九月二十九日，因为陈霸先消灭了王僧辩。背靠北齐即位仅四个月的萧渊明不得不宣布退位，群臣一齐向晋安王萧方智上表，劝说他登基称帝。十月二日，萧方智正式登基即位，大赦，改元绍泰，以萧渊明为司徒，封建安公。向北齐派出使者说;"王僧辩阴谋作乱，已经伏诛。"并请求继续向北齐称臣，永做北齐的附属国。北齐朝廷派遣行台司马恭与南梁使者在历阳结下盟约。萧方智就是南梁最后一位皇帝梁敬帝。十月五日，南梁朝廷任命陈霸先为尚书令、都督中外诸军事、车骑将军、扬南徐二州刺史。
十月六日，又任命宜丰侯萧循为太保，建安公萧渊明为太傅，曲江侯萧勃为太尉，王琳为车骑将军、开府仪同三司。北齐军队撤离郢城以后，萧循占领了郢城，被任命为郢州刺史;萧勃仍然是广州刺史;王琳时任湘州刺史;这三位已俨然小的割据势力，他们虽然都与后梁的萧誉政权为敌，但对陈霸先拥立的南梁萧方智态度暧昧，南梁朝廷此举也有拉拢他们的意思。不久，南梁朝廷征召萧循、萧勃入京，萧循与萧勃均不从命。
杜龛身为王僧辩的女婿，王僧辩把他安排在吴兴（浙江省湖州市），其实就是为了监视陈霸先。吴兴又是陈霸先的老家，杜拿素来看不起陈霸先，经常制裁陈霸先家族里的人，早已引起陈霸先的不满。等到陈霸先决心偷袭王僧辩之前，他也提前让侄儿陈倩秘密回到吴兴老家长城（浙江省长兴县），修筑木栅，做好迎击杜龛的准备。王僧辩被杀的消息传来，杜龛占据吴兴抗拒陈霸先，义兴（江苏省宜兴市）太守韦载、吴郡（江苏省苏州市）太守王僧智也起兵响应。
陈蓓来到长城，才招募了数百人，杜龛就已经派部将杜泰率领五千精兵突然杀来。陈倩下属都大惊失色，而陈猜却不慌不忙，从容部署军队，看到主帅这样，下属们这才安定了下来。杜泰率军不分昼夜向陈蓓的营垒发起猛攻，但接连进攻了数十天依然无法攻下，只好撤退。陈霸先在偷袭王僧辩的同时，即命令周文育率军奔袭义兴，周文育还未到义兴，就被韦载发觉，韦载闭城固守。义兴所属各县的军队都是陈霸先的旧部，擅长使用弩箭，韦载把他们集中起来，挑选了数十人，用长铁链锁住，命令亲信在一旁监视，让这些人朝周文育的部队射击，并约定∶"射十发只要有两发射不中的，格杀勿论!"在韦载的严令下，这些人是百发百中，将周文育部队的进攻气焰打了下去。看到周文育的部队退去后，韦载这才下令在义兴城外沿着河水修筑工事，两军相持了数十天之久。
杜龛派堂弟杜北叟率军出战，被击败后，杜北叟逃到了义兴。陈霸先听说周文育出师不利，上书梁敬帝请求亲自率军东征，留下侯安都、杜棱镇守建康。十月二十七日，陈霸先率军抵达了义兴，二十九日，即攻克了韦载在城外修筑的堡垒。谯、秦二州刺史徐嗣徽的堂弟徐嗣先是王僧辩的外甥，王僧辩死后，徐嗣先投奔徐嗣徽，徐嗣徽献出州郡，向北齐投降。等到陈霸先率领主力东征以后，京师空虚，徐嗣徽暗中联络南豫州刺史任约，率领五千精锐部队乘虚偷袭建康。就在陈霸先刚刚攻破义兴城外工事时，徐嗣徽和任约的军队也一举攻克了建康城外的石头城，侦察骑兵一直进抵宫城城下。侯安都连夜备战，快天明的时候，徐嗣徽等人又率部杀到城下。侯安都率领三百名将士打开东西掖门出战，大破敌人，徐嗣徽等人仓皇挑回石头城，从此不敢再进逼宫城。
