《盗墓笔记》是一部悬疑冒险小说，里面的故事线和人物关系有点复杂，确实不太好看懂。大结局的时候，作者把故事给捋了一遍。
大致内容：“组织”利用九门寻找张家的秘密，吴三省和解连环设计想脱离组织控制，于是设了假死调包的局，并用吴邪混淆视听。最后随着组织人员全部死亡，这件事情也就结束了。
作者总结的时候把“组织”解释了一下，但是“它”作者没有说明。随着《藏海花》和《沙海》的出版，这个“它”就被明确出来了，就是汪家人。他们是隐藏起来的，他们渗透到九门之中，瓦解张家人，觊觎青铜门，想要代替张家。
裘德考解密的战国帛书，指向的是西王母国。当年西王母赠药给周穆王，后来西王母国东迁到长白山，建青铜门，所以云顶天宫里有西王母国的风格。几千年后，万奴王鸠占鹊巢重修云顶天宫，万奴王是青铜门的产物，也就是受到了西王母遗留下来的恩惠，成为共生的怪物，不断地涅槃，从而获得永生。
一切的根源就是明朝时，汪藏海被万奴王抓去修云顶天宫，汪藏海进入了青铜门，看到了终极。另外在《藏海戏麟》中，当年的话痨张起灵向汪藏海透漏了自己家族的秘密。从此汪藏海便想瓦解张家，想代替张家。（张家和西王母有密切的关系，所以张家要守护终极）
于是汪藏海就把秘密藏在了三条蛇眉铜鱼里，汪藏海的信徒也就是汪家人，在封建社会结束之时，让张家分崩离析。但是汪家人并没有就此结束，他们想要知道更多，想要得到终极。所以他们渗透到了九门，陈文锦说的它，就在吴三省的队伍之中。（这也是吴三省用蛇给吴邪传口信的原因）
因为汪家人的觊觎，所以张起灵说“时间不多了”（意思就是青铜门出现了危机），所以小哥去替吴邪守青铜门了。之所以九门和张起灵约定轮流守护青铜门的承诺没兑现，就是汪家人的干预。
吴邪爷爷是第一个发现汪家人的，当时他发现的是“黑飞子”（是汪家人的一支，不算是人类，称之为它），从而慢慢的得知了汪家人的存在。吴三省在设局脱离组织的同时，也在防备着汪家人。这就是故事的双线剧情。
“组织”想得到张家长生的秘密。
“它”（汪家人）想得到终极。
而这一切都要有一个关键点，那就是吴邪。
就这样展开了《盗墓笔记》系列故事。
总之《盗墓笔记》是一个很复杂的故事，汪家人就想得到青铜门后的终极（因为汪藏海并没有留下终极的秘密），然后青铜门岌岌可危，张起灵就去守青铜门了。吴邪在《藏海花》中得知汪家人的贼心，是他们的直接原因导致张起灵要呆在青铜门里十年。所以《沙海》吴邪一心就想灭了汪家人。
灭完之后吴邪就接小哥回雨村养老了，还没半年，先是去了死水龙王庙，接着就开始了《重启之极海听雷》，重启已经是新故事了，《灯海寻尸》目前已经断更了。又是一个坑。
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