八一回忆完老照片黄皮子坟的那段往事，去找陈瞎子了解真相后，准备前往美利坚，雪莉杨问八一有没有摘符，八一敷衍岔开了话题。正当雪莉杨追究摘符一事时，胖子从胡同走出来，接到明叔的电话说要约饭局，结果雪莉杨又接到陈教授（精绝古城疯掉的那位）从美国回来的消息，他的失心疯已经被治好了，这次有事委托，于是三人放了明叔的鸽子，去见陈教授。
其实这次南海行动是孙教授（封学武，初登于龙岭迷窟后半段，鬼吹灯所有事件都跟他脱不了干系）暗地刺激陈教授委托三人组去做的。陈教授这次是得知一件国宝级古董“秦王照骨镜”（秦王扫六合以定天下，得到不少六国秘器，其中有八面古镜，这里面包括法家祖师铜镜，还有就是秦王照骨镜，此铜镜能照视人身骨骼脉络，是一件世间罕有的无价之宝、镇妖之器），随着商船沉没在南海，让三人组帮忙打捞，于是去美利坚的事又被搁置了。
在陈教授家吃罢饭聊完计划，八一胖子回家遇到在门口等成狗的明叔。明叔快被雪给埋了，广东话大骂两个衰仔爽约，于是亲自找上门。明叔本想跟八一他们去美国发展，不料正巧他们去南海捞镜，明叔是个老海狼，海上摸爬滚打半辈子，对海事了如指掌。
八一问明叔“珊瑚螺旋海域”的事，明叔听了脸色都变了，这个地方是“南海的百慕大”，从来没人敢在那里作业。明叔觉得可以在南海发上一笔横财，而雪莉杨提到祖上“搬山填海”之术能派上用场，然后众人通过明叔在香港海路的关系，利用走私船几经周折来到了珊瑚庙，海上的冒险行动正式拉开序幕。
一行人到达珊瑚庙岛，准备出海的必须品，来到一家酒馆，认识了酒店老板“掰武”，在南海，古董称之为“青头”，通过掰武收了一批青头，其中有几件是归墟的线索，是“恨天一族”的遗物。
所谓恨天，跟后羿射日有关，恨天一族心向明月。希望人死后可以飞升月宫，恨天一族都是海民，男的叫龙户，女的叫塔家。身上纹有透海图，水性超凡，眼睛有一层隔水薄膜，水下行动犹如鱼龙，鲨鱼都见而避之）。
所谓归墟，就是一个深不见底的海眼，在风水上是南龙起点，无边无际的海水灌入都灌不满。
通过掰武收的青头得到线索，一行人开始收船准备出海，收到了一艘英国探险队留下的海柳船，名为“三叉戟号”，这艘船来头不小，海柳是最为坚固的材料，船上还有镇海炮。海柳容易招鬼，其性属阴，重点是，这是艘凶船，上一批人全死在船舱里。雪莉杨出资买了这艘船，这艘船之前有个船员还活着，名叫“阮黑”，被胡胖一行人招做船员，阮黑有两个徒弟，一个叫古猜，一个叫多玲（最后两部的重要引子）。两个都是十几岁的小孩。就这样，出海所有角色有：胡胖杨 明叔 阮黑师徒三儿，一共7人。
终于开始出海了，众人聊起一些诡异的海上之事。出海没多久，起雾，遭遇第一个小BOSS：一艘幽灵船，这艘幽灵船和海柳船先是擦船而过，随后又掉头撞向海柳船，两艘船钩挂在一起了，胡胖杨三人登船后发现这艘是纸糊的船，说白了就是烧给死人的纸船！回忆了一些关于海民为了祭奠死人，做纸船把死人放上去推出海的故事后，纸船又开始动了，胖子和雪莉杨砍断了钩挂住海柳船的障碍物后，返回海柳船，结果两船的连接块断了来不及回去，胡八一又逞能殿后，把雪莉杨和胖子送回了海柳船，自己被困在了纸船上。
两船再次擦肩而过，八一在纸船上看着海柳船渐行渐远，几乎绝望了，准备等死。没想到它又掉头了，胡八一趁着两船靠近，成功回到海柳船。明叔醉酒醒了，一看到纸船就跟见了鬼一样，连忙招呼众人用镇海炮轰纸船，并解释道，南洋沿海，有种类似放逐疫船的罕见习俗，称作“打标”，所不同的是，打标船里面装的不是死人，而是一种巨大的海兽，南洋海中产一种体形很接近“鼋”的巨物（西游记里的那个），称做“大拥鲨”，众人遭遇的这艘鬼船便是一条背着纸船身的“大拥鲨”。
刚刚结束第一场boss战，结果天一亮发现天上下起了鱼雨。第二遭遇战又打响了，这次没什么特别的怪物，一个海上气象而已——龙上水（海上龙卷风，又称水龙卷、龙吸水、龙吊水，上端与雷雨云相接，下端直接延伸到水面，一边旋转，一边移动。）这次有惊无险，阮黑和明叔两个老司机驾驶老道，安全脱险。脱离龙上水后，海面上飘来了一口白色玉石棺材，拖上船开棺，获得一个龟骨卦象。
