赛博坦阵营
风刃（Windblade）
风刃，是变形金刚中的女性汽车人角色，最早出镜在《变形金刚：汽车人的黎明 风刃》在漫画中，她是猛大帅的城语者，来自天铸城。新塞伯特恩政权的第二把交椅。在变形金刚宇宙中，她是女性化人物的代表者之一，在变形金刚宇宙中起关键作用，变形载具形态为赛博坦战斗机。本作中和威震天一起行动，在合作中逐渐信任威震天。
威震天（Megatron）
霸天虎的前领袖。为了避免全变形金刚被毁灭，协助风刃等人对抗震天尊。逐渐取得众汽车人的信任。变形为坦克和赛博坦激光枪。
擎天圣（Optimus Primal）/圣天柱（Optimal Optimus）
镇魂枪的守护者、汽车人新一任领袖。跟随威震天一起前往诸神图书馆。在最终战中获得了领导模块的力量而进化成圣天柱，击败了毁天士将混沌模块取出，并用镇魂枪摧毁了混沌模块。
感知器（Perceptor）
汽车人科学家。跟随风刃一起对抗震天尊。知识渊博，擅长数据分析。可以变形成显微镜跟战车，但他鲜少参与战斗，反而热中于研究，对知识有近乎无限的渴求，不断进行对地球环境与变形金刚间的互相影响。
钢锁（Grimlock）
机器恐龙的首领。在沼泽中遇到风刃等人，最初不信任威震天，但在被威震天救之后与其成为朋友。可以和其他机器恐龙组合成修罗王。变形为机械霸王龙。
钢锁是变形金刚历史上极为重要的一个角色，同时也是一个精明成熟的军事将领，他的勇气无人能及。机器恐龙队员个个力大无穷，而他又是其中的佼佼者。
凯旋女神（Victorion）
汽车人女组合金刚。组合金刚的领袖。前一作中其组合秘宝被震天尊夺取。本作中协助风刃等人对抗震天尊。并参与对抗邪恶天元震天尊，最终在诸神图书馆的激战中被毁天士和霸王联手杀死。
天元
震天尊（Megatronus）元祖十三使徒之一（第十二天元），堕落金刚的前身，威震天还是一名角斗士时曾经是他的崇拜者，以‘震天尊’为自己的名字。
拥有“堕落金刚”之名。赛天骄曾经的恋人。企图融合领导模块、组合秘宝和镇魂枪的力量，夺取所有变形金刚的火种来复活赛天骄。最终话中被即将复活的赛天骄拖入星球核心而死。双臂可以喷出火焰。有着所有变形金刚无法对抗的实力，轻松击杀了擎天柱和冲云霄，并击退了宇宙大帝附身的毁天士。另外拥有瞬间移动的能力。
赛天骄（Solus Prime）
十三天元之一。擅长锻造的天元，制造出了镇魂枪供震天尊使用。最终话中将震天尊拖入星球核心双双而亡。
宇宙大帝阵营
霸王（Overlord）
宇宙大帝的手下，在《变形金刚-泰坦归来》里，与邪恶天元震天尊合作，杀死了火焰夫人，并将混沌模块塞入热破体内，将他变成毁天士(被宇宙大帝控制)，战力非常强大，压倒性胜过机器恐龙们乃至合体金刚凯旋女神。依然痴迷于打倒威震天，在《变形金刚-天元神力》里出手和毁天士一起杀死了淤泥和凯旋女神，打算给众人最后一击时被改邪归正的威震天用黑猩猩给的镇魂枪轰的渣也不剩。上半身变形为赛博坦战机，下半身变形为坦克。
毁天士（Rodimus Cron）
曾经的领袖补天士被混沌模块附身后的形态。追踪领导模块并设法摧毁之。拥有感知周围的能力和超强的战斗力，被宇宙大帝彻底附身后甚至可以和震天尊对抗。本作结局中被圣天柱取出混沌模块变回热破。变形为跑车。
宇宙大帝（Unicron）
破坏的邪神。被众变形金刚摧毁仅剩头颅，而意识却留在了混沌模块中。一度完全附身毁天士。最终话中随着混沌模块被镇魂枪击中而消失。
