国家对课题的确立、课题的组织管理、经费的核算、课题的验收、课题的监督和检查等各环节都做出明确的规定。
在课题制管理中，首先要申请人自主申请，填写和递交有关课题项目申请表等材料。（确保申请材料的真实性、准确性，并明确区分自己的和他人的工作。不得伪造、篡改实验数据，虚构、夸大已有成果或占有、剽窃他人的研究成果。不可伪造或篡改申请人的简历、虚拟课题组成员、未经他人许可将其列入课题组并代为签名、虚报学术成果、夸大已发表论著的数量、伪造论文被收录情况、伪造奖励证书或者其他证明或说明材料等。）
1）阐述课题研究拟定的目标内容，讲清准备采用的研究方法，以及描述研究中遵循的技术路线，这是填写好课题项目申请表的核心内容。是体现该课题研究是否具有科学价值、创新性、社会影响以及研究方案可行性的载体，也是评审专家最为关注的内容。
2）在申请材料中填写申请人和参与者的学术职称、已发表的论文、已完成的课题的情况，旨在反映申请人和参与者的研究经历、研究队伍构成、研究基础和相关的研究条件，这也是评审专家提出评审意见的另一个重要依据。应诚实地填写，如果夸大自己的成果，就是学术风气浮躁的表现；如果虚报个人或课题组成员的学术成果，伪造合作人员姓名等，属于学术不端行为。
3）一个科学研究的前沿课题往往是复杂且颇具难度的，需要与同行甚至多学科的合作，组成研究团队方能完成。科研合作并不只是实验材料、技术的交换，而是需要大家在一起，对解决共同关心的科学问题进行智慧交融，这包括一起设计实验、探索新的技术路线和方法,以及在解析新发现时，认真严谨地交换学术意见。
需要在团队中提倡把名誉、文章排名的先后次序等都扔在一旁；同时在团队中建立一种契约的制度安排，以调控或化解各种利益冲突对合作研究的干扰。契约内容要涉及合作的各方在课题研究的责任、权利、利益三方面切实履行的可靠承诺和相应的管理办法。
4）为了保证课题评审的公平、公正性，项目评审人员和管理人员与被评项目人之间应采取严格的回避制度。由于获准立项会带来很大的经济利益，申请者托人情、找关系的情况时有发生。加之现在一些大学和科研单位把能否争取到立项及其经费额度作为科技人员的考核指标，评审专家对自己所属单位申请书的评审网开一面的现象也会出现。
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