日本动画的发展历史可追溯到上个世纪二十年代，当时日本电影工作者把西方的动画制作技术带回日本，并开始尝试制作动画。
日本动漫的早期发展也叫战前草创期。由1917年日本开始有动画至1945年日本战败为止。
在日本现时已知的动画作品当中，最早的作品应要追溯至1906年，一套名为《一百块开心的脸》(愉快な百面相)的动画。从二十年代开始，日本电影工作者开始以西方新研发的动画制作技术试制动画作品。日本第一套动画电影短片是由下川凹天创作的《清洁工人芋川椋三》，1917年1月开始播放。
这段时期的前期主要是以世界名著为题材，而后期则由于日本军国主义猖獗，因此动画题材不离宣传、夸耀日本军国主义的路线。如1942年的《海之神兵》即为此类。但是这也造成了战斗、爆炸画技的进步，这也是今日日本动画最引以为傲的技术。
战后探索日本战败后，有些人鉴于战争的教训，开始将反战题材用在动画上。这种题材影响深远，直到现在还颇为流行。另外也有些人尝试不同的动画题材。所以这个时期的动画题材从很有意义到很低级的题材，应有尽有。
发展期日本动画迎来辉煌要在1963年以后，这一年，漫画大师手冢治虫创作的铁臂阿童木被改编成动画版本，已经播放，成为日本最受欢迎的动画。包括在现在，这部动画片的知名度也是很高的，相信不少人都听过或者看过这部动画片。
注：
铁臂阿童木
最受欢迎的电视动画，但文献记载当时的电视台播放的第一套动画为1962年的漫画年表。不过，世界各国，连日本在内都公认铁臂阿童木为日本第一套电视动画，因为铁臂阿童木是第一套动画以主角阿童木为中心故事的动画。铁臂阿童木成功吸引世界各国的注意，连美国的电视台在1964年把铁臂阿童木引进美国，并改编成美国版的铁臂阿童木。铁臂阿童木的成功，令到日本的动画得以发展，并在六十年代制作很多作品，
七十年代，日本动画进一步发展，日本动画开始放弃原本跟随西方技术的路线，开始自行创作日本独有的科幻动画。当时著名的作品包括鲁邦三世和铁甲万能侠。著名的动漫大师宫崎骏和押井守就是在这个时候冒出头来的。
当时，在日本动漫界发生了两件大事推动了日本动漫的狂热潮，一是日本的次文化拥护者(简称作御宅族)开始制作动漫杂志。另一件事是关于如何节约制作资源，推动了日本动漫技术的发展。
黄金时期
八十年代, 日本动画开国内开始成为主流电视节目之一，并经历日本动画史上第一个黄金时期。当时高达皇朝和高桥留美子的职业生涯却刚刚开始。而大友克洋的作品阿基拉更于1988年冠以最昂贵动画作品的称号。
九十年代以后，相比中国动画日趋缓慢的发展趋势，日本动画在国际动画市场上却愈来愈受欢迎，赶超中国。动画电影阿基拉和机壳攻战队在1995年开始成为国际有名的动画电影。日本电视动画例如新世纪福音战士和星际牛仔等亦吸引世界各国，尤其是西方的动画迷的注视。2002年宫崎骏凭《千与千寻》于德国柏林影展中得到金熊奖和在第76届奥斯卡电影颁奖典礼中得到"最佳动画长片"一奖项。
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