从KOF99开始，拳皇系列的剧情正式进入音巢篇，主角也从京庵换成了K，本次大赛将采取全新的对战模式：“赛制是3对3，并加入援护攻击系统。”
NEST·S，表面上是一个知名的国际企业，实际上却是一个企图征服世界的庞大组织。趁着上界拳皇大会草薙京和大蛇战斗后身体极度虚弱的时机，将其捕获，并利用京的身体进行了一个名为“Project K”的计划，计划内容包括京的克隆、京的战斗数据分析和把”最终决战奥义·无式”分析并将其数据化，还有京的基因移植等。K'和Krizalid（99的BOSS））就是这计划下的产物。后来，八神庵闯入京身处的研究所大肆破坏，谁知破坏所产生的震动却意外令京苏醒，京也因此而逃离了NEST·S，并行踪不明。因此之后的剧情盘点我们将以京庵以及K队作为主视角，同时还有怒队的部分剧情。
这位白发少年就是我们的新主角K啦
街机版中京庵是隐藏人物，家用机版可以直接选择
大会就这样召开，一路比试，进入到了比赛的第五轮......
NESTS视角：似乎在进行着什么部署
各部队准备怎么样了？
还有十分钟到达指定地点
这里是幻影队的队长
镜头一转，赫然出现了一批全副武装的“草薙京”
还有五分钟降下货物
已经有90%到达地点
镜头再次来到古利查力度面前，他在吩咐属下：
我先去准备准备，其它事情拜托你了
与此同时，代表雇佣兵的哈迪伦方面也在监控着NESTS的动作，原来他们早已盯上了这个可疑的组织，但是此刻却出现了一丝异常
联络员：无法确定拉尔夫他们的位置
司令！世界各国都有不明身份的车辆正在移动
哈迪伦下令调出卫星画面确认状况
不清楚，放大
哈迪伦：这是...草薙京？！
世界各国都发现了这个现象
哈迪伦下令，无论如何都要取得和怒队的联络，确认到底发生了什么事情
无论如何都要回复通讯，他们失踪的坐标是？
坐标70599
而此时我们的格斗家也来到了这个位置
我们到了哪里？
这时古利查力度突然出现，要和玩家进行决胜赛的比试，没办法，只能开打了
格斗家：什么？
等你们很久了，来一决胜负吧
格斗家：虽然不知道什么状况，不过看起来不打赢就没法回去了啊
但下面古利查力度突然下令“传输战斗档案”
战斗档案传送
传送完毕
并且表示，要感谢玩家的协助，否则完成不了这个计划，这究竟是怎么一回事？
感谢你们啊
我是古利扎里德，你们战斗的档案通过我们的兵器传送了
格斗家：档案？兵器？这是KOF吗？
古利扎里德：就是为了聚集你们采用了KOF的名号的
同一时间，哈迪伦方面...面对复制京军团，经验老到的司令官已经做出了应对
各部队配置完毕
好的，将那些草薙京全部逮捕！
并且表示稍后他会亲自去现场查看
把失去联系的坐标输送给X小队，待会儿我会过去的。
这时佣兵的设备已经监听到了目标地方的声音，于是格斗家和BOSS的对话也传到了哈迪伦那边
报告司令！卫星已经捕捉到了坐标地点的声音！现在立刻播放
格斗家（这里的格斗家形象视玩家的选择决定）：我们的档案怎么传送过去的？
古利查力度：在之前的比赛中通过我的身体传到了世界各地
你们的资料被用来让启动我的兵器，看看这个吧！（BOSS打开了卫星影像）
玩家：草薙京！
古利查力度解释了一切：大战之后我们捕捉了京，克隆了数个复制体，但是由于意外却被本体逃脱了，不过没关系，只要在全世界重要城市部署复制体一起行动了，这样的话整个世界就会受我们组织控制了，但是如果想让他们行动去杀人的话，必须输入数据...而所谓的数据呢......
就是如何杀人（格斗技术）的数据！
稍后我就会把你们统统解决的！
于是玩家和BOSS展开了一番恶斗，最终古利查力度被玩家打败了...这里我们先切回到主角队K队的视角，当K一行人面对古利查力度的时候：
真吾：草薙前辈！！
古利查力度会解释，其实K就是运用了复制技术的产物
那个K-DASH就是我的作品了
K：什么？！
古利查力度直接点出了证据：K并没有自己小时候的记忆
你能回忆起自己双亲的样子吗？，小时候的样子呢？
随后的发展和上面提到的一样，玩家开始和BOSS战斗，迎来了最终结局：
古利查力度被打败了
我居然输了？！
突然，基地上方传来了神秘的声音（熟悉剧情的朋友都知道，这个其实就是2000的BOSS，假zero）：
？：你失败了啊
古利查力度想要申辩，说复制京军团已经可以行动了，但是神秘人告诉他，京军团已经被全部控制住了
但是我部署的克隆人就算硬来也可以行动的
？：已经太迟了，各地的克隆人已经被镇压了
然后失去了价值的古利查力度被神秘人无情的灭口了...
？：到此为止，您也辛苦了
？：克隆人的数据已经成功传送了，这次就到此为止吧
？：接下来就只有把作为证据的东西销毁了
古利扎里德：不是吧？
？：再见了，古利扎里德
之后基地开始爆炸，格斗家们开始逃离基地，此时我们以K队为视角：
真吾：看样子我们和其他人走散了
结果真吾突然被大石头击中了- -不过其实没什么事
至于我们的主角：
玛克希玛：急匆匆的还是逃不掉啊
K的手套是用来抑制草薙之火的力量的，此刻手套受损，状态受到了影响
K：我也只有这个残次品了，抑制火焰暴走还很勉强
K：你的盾能挡住多少子弹啊？
玛克希玛这个逼装的我给满分！
玛克希玛：我认为我还可以挡住...
100发！
一番苦战之后，两人成功逃离了被毁坏的基地
MAXIMA：有点棘手呢，没事吧？
K DASH：火焰还是无法抑制，我倒不要紧可你却被火烧呢
MAXIMA：其实我也...很喜欢火的
基情满满啊有木有！到这里主角队的99剧情就全部结束了。剩下几个剧情的小彩蛋，涉及到BOSS古利查力度的最终结局、鞭子女的真实身份、以及京庵的99经历，篇幅限制，我们下篇再更新。
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