公元1600年，关原合战爆发，战后，获胜的德川家康荣登“征夷大将军”之位，开启了德川幕府的统治。
德川家康
1616年，第二代将军德川秀忠开始实施闭关锁国政策，这一政策延续了260年，直到1853年，美国佩里将军的“黑船来航”事件上演方告结束。
日本这一时期的锁国政策执行得非常严格，幕府先后颁发了五次锁国令，一次比一次严厉。按幕府的规定，严禁日本船只出海，偷渡者一律判处死罪；长期居留外国的日本人不得回国，否则一经发现即处死；驱逐西班牙和葡萄牙人，他们的子女如果留在日本，将被处死，如果日本人藏匿他们，一经发现即处死罪。
有一个中国人也在锁国令中遭受了磨难，他就是朱舜水，是明清鼎革之际名动天下的大儒。他在日本有许多学生，明亡后，不愿做满清臣子的他决定“乃次蹈海全节之志”东渡日本。但正逢日本实行锁国令，“三四十年不留一唐人”，朱舜水被困在长崎附件的海上，进退维谷，几乎陷入绝境。幸得早年与他有师生之谊的日本学者安东守约多方奔走呼吁，才终于得到幕府的登岸特许。由此可以见日本当时的锁国政策有多严酷。
在这种政策下，日本成了一个孤岛，基本断绝了与外界的往来，日本人只能从中国商船上的船员那里打听中国和周边发生的事，这种现象被称为“唐船风说书”。通过这种信息获得方式，日本了解了中原的明亡清兴，也知道了“三藩之乱”，以及郑成功收复台湾等大事，幕府儒官林春胜、林信笃父子据此编纂了一本非常著名的书籍《华夷变态》。
长期的闭关锁国使日本脱离了世界发展的潮流，经济、科技、文化变得越来越落后。那么是什么原因导致了日本实施这种自绝于世界的愚昧政策呢？主要是因为幕府对天主教势力的防范需要。天主教与日本神道教在意识形态上是冲突的，日本是个等级森严的社会，幕府借此实现对社会各阶层的严密控制，而天主教宣扬“人人平等”思想，这会削弱幕府对社会的管控；而且西南诸蕃在与西洋人的贸易往来中获得了财富和技术，增强了自身实力，幕府担心他们不再膺伏于将军的权威；而天主教势力策动的“岛原之乱”是促使幕府出台最严厉锁国令的一个重要原因。
16世纪中期，日本首次接触葡萄牙人，这是日本最早遇见的西方白人，日本人称其为“南蛮”。葡萄牙人通过日本购买产自中国的生丝，而日本则醉心于西洋的火枪、火药等武器。这种与以葡萄牙人为代表的洋人的贸易被当时人称为“南蛮贸易”。通过这种贸易，天主教思想也逐渐在日本传播扩散开来，形成了很大的影响，许多大名也皈依了基督。
日本人称天主教为“切支丹”，皈依基督的大名称为“切支丹”大名，其中最著名的就是立志“布武天下”的织田信长。他敏锐地感到，西方的科技和武器将大大助力他统一天下的事业，于是对天主教采取了“容耶”、“用耶”的接纳政策。在他的包容下，天主教在日本得到了很大发展。然而，随着织田信长在本能寺之变中死去，“切支丹”也迎来了凛冬。
丰臣秀吉继织田信长之后成为日本最有权势的人物。与织田信长不同，他对西方势力在日本的迅速扩大感到担忧，而九州一带的西南切支丹大名与葡萄牙人紧密钩连，更是对他形成了严重威胁，于是他下决心禁绝天主教。
1587年7月24日，丰臣秀吉颁布了《伴天连追放令》，“伴天连”是“Padre”的日文旧译，在葡萄牙语中是神父、传教士的意思，此令宣布驱逐传教士：“一、日本神国也，西国传来之基督邪法，万万不可接受。二、传教士令诸国郡之民归附，捣毁神社佛阁，实乃前所未闻之事，诸国郡知行，亦得遵天下之法，故需对其严加约束，不可任其妄为。三、传教士皆以其知识博取信徒，乃至破坏日本之佛法，诚不当矣。故其不可留于日本，当自今日起二十日内归国。四、黑船之仪，系贸易之事，应予区别，今后亦可进行长期贸易。五、不妨害佛法之商人，纵来于基督之国，亦予准许。” 《伴天连追放令》是日本史上对天主教的第一次禁令。后来丰臣秀吉对天主教徒的镇压愈发严厉，在1596年发生的“庆长大殉教”事件中，将二十六名教徒钉死在十字架上。
虽然丰臣秀吉严厉禁教，但天主教思想已经在日本大名中产生了深入持久的影响，他们虽然停止了宗教活动，却没有脱离天主教。而且在禁令之下，除了铁杆教徒高山右近外，其他如小西行长、有马晴信等人并没有受到特别的严重的打击，“切支丹”势力仍在。
由于侵略朝鲜失败，丰臣秀吉野心破灭，在忧愤中死去了。他一死，蛰伏的天主教势力立刻抬头，又迎来了大发展。在关原合战的前夕，日本天主教的发展达到了最高潮，更多的大名皈依了基督。