韦载的同族弟弟韦蝴是陈霸先的参军，陈霸先派他入城说服韦载，十月三十日，在陈霸先抵达义兴三天后，韦载、杜北叟即出城投降。陈霸先对二人厚加安抚，任命韦期为监义兴郡，把韦载留在自己身边，充当参谋。神速平定义兴后，建康危急的消息也传来了，陈霸先命令周文育率军继续南下讨伐杜龛，他自己则率军倍道兼行，火速折返建康。将军黄他率领另外一部人马进攻吴郡的王僧智，也没有攻下来，陈霸先又派遣宁远将军裴忌增援。裴忌挑选出精兵，从钱塘（浙江省杭州市）向吴郡（江苏省苏州市）扑来，深夜来到吴郡城下，在城外擂起战鼓，大声呐喊，王僧智也风闻义兴投降的消息，认为陈霸先的大军已经到了，吓得魂不附体，慌慌忙忙逃出城去，逃往吴兴（浙江省湖州市）。裴忌遂进入吴郡，陈霸先顺势任命他为吴郡太守。
当徐嗣徽、任约南下的同时，已请求北齐发兵支援。十一月二日，北齐派遣五千人马渡过长江，占领了姑熟（安徽省当涂县），支援徐嗣徽和任约。陈霸先命令合州刺史徐度在冶城（江苏省南京市西南）修筑防御工事。十一月三日，北齐又派遣安州刺史翟子崇、楚州刺史刘士荣、淮州刺史柳达摩率领一万军队从石头城对面的胡墅给石头城内的徐嗣徽和任约运来三万石米、一千匹战马。
陈霸先向韦载征询对策，韦载回答∶"北齐军队如果分兵进攻切断京师与三吴之间的联系，夺取三吴之地的话，则大事去矣。如今，要立即在秦淮河南岸构筑防御工事，以保障与三吴地区之间联络的畅通，再分出一部分兵力切断敌人的粮道，不出十日，北齐军主将的人头就能到手。"陈霸先听从了。
十一月六日，陈霸先命令侯安都夜袭胡墅，焚烧了一千多艘北齐战舰，又命令仁威将军周铁虎切断了北齐军的粮道，生擒北齐北徐州刺史张领州。陈霸先还命令韦载整修大航（朱雀桥）旁边侯景残存的堡垒，令杜棱率军驻守在那里。北齐军队在石头城的仓门外面和秦淮河南岸构筑了两座营垒，与南梁军队相持。十一月十五日，北齐大都督萧轨领兵驻扎在长江北岸。
十一月二十七日，徐嗣徽等人进攻南梁冶城营垒，陈霸先率领精锐部队从台城西明门出击，大破徐嗣徽等人。失败后，徐嗣徽留下柳达摩等人守住石头城，亲自前往采石（安徽省当涂县北长江渡口）迎接北齐援军。
十二月七日，侯安都率军渡过长江，奔袭秦郡，击破徐嗣徽的老巢，生擒数百人。侯安都的军队闯入徐嗣徽的私宅，搜出他的琵琶和猎鹰，派人送给身在前线的徐嗣徽，并称∶"昨天在弟弟家里得到这些东西，现在如数奉还。"徐嗣徽见状大惊。十二月十日，陈霸先正对着冶城修筑浮桥，南梁军队从浮桥上全部渡过了秦淮河，进攻徐嗣徽在秦淮河南岸的两座营垒。石头城守将柳达摩等人率军也渡过秦淮河迎战，陈霸先都督各军朝敌人发起猛攻，南梁军纵火焚烧了北齐军队的木栅，北齐军大败，争先恐后地抢夺船只逃命，被水淹死了上千人，北齐军的战舰全部被南梁军缴获。
当天，徐嗣徽与任约引导一万余名北齐军队，准备回到石头城，陈霸先提前派兵驻扎在江宁，占据了险要位置。徐嗣徽等人不敢继续前进，停留在江宁浦口（江苏省南京市长江对岸），陈霸先派侯安都率领水军将其击破，徐嗣徽等人落荒而逃，南梁军又大获全胜。
