1898年6月11日，光绪皇帝颁布了“明定国是诏”，开始推行戊戌变法。在此之前，光绪帝在慈禧太后那里做了很多工作，最终慈禧含着泪说：“只要是国家能富强起来，你干吧，我不会干涉你。”从诏书发布的那一天开始，光绪帝意志坚定，绝不允许有人阻碍他的变法大计。
6月14日晚，一场政坛大地震在颐和园里酝酿完毕，光绪帝决定对他的多年倚重的师傅翁同龢下手。15日，翁同龢正常入朝，处理公务。觐见皇帝的时候，其他大臣都进去了，他却被意外地挡在了外面。不久，他接到光绪帝的谕旨，听到了自己被罢免的谕令：
“翁同龢近来办事多不适当，众人议论纷纷，屡屡参奏他。每次召见他，向他询问事情的原委，他的回答很不认真，喜怒于色，渐露大权独揽、悖逆皇上的情状，如此这样断断不能担当重任。本应认真追查，重重惩办，姑且念他多年担任皇帝老师，不忍心严厉谴责，命辞去所有职务，即刻回籍闲住。”(《翁同龢日记》）
翁同龢为什么会被罢官？是光绪的意思还是慈禧的意思？这个问题一直存有争议，大部分人认为是慈禧为了削弱维新势力，强迫光绪罢免了自己的老师。但是通过分析，我们发现这样的说法并不准确。
实际上，光绪帝因为翁同龢不赞成他趋新、变法、屡屡冲撞自己而罢免了自己的老师。不过以当时光绪的权力，还不足以将一个两朝帝师，户部尚书说拿掉就拿掉，这背后肯定也是得到慈禧的点头认可的。只不过光绪并非是被逼无奈，是出自真心想要驱逐翁同龢。
甲午战败后，翁同龢在朝中的势力看涨，在他倡议下，直接责任人李鸿章被免去了直隶总督和北洋大臣一职。然而激动的群臣平静下来发现，甲午战败让李鸿章一人担责确实冤枉。事实上，慈禧、翁同龢、李鸿章三人都有责任，说到底，大清的政体才是罪魁祸首。
此后，翁同龢与光绪帝又发生了很多不快，在很多场合中翁同龢都仗着皇帝老师的身份，对光绪的提议指指点点，甚至在变法的关键时刻趋于保守。最终，师生两人闹翻也决定了翁同龢的命运。
光绪帝不管是对李鸿章还是翁同龢，他所做出的决定都是草率的。李鸿章暂且不说。翁同龢虽然思想守旧，但是，细数光绪朝中大臣，又有哪一个能像他一样真心呵护光绪帝，忠诚于光绪帝呢？因此，光绪罢免翁同龢，实际上是去除了一堵为自己遮风挡雨的墙壁，当然，年轻的光绪帝并没有意识到这一点。
6月16日，被罢官的翁同龢在颐和园拜别光绪帝，他在当天的日记中这样写道：“午正二驾出，余急趋赴宫门，在道右磕头。上回顾无言，臣亦黯然如梦，遂行。”翁同龢教育、照顾、辅佐了光绪帝20多年，这次分别可以说是永别，光绪帝竟然没有和他话别，这明显是说不过去的。
翁同龢被罢官，最受益的还是慈禧，帝党中少了这样一个实权派人物对她来说是百利而无一害。回到常熟老家的翁同龢日子并不好过，戊戌政变后，慈禧又迁怒于他，于1898年12月4日下旨：“翁同龢革职，永不叙用，交地方官严加管束。”
晚年的翁同龢在家中时刻提心吊胆，生怕那一天就从北京发来谕旨让他自尽。他做官多年，虽无多大政绩，但却是一个名副其实的清官。为官几十年下来，并无积蓄。幸亏他的门生故旧伸出了援手，在经济上给了他很大的帮助。
1904年7月4日，75岁的翁同龢去世。光绪帝得知后，态度非常冷漠。或许这时的光绪早已忘记了老师当年的关爱和温暖，忘记了他大部分时间是在老师的陪伴下、指导下度过的。在专制的皇权时代，到处充满了变幻莫测和世态炎凉。直到宣统元年，朝廷才认为翁同龢的遭遇不公，下旨官复原职，赐谥“文恭”。
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