与中国古代一样，日本古代的土地兼并现象也非常严重，由此引发的剧烈矛盾是日本古代社会的一个固嫉。由于日本国土狭小，土地贫瘠，土地兼并使人民遭受了深重的苦难。
当时，幕府占据了最富饶的土地，其余土地被封给其他领主大名，广大人民失去了土地，受到层层盘剥，处于水深火热之中。
1634年，长崎的岛原半岛遭遇严重灾荒，农民食不果腹，处境极为悲惨。可是当地领主非但不救济，还施加了很重的税赋，农民们被逼起来抗税，却惨遭镇压。领主对抓来的农民施以名为“蓑衣舞”的酷刑，就是让他们穿上蓑衣，然后再点火焚烧，受刑者或在痛苦地翻滚呼号中被活活烧死，或在绝望中跳入水中淹死。领主们这种令人发指的暴行，使民间的愤怒迅速积聚，变得犹如即将爆发的火山，而在关原大战中失败的丰臣秀吉残余势力也准备利用这种形势酝酿起事。
“切支丹”在农民中宣称“土地属于上帝而不属于领主”，“上帝比诸侯更尊贵”等思想，并迅速得到农民们的响应。幕府看到天主教势力迅速壮大，感到了害怕，于是也像丰臣秀吉一样开始禁教，并用火刑处死了十五名教徒，可是天主教并未被遏制，教徒人数增加到了七十五万人。这种情形与洪秀全以“拜上帝教”思想鼓动民间情绪，积聚起义力量有几分相似。
1637年，岛原的火山终于爆发了，暴动的人们放火烧了衙门，岛原城城主一家遭到屠戮。起义者在岛原城的城头挂起了画有十字架和圣象的旗帜，四万多农民和教徒参加了起义，史称“岛原之乱”。与中国古代的起义相似，岛原暴动的目的不是为了宗教，却高举着宗教的名义。
这次起义的领袖是一个日本历史上的传奇人物，他叫天草四郎时贞，当时年仅十六岁。他本名“益田时贞”，是大名小西行长的家臣益田好次之子，而小西行长正是丰臣秀吉倚重的大将。 益田时贞后来被过继给天草甚兵卫，改名“天草四郎时贞”。关原合战当中小西行长兵败被杀， 包括天草四郎时贞父亲在内的家臣们因失去了主人而沦为浪人。由于天草四郎时贞在通商口岸长崎港长大，自幼与洋人接触较多，而主家小西行长又是个“切支丹”大名，这些因素使他很早就接受了天主教思想。
天草四郎时贞
年少的天草四郎时贞相貌俊美，他不仅是个虔诚的教徒，他还向荷兰人学习西方医术，并治愈了很多人，使当时的日本人认为他有起死回生的“神术”，再加上他能在水上行走的传说，使他在信教的浪人和农民中拥有了很高的威望。
幕府原以为起义军不过是一群乌合之众，并没有太在意，他们派武士板仓重昌领兵前去镇压。由于起义军的骨干是原来小西行长的家臣，他们是丰臣秀吉侵朝时的先锋，虽然流落为浪人，战斗力仍十分强悍。贸然进攻的幕府军队连败两阵，伤亡四千多人，板仓重昌也战死了。幕府大为震惊，于是派出重臣、幕府老中松平信纲率军十万再次前去镇压。
在强敌进攻下，因力量悬殊，起义军被迫退守岛原城，但幕府军也无法攻下城池，双方形成僵持。于是松平信纲决定围城，耗尽城里的粮弹供给。然而三个月后，岛原城仍岿然不动。松平信纲又派了三十四个被幕府收买的教徒骗开城门进入城内，寻机刺杀起义领袖。可是这些人很快被义军识破了，全部遭到斩首，头颅悬挂在城墙上。
无计可施的松平信纲无奈之下请求荷兰军舰施以援手。荷兰舰队来到岛原附近海上，向城里发射了四百多发炮弹，却仍然轰不开岛原城。起义军还用箭射出书信给幕府军，讽刺松平信纲求助于洋人的行径。
就这样坚守了五个月后，岛原城因弹尽粮绝，终于被攻破了。起义军与幕府军又在城里激战了三天，全城四万余人仅一名幕府内应幸存，其他全部被屠，天草四郎时贞切腹自杀，岛原城被夷为平地。
岛原之乱
“岛原之乱”虽然被镇压了，但幕府从中看到了天主教势力的强大，及其对幕府统治的严重威胁，所以事后仍心有余悸。幕府当局认识到，要维护统治，必须禁绝天主教在日本的传播，而要禁绝天主教的传播，则必须坚决杜绝天主教士来日本传教。1639年，幕府颁发了最严厉的第五次锁国令，规定日本全国只有长崎一处口岸允许通商，除中国和荷兰的船只外，其他国家的船只一律禁止在日本经商；断绝天主教会同日本的一切关系，将获得居留许可的荷兰人集中迁往长崎居住。
通过严密持久的闭关锁国，德川幕府消除了外来势力的威胁，削弱了地方诸蕃的势力，牢牢巩固了将军对日本社会的统治。但同时切断了资本对外流动，阻碍了商品经济的发展和繁荣，使日本陷入停滞和愚昧，两百多年后，终于在西方列强坚船利炮的威逼下打开了国门。
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