十二月十三日，陈霸先率军从四面八方对石头城发起了总攻，城内没有水源，一升水能卖到一匹绢的价钱。十二月十四日，柳达摩派侯子钦、刘仕荣等人求和，但请求陈霸先送来人质。当时，建康城内非常空虚，粮道也未完全畅通，很多大臣都建议与北齐和解，并请求将陈霸先的侄儿陈昙朗送给北齐人当人质。陈霸先说∶ "现在诸位大人们打算与北齐人实现和解，如果我违背了大家的意见，大家会说我是心疼陈昙朗，却不以国家为重，因此，我决定把陈昙朗送给敌人当人质。北齐人言而无信，我们这么做，他们会认为我们软弱，肯定会违背盟约的。北齐如果再次入侵，你们大家可要替我殊死搏杀啊!"遂以侄儿陈昙县朗、永嘉王萧庄、丹阳尹王冲的儿子王氓为人质，与北齐人在建康城外结下盟约。
《北齐书·萧明传》称;"霸先奉表朝廷，云僧辩阴谋篡逆，故诛之。方智请称臣，永为藩国，齐遣行台司马恭及梁人盟于历阳。"就是记载的此事。十二月十五日，陈霸先率领南梁军在石头城南门列下阵势，送北齐人撤离，徐嗣徽和任约也都逃奔北齐。陈霸先缴获了北齐军留下的马匹、武器、战舰、粮食，不计其数。北齐合州长史乌丸远从南州（安徽省和县长江小岛）逃回历阳（安徽省和县）。北齐文宣帝高洋得知柳达摩损兵折将，又与南梁结盟，不禁大怒，诛杀了柳达摩。
陈昙朗当时为监南徐州事，陈霸先担心陈昙朗不愿北去，亲自率领军队回到京口，等于是把他押回建康，然后送给了北齐。
显然，此时陈霸先并不想与北齐为敌，他试图将诛杀王僧辩事件带来的影响尽可能限定在南梁内部权力斗争的范围，仍然继承了王僧辩的与北齐和好的对外政策，这当然是陈霸先审时度势的结果，史书上将陈霸先这一举动描写成是在南梁群臣的压力下不得已而为之，应该是出于对陈霸先的拥护，因为，北齐文宣帝高洋对陈霸先并不领情，这让他很没面子。
转眼就到了公元556年，即绍泰二年，三吴的战事仍在进行中。
陈蒂、周文育合军一处，一起朝吴兴扑来。杜龛的军队人数尚多，步兵与水军结下连环阵，切断了交通要道，但杜龛有勇无谋，又嗜酒如命，经常昏醉不醒，他的部下杜泰见前途无望，遂暗中与陈蒂等人联络，准备归降。杜龛与陈倩作战，战败，杜泰趁机劝说他投降，杜龛同意了，但他的妻子王氏说∶ "我家与陈霸先结下了如此深仇大恨，岂能投降!”王氏拿出家财，犒赏将士，杜龛率军再次出战，大破陈蒂等人。但不久，杜泰就投降了，陈蒂率军突入城中，杜龛尚烂醉如泥，呼呼大睡，陈倩命人将其背出房来，在项王寺前杀掉了。王僧智与弟弟王僧惜逃往北齐。
东扬州刺史张彪是王僧辩的心腹，一直没有归附陈霸先，他率军包围了依附于陈霸先的临海（浙江省临海市）太守王怀振，王怀振派人向陈倩求救。二月五日，陈蒂、周文育乘虚率军偷袭会稽（浙江省绍兴市）张彪的老巢，张彪部将沈泰开门投降，陈祷俘虏了张彪的家眷，收编了城内张彪的部队。等到张彪闻讯率军回来，又被陈蒂击败，逃入若邪山中，陈蒂派章昭远将其斩杀。东阳（浙江省金华市）太守留异接济陈蒂军粮，陈霸先遂任命其为缙州（浙江省金华市）刺史，任命陈蓓为持节、都督会稽等十郡诸军事、宣毅将军、会稽太守。
