，自此，《九阴真经》又落入了张无忌手里，自《倚天屠龙记》结束后，这部秘籍终于失去了踪迹。
《九阴真经》、《九阳真经》乃金庸笔下两部绝世秘籍，学会任何一部，都足以傲视武林，所谓“阴阳合一”，因此许多读者往往很想见一见练了《九阴真经》、《九阳真经》的人的武功水平会达到什么境界，可惜张无忌还是让读者失望了，小说结尾他并未修炼《九阴真经》上的武功。张无忌体内的“九阳神功”十分了得，天下武功均不离其藩篱，而“乾坤大挪移”又是天下运劲使力的不二法门，按理说两套神功合在一起，他可以复制任何武学，可为何他没学《九阴真经》呢？
张无忌本人已经说出了答案，当日赵敏将真经交给张无忌，张无忌读完之后有了这样一番感慨：
张无忌随手翻阅《九阴真经》，读了几页，只觉文义深奥，一时难解，然决非阴毒邪辟的武学，说道：“这经上所载武功，其实极是精深，依法修炼，一二十年之后，相信成就非同小可，若是只求速成，学得一些皮毛，那就害人害己了。”
按张无忌所讲，要想《九阴真经》大成，必须修炼一二十年之后才能有非凡成就，如此一来便可以解释为何张无忌没有修炼了，他体内的九阳神功已经够用，又何必再花一二十年的时间去修炼《九阴真经》呢？所谓月盈则亏，人生又何必太圆满？
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