同治九年（1870）七月二十六日，对于马新贻来说，注定是一个不寻常的日子。这天上午，接替前任曾国藩、总制两江刚满两年的马新贻，照例要亲赴校场阅兵。事毕，于还署途中遇刺，不治身亡，成为晚清时期轰动全国的四大奇案之一，在民间广为流传。
身为封疆大吏、声誉如日中天的马新贻突然被刺身亡，成为当时轰动全国的爆炸性新闻。凶手口供屡屡翻改，致使流言四起，对其死因更是众说纷纭，先后出现过许多种说法：
一是清廷官方的“浙江海盗挟仇报复”说。这是经过几番审查后，曾国藩上报朝廷、作为结案定论的说法。史料记载，张文祥（又作张汶祥）原为捻军头目，所部800人皆能战，屡败马新贻军。马新贻遣人说降，言辞恳切，张文祥颇为感动，与之约定并立誓。
谁知道，张文祥投降后800部下全部被清军所杀，张文祥侥幸得以逃走。他将此归罪于马新贻，从此与之结下血海深仇，于是便有了刺马一案。
第二说与上说细节稍有不同，但也与浙江海盗有关，为史书所记载。张文祥原是广东一带的流匪，并与浙江海盗往来甚密。马新贻任浙江巡抚时攻剿南田海盗，张文祥的许多伙伴都被捕杀，妻子与财产被吴炳燮所掠。马新贻到宁波阅兵时，张文祥曾拦路状告妻子财产被掠的事情，但因呈述不准，张为此又遭吴炳燮的羞辱，妻子不久也死了。有人对羞辱难当又家破人亡的张文祥说，马新贻庇护吴炳燮，是吴的后台，于是怀恨在心，伺机刺杀了马新贻。
第三说称马新贻死于官场倾轧。持此说者当时就颇有人在，但只是推测。他们认为马新贻就任闽浙总督及两江总督时，曾负有慈禧太后调查太平军国库下落的密谕，为此早在赴闽浙总督前就对二位兄长谈起“吉凶难料”的预感。
从案发后参与审理的一些官员的言行及凶手的表现来看，蹊跷颇多，特别是有的审案官员竟拒绝在奏结上签字，以铁面无私著称的钦差大臣、刑部尚书郑敦谨在结案后称病不回京交旨，且终身不复为官。而一位随其办案的官员颜士章在日记中称“刺马案与湘军有关”。
从上述种种迹象看，“刺马案”与当时手握重权的湘军有关。也有人认为当时的江苏巡抚丁日昌与马新贻有矛盾，其子涉嫌此案云云。
第四说即民间流传的“义士为友复仇”说。此说指马新贻功成名就后，落入了英雄难过美人关的俗套，与先前招降又歃血盟誓的结义兄弟曹二虎之妻郑氏有私情、并杀害其夫，从而导致了另一位义弟张文祥铤而刺马、为友复仇的义举。但当时就有人提出质疑，认为“结义兄弟”等说法不可尽力信，而据此演编的《张文祥刺马》全非事实。
“刺马案”说法种种，扑朔迷离，但以前三种说法较为学界中人重视，其中又以第三种说法更值得关注。我们不妨来看看当时清政府的态度。
最初，朝廷急切要了解案情的真相，于是上谕一道接着一道。先是命江宁将军魁玉严审，务得实情。及至魁玉奏入，“供词闪烁，恐有牵制窒碍之处”。又命漕运总督张之万会同魁玉一起审讯。复又调直隶总督曾国藩回任两江，再派刑部尚书郑敦谨为钦差大臣，会同曾国藩严查细究。如此这般兴师动众，或可见清廷对于此案惊恐不安之一斑。
然而，最终决定此案调子的却是慈禧太后的几句话。当时被天津教案弄得焦头烂额的曾国藩，本来可以借刺马案从天津脱身，但从他的反应看，显然不想接受这一烫手山芋。他先是称病请辞，朝廷不准。不得已之下，只好请求陛见，以图弄清慈禧对此案的态度。
九月二十六日，正好是张文祥刺马案的两个月后，曾国藩奉旨前往