三吴地区基本被平定，但建康的局势依然不容乐观，陈霸先能够控制的地区也只有三吴和建康周边巴掌大一块土地，长江以北的北齐以及战败的任约、徐嗣徽还虎视眈眈，随时想卷土重来。就连紧邻的江州也不服从建康政权。江州刺史侯填原是王僧辩的部下，得知王僧辩被杀后，他也起兵与陈霸先为敌。在平定三吴、击退北齐入侵之后，陈霸先就将目光转向了江州，他任命周文育为南豫州刺史，命他率军西进，进攻滋城（江西省九江市西北）。二月十五日，陈霸先又派侯安都、周铁虎率领水军在梁山（安徽省和县与当涂县之间长江江心岛）构筑防御工事，防备来自江州侯填可能发起的攻击。二月十八日，任约、徐嗣徽率军偷袭采石（安徽省当涂县北长江渡口），活捉了南梁明州刺史张怀钧，将其送交北齐。
三月七日，北齐文宣帝高洋派遣仪同三司萧轨、库狄伏连、尧难宗、东方老等人与任约、徐嗣徽合兵十万，向南梁发起了大规模的进攻。
北齐军从栅口（濡须口，安徽省巢县东南）出发，直指梁山。陈霸先帐内荡主黄丛率军迎战，将齐军击败，齐军向西撤去，占领了芜湖。陈霸先又派定州刺史沈泰等人率军增援侯安都，一起固守梁山。周文育进攻淞城失利，陈霸先也将其召回，集中兵力对付北齐军。四月十三日，陈霸先亲自来到梁山，巡视部队，给将士们打气。同月，侯安都率领轻装部队奔袭历阳，大破北齐行台司马恭，俘获上万敌人。
五月，北齐人征召建安公萧渊明，并谎称如果送来萧渊明，就会撤军，陈霸先不敢怠慢，命人安排船只准备将萧渊明送到北齐军中，但不巧的是，五月九日，萧渊明背上的毒疮溃烂竟然死掉了。五月十日，北齐军队从芜湖出动，朝建康杀来。十六日，北齐军队进入丹杨县（丹阳县，在今安徽省当涂县东），五月二十二日，北齐军队进抵袜陵旧县（江苏省南京市江宁区东南）。陈霸先派遣周文育率军驻扎在方山（一名天印山，在今江苏省南京市江宁区东南），徐度驻扎在马牧（牧马场，在今江苏省南京市江宁区南），杜棱驻扎在大航（朱雀桥）以南，与北齐军相持。
五月二十七日，北齐军队在秦淮河上搭建木栅便桥，渡过了秦淮河，当晚进抵方山山下，徐嗣徽等人率领水军停泊在青墩（安徽省当涂县西南二十里，今名青堆沙）至七矶（确址不详，疑为在今江苏省南京市秦淮河入长江口附近）一线，切断了周文育所部的退路。周文育率部擂鼓呐喊出击，徐嗣徽等人无力制止，等到天明时，周文育率军向徐嗣徽所部发起反攻。徐嗣徽军中猛将鲍砰乘坐一条小船断后，周文育驾驶一条小舟直取鲍砰，只见他纵身一跃，跳上鲍砰的小船，一刀将其斩为两段，然后，拖着鲍砰的小船回到本阵。徐嗣徽军人见状大为惊骇，遂不敢与周文育水战，徐嗣徽将战舰留在芜湖，率领军队从陆路出击。陈霸先侯安都、徐度所部也都召回到京师。
五月二十九日，北齐军队从方山推进到倪塘（江苏省南京市江宁区东南），侦察骑兵一直抵达到台城城下，建康震动，梁敬帝萧方智率军驻扎在长乐寺内，宣布内外戒严。
