故事起源于陨玉这是一种来自外太空的东西，长的像煤渣，它的厉害之处就在于：1、能够给生命带来源源不绝的氧气和有机能源，接触死人可以让死人的骨骼或者头发继续生长，能让活人长寿，而且对某些生物也有一定影响。2、利用某种方式，可能会使人无法死亡。例证：小哥说，人类不只追求长生，也是追求死亡的。还有吴邪爷爷临死前说的，我竟然也能死了。
3种蛇：
《盗墓笔记》中的蛇与陨玉有着密不可分的关系。因此某些长寿的地区或村落，总会找到三种蛇的踪迹，或者有陨玉的存在。三种蛇如下：1、烛九阴：出现在秦岭神树和沙海。2、鸡冠蛇：出现在蛇沼，这种蛇小时候是白色的，后期吸了血才变红。3、黑毛蛇：出现在银川，沙海，墨脱，包括在《幻境》里，张小蛇也曾驯养过这种蛇
需要说明，烛九阴的后代是黑毛蛇，黑毛蛇的亚种是鸡冠蛇，所以三种蛇其实是同一种。这些蛇能够散发一种叫费洛蒙的东西，在很久以前，人类会用这些蛇传递消息。最早传递消息用的是黑毛蛇，后来慢慢不用了，但是黑毛蛇身上保留了很多古代的信息。作为黑毛蛇的亚种，鸡冠蛇也可以传递信息。三叔在蛇沼给吴邪留下了最后的信息，就用的鸡冠蛇，并让黑瞎子带了出去。
也许是因为地质变化或者陨石冲击，古时候的一些黑毛蛇被封在某种石头（陨玉）里。在陨玉里蛇还能继续活着，于是这些蛇变成了蛇矿。墨脱的壁画中记载着全世界只有三个蛇矿，分别是北京附近的沙漠（沙海），墨脱青铜门下，银川（沙海腔隙）。
为了读取黑毛蛇保留的断代信息张家，吴老狗，汪家人，都在寻找和开采蛇矿。然而读取信息需要一种特殊能力的人。能感觉费洛蒙的人很多，但是能正确读取的人却很少，吴老狗恰好就是有这种能力的人（包括吴邪也有）。汪家人是无法读取费洛蒙的，就算他们开采了蛇矿，也仍然需要吴老狗这样的人帮助他们读取信息（后来他们选择了黎簇）。
一直出现的“它”是什么？“它”是一个政府组织，目的是为了追求长生，领导者是张大佛爷的人，成员是老九门，以及老九门的二代。从老九门那一代开始，所有的人认为“它”是控制九门的背后主使。于是解，吴，霍，三家设计，促使了它的瓦解。然而“它”只是一个诱饵，是汪家的替罪羊，”它“的瓦解对汪家没有任何影响，而是汪家一直是利用“它”控制九门，以便寻找自己想要的东西，也就是”世界的秘密“——终极。
关于终极：周穆王，汪藏海，张家看到了世界的秘密，三方都不约而同的把这个世界的秘密封印住。周穆王写了战国帛书，汪藏海写了蛇眉铜鱼，张家篡改了很多墓葬的古籍，目的就是保护这个秘密不被发现。（可以说，终极就是世界的发展规律和历史走向）所以，八本盗墓笔记讲的是吴解霍三家陷入谜题，瓦解组织“它”的过程。但是瓦解了“它”故事却没有结束，因为“它”这个政府组织根本就是个傀儡而已，汪家还在背后呢。藏海花写的是吴邪发现了汪家的存在，沙海写的是吴邪的反抗。其中秦岭神树这本，跟盗笔的主线（吴解霍三家瓦解“它”）的关系不大，这一本相当于是后面情节的引子，写的是吴邪在秦岭第一次接受测试，获取烛九阴的费洛蒙（看到齐羽的记忆），以及对抗青铜树的幻象（必须有这个能力才能够进墨脱）。三叔也说过，这是他写的最认真的一篇。
说到齐羽，必须得提一下，吴邪和齐羽没有关系，就像最后解连环给吴邪的信里说的，这是一个局。吴老狗和解九爷在吴邪出生之前就开始合谋迷惑“它”，解九爷的奇谋中有各种人皮面具，替换人员，间接证明人换人是可以实现的，所以后期才有吴三省解连环计划，以及吴邪齐羽计划，都是为了真人假人共同出现来迷惑“它”。齐羽一定是在吴邪很小的时候就整形成吴邪长大后的样子，同时进行整形的还有张海客，不过也不排除张海客就是齐羽。然后吴邪也去学习齐羽的笔迹，所以封条，地上爬的人，还有最后救张起灵偷袭吴邪的人都不是吴邪，而是齐羽。（当然，网上有一整套吴邪是齐羽的理论也很合理）
关于张家
就是一盗墓世家，家族的长生跟陨玉或者蛇有关系。张家通过世代盗墓看到了世界的真相——终极，决定把这个秘密保存起来，篡改了很多墓葬资料，引诱盗墓贼的目光投向长生。后来因为家族内乱，到底篡改了哪些张家人自己都不知道了，所以小哥当上族长之后开始梳理脉络。梳理清晰之后，小哥又要去承担保护家族秘密的责任，所以他才总是神出鬼没。在墨脱探险之后，吴邪知道张家为了保护秘密，篡改了很多墓葬史料，真相只有黑毛蛇才能知道，也从而了解到蛇矿的重要性，所以他出发去寻找蛇矿。
当时他知道墨脱的蛇矿已被开采，而沙海的蛇矿被军方保护，所以只可能去找另一个没有被发现的蛇矿，也就是沙海腔隙里的银川蛇矿。之所以吴邪会很快发现到银川有蛇矿，是因为他听说了那个地区有村落出现长寿的情况，以及一件奇怪的事：小女孩捡煤渣（其实捡到的是陨玉），被车撞死，死后她的尸骨却在继续生长（这明显是陨玉的作用）。那个时候汪家人仍在监视吴邪的动作。吴邪只知道有个家族和张家对立，并不知道汪家的底细，所以他在银川蛇矿的时候还是懵懂的。
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