到了珊瑚螺旋附近，暗礁多，进不去。雪莉杨用祖上搬山道人的“搬山填海”术，成功进入珊瑚螺旋，开始摸蛋（明珠），下海遇到海底古城，然后遇到了大海蛇，用海底照明灯驱赶了大海蛇，海底汇合阮黑，阮黑发现了一个食人蚌，众人把食人蚌带上海柳船，获得珍贵明珠无数，上岸打开后发现，食人蚌里有个人鱼捧着一个驻颜珠。
后来，遭遇海上阴火烧海（可以解释为海里的石油，遇到一定的条件时在海里燃烧，南沙群岛附近经常有这样的事，俗称为“龙火”），众人绕过幽灵岛，没想这时随着阴火的现象，海上出现无数个海洞，船开始被吸进海洞，这时那条大海蛇感应到海洞的危险，开始逃离海洞的吸附。
胡杨急中生智，用捕鲸枪射中大海蛇，被大海蛇拖着离开海洞附近，最后关头大海蛇奋力一跃向空中，拖拽着海柳船一起划在天空，海洞已经准备关闭了，可惜差了1分钟左右的时间，大海蛇和海柳船最终还是落入了深不见底的海洞。归墟之旅，正式拉开帷幕……
海柳船坠毁，大海蛇领了便当。船老大阮黑重伤，走出三叉戟号后被鲨鱼拖进了水中，胡胖一行人准备救人，此时阮黑的徒弟古猜，却跟着鲨鱼冲下水里救师傅。不料，一会儿功夫，古猜拖着阮黑上了水面，阮黑就剩下一口气，交代了后事，就领了饭盒。事件过后，大家开始觉得古猜这个蛋民不简单，根据古猜身上纹的透海图得知，古猜正是蛋民中的蛋人“龙户”，是古蛋民为数不多的遗族，也就是“恨天氏”的后代。
发现“马丽仙奴号”沉船地点之后，明叔和多玲留下看护阮黑的尸体，其余，胡胖杨、古猜则下海进行打捞工作，正式进入到马丽仙奴号。在沉船里，大家身上突然都流出了血，原来是携带的驱鲨剂破损流出的液体，于是开始先后受到鲨鱼袭击。
胖子发现沉船里的一扇门夹着一条死人手臂，重点是那条手臂上有块金表，胖子就撸了手表。新一轮的鲨鱼攻击又开始了。八一拖着胖子迅速退到了沉船货舱，全是稀世珍宝的明器，随后八一拿到了本次目标重要物件“秦王照骨镜”，同时顺手牵羊的顺了几件稀世珍宝，其中有件翡翠佛衣。众人与鲨鱼边周旋边，逃出沉船，上了海柳船。
八一想起阮黑之前说底舱有鬼，突然听到底舱像是有人敲击木鱼念经，破损的甲板里所谓的闹鬼事物呈现出来了，是英国人的尸体和海石花还有一些奇怪的鱼。这些鱼贪婪的吸允着尸体流出来的黑色汁液（因为这些鱼遇惊会发出一些像念经的声音 所以称之为“海和尚”，敲击木鱼的声音是他们撞击的声音。）
议论之余，沉船的鲨鱼撞破底舱甲板冲了进来，然后这时那个英国人的尸体，以及底舱的那些事物变成了一团黑水开始在底舱蔓延，八一意识到这些黑水不妙，上批英国人可能就是因为这个丧命的。叫其余人赶紧远离，那条在底舱的大白鲨，被黑水覆盖浸泡立即毙命。众人大惊失色，黑水好似有生命似的变成人形开始袭击众人。众人躲进先前在漂浮在海上的那副白玉棺材，随后黑水直立进入棺材，几人跳出棺材，用白玉棺材盖把那团黑水封至棺材内成功脱险。
脱险之后，众人与明叔、多玲汇合，明叔发现古猜背上的纹身，竟然是跟归墟海中海地形一致，八一以风水形式推断出方位，一行人进入了海中海的一个海底山洞中。这里正是恨天氏的遗迹，青铜像无数，在一大堆的蚌壳中找到一个螺甲棺，想用这个来安葬阮黑。开馆后发现里面有一具女尸，有筋无骨。明叔见了高呼，这是“尸鬽”，顺走了尸鬽和螺甲棺里的事物，把阮黑放进了螺甲棺，就此埋葬于归墟恨天氏遗迹，众人开始正式计划逃出海中海重返上方海面。
众人来到恨天氏遗迹的广场。发现一根超大的石柱（楗木神木），胖子说是定海神针。由于突发海底地震，水位开始涌向广场，水底的恶鱼鲨类开始袭击。古猜发现头上海面出现一个白色的太阳，八一最后发现是之前进入珊瑚螺旋海域的那个幽灵岛。
于是众人开始和水位上涨的时间赛跑，爬上了定海神针，神针顶端上有一个青铜门，铜门附近暂时进入一个珊瑚洞，珊瑚洞空气流通，是个墓室，里面有几具南海僵人尸体。发现几具诡异的孕妇尸体，还有死婴，随后发现珊瑚洞水下（直通海底底部）有一座大鼎。
八一胖子古猜，决定下去一探究竟，开始下水之后，在海底遭到了大群“黑鳞鲛人”袭击，幸亏八一下来时带了三只畸形胎儿的尸体，黑鳞鲛人惧怕这个东西，全部退散，众人得以脱险，然后从海底的大鼎中心拿到一个铜人卦盘，开始返回水面。
上岸后，胖子发现自己在沉船里摸的金表突然不见了，雪莉杨和八一推测出铜人卦盘是个机关的钥匙。上面密密麻麻的很多孔，是用来填装珍珠的，珍珠填满才能起作用，可是众人在珊瑚螺旋摸来的珍珠根本不够用，于是开始下海摸珠母。用尸魅引出“蚌祖”，开蚌取得珍珠无数，不过留这个老蚌一命，填满了铜人卦盘，然后发现没什么卵用。这时刚刚那只被剖开的蚌祖腥味引来了大群黑鳞鲛人，把蚌祖吃完了。
蚌祖一死，破坏了南海的海气平衡，引出了海底的大怪物——最终BOSS，黑鳞鲛人他老母“鲛姥”。原先鲛姥是锁在底部的大鼎下的，蚌祖一死，鲛人们倾巢出动，鲛姥从洞底挣脱，撞翻了珊瑚洞，这时水位已经高至定海神针神木的铜门，众人爬到定海神针，随之神木被鲛姥顶出海面。众人成功返回上面的海域。
出海面后，鲛姥被神木上的箭石落下砸死，把海面染红了。多玲在神木出海的余震中没抓稳，掉到了海里，生死不明。这时还是遇上了“过龙兵”现象（就是海龟集体附上水面迁徙。）把多玲从海里带了上水面。随后神木下沉，众人发现神木里的陪葬品一艘明器船，在船上捞回了多玲。
众人发现多玲虽然活着，但是死气沉沉，出气多进气少，半死不活了。突然发现，那块金表不知何时居然死死的附在了多玲的手上，费力的用刀挑破了皮才取下来，一并扔入海中。而后多玲脸上开始出现尸斑，但是还是个活人，并散发尸臭。原文：
明叔脸色大变，惊道：“糟了，金表是从沉船里捞出来的，其中怕是被下了南洋的降头邪术，光把金表扔了有什么用？如今降头已经下到她身上了，她身上尸臭比传染病还厉害，你不把阿铃扔进海里喂鱼，咱们这船人谁也别想活。”明叔久在南洋闯荡，见那金表中尸臭扑鼻，便认定是被人下了降头。“降、蛊、痋”三术，并称南洋三大邪术，痋术是用各种匪夷所思的法门制成的奇毒；蛊术的原理离不开一个“惑”字，是通过养毒虫放蛊，来使人迷失心智邪法；而降头术，则是以符咒、尸体、鬼魂作为媒介害人的妖术，其中衍生出来的尸降、鬼降，能像传染病一样迅速导致大量人畜死亡，比瘟疫更甚，最是难以捉摸。
后来，雪莉杨发现多铃颈上的挂坠里有张照片，是他法国生父的照片。八一大惊，原来在沉船中见到的鬼影、玛丽仙奴号的船主，就是多铃失散的法国军官父亲。他随法军撤离越南后，就留在南洋做起了走私生意，专门倒腾古物秘器。南海海狼出海，因为怕遭遇海盗、海匪或者自己死后身上的财物被窃去，出海前都会在自己的财物上请降头师下毒降头，即使死了也不会便宜那些贪心之人。没想到他下了降头害人未成，竟把自己亲生女儿给害了，看来冥冥之中自有因果。多玲和古猜本来打算这次行动结束后，由雪莉杨安排去法国找多玲的生父，这下不用找了，命运这东西就是这么巧。
就在明叔强求众人把多玲丢入海里，以保众人之命时，八一灵机一动，还有希望！拿出了那件在沉船里捞到的翡翠佛衣给多玲穿上。由于佛法专门震慑邪门歪道，缓和了多玲的病情。
回到珊瑚庙岛之后，又叫掰武找来了降头师来“拔降”，降头师一看，多铃身上虽没腐烂散发尸臭，但身上的活气已经散了，虽然将身子裹在翡翠佛衣里能得不死，也只和植物人差不多，永远醒不过来，除非能找来千年尸丹救命。八一只在百眼窟见过，可是黄大仙的尸体和内丹，早就一并毁了。
此时，陈教授（之前那个疯教授）从雪莉杨口中得知了来龙去脉，觉得多铃的生死，自己也有很大的责任，后来跟八一说：
“古尸体中活生生的内丹实在太罕见了，老朽这辈子也没见过，但我记得好多年以前……那时候还是军阀混战的民国时期，湖南和贵州交界的地区闹过一阵古尸作祟的事情，那时候人们迷信思想比较严重，当年湘西尸王的消息捕风捉影，闹得全国人心惶惶。据说湘西瓶山古墓中的元代僵尸，在盗墓贼面前诈尸的时候，口中就曾吐出了一颗千年不化的红丸。”
至此，《南海归墟》宣告完结，《怒晴湘西》即将展开……
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