陈霸先在白城（江苏省南京市江宁区东湖熟镇附近）抵御徐嗣徽，刚巧与周文育所部会合。双方将要交战，突然刮起了大风，陈霸先说∶"兵法说大军不能逆风作战。"周文育却说∶"事情危急，管不了那么多了!"说完，抽出长槊拍马朝敌人阵中杀去，士兵们也紧随其后，蜂拥而上，而不久风向也转了，梁军杀伤了数百敌人。侯安都与徐嗣徽等人在耕坛（皇帝的责任田，江苏省南京市通济门外）交战，侯安都亲率十二名骑兵朝北齐军阵突击，一举击破敌人，生擒北齐仪同三司乞伏无劳。取胜之后，陈霸先又避实击虚，暗中从前线撤下三千精兵交给沈泰，命其偷偷渡过了长江，奔袭驻扎在瓜步（江苏省南京市六合区东南长江渡口）的北齐行台赵彦深，缴获了一百多艘战舰、一万斛粮食。
六月一日，北齐军队偷偷运动到钟山，侯安都与北齐将领王敬宝在钟山西麓的龙尾交战，梁军军主张篡战死。六月四日，北齐军队推进到幕府山，陈霸先派遣部将钱明率领水军从江乘（江苏省仪征市长江南岸渡口）出击，切断北齐军队的粮道，缴获了北齐的运粮船，北齐军队军粮不足，开始杀死马匹、驴子充饥。
六月七日，北齐军翻越钟山，陈霸先率领各军分别驻扎在乐游苑以东（江苏省南京市覆舟山以南）一直到幕府山北麓，切断了北齐军进攻建康的通道。六月九日，北齐军推进到玄武湖西北，打算占领北郊坛，南梁军队也从覆舟山以东移动到北郊坛以北，与北齐军队相持。
当时，连日大雨倾盆，建康近郊平地积水一丈多深，北齐军人日夜坐在泥地之中，脚趾全被泡烂，只能把锅灶悬着才能煮饭，可是，台城以及潮沟以北没有被水淹，地面干燥，南梁军队可以轮番休整。然而，此时的建康也非常危急，建康已如同一座孤岛一般，与外界隔绝，粮道也被北齐军队切断，城内的百姓也都逃离建康，想强行征发也没有了对象。
六月十一日，天气稍稍转晴，陈霸先打算对北齐军队发起进攻，千方百计搞来些米饭分给士兵们，但士兵们仍然又饥饿又疲惫，难以战斗。正巧陈蒂从三吴地区送来三千斛大米、一千只鸭子，陈霸先立即命人煮米宰鸭，全军将士都能分得一份荷叶煲饭，数片鸭肉。第二天天还未亮，陈霸先命令部队饱餐战饭，即率军从幕府山出击。陈霸先与吴明彻、沈泰等人一齐朝北齐军杀来，双方纵兵大战，正在难分难解之际，侯安都率军又从白下（江苏省南京市北）朝北齐军背后杀来，顿时北齐军大败，梁军一直追杀到临沂（侨郡，在今江苏省句容市北）。此战梁军共斩杀了齐军数千人，生擒徐嗣徽及其弟弟徐嗣宗，斩首示众，齐军士兵相互践踏而死的数不胜数。
紧接着，梁军乘胜收复了江乘、摄山（栖霞山）、钟山等地，生擒萧轨、东方老、王敬宝等四十六名北齐将帅。北齐军士侥幸逃到长江岸边的，用荻草编成木筏过江，好不容易划到江心，木筏就解体了，人落入水中淹死，尸体漂流到下游的京口，密密麻麻地布满了江岸，此战，北齐将领任约、王僧恰二人侥幸逃出一命。
六月十四日，大胜后的各路梁军又来到南州，焚烧了北齐的战舰。六月十五日，南梁宣布大赦。十六日，解除戒严状态。官兵们把赏赐给的财物拿去换酒，才够一人喝醉。十七日，南梁朝廷诛杀了北齐将领萧轨等人，北齐人听说后，也杀死了作为人质的陈昙朗。陈霸先为了报答侯安都，上书梁敬帝，将自己兼任的南徐州刺史一职让给了侯安都。
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