尿道、生殖道、直肠的开口很近，所以泌尿系感染的主要致病菌为大肠杆菌，以及其他会阴部和肠道的常见菌种，极少数可由真菌、原虫引起。染途径主要有四种:
上行感染。最常见，当机体抵抗力下降或尿道黏膜有轻微损伤时，细菌侵人尿道并继续往上走，会感染膀胱和肾脏。例如女性性生活后、月经期等。
血行感染。细菌从体内的病灶(如发炎的扁桃体等)侵人血液，到达肾脏。
淋巴感染。当有盆腔炎、阑尾炎及结肠炎时，细菌可从病变部位顺着淋巴管感染肾脏。
直接感染。尿道受到外伤，或者肾脏周围的器官发炎时，细菌侵入肾脏而造成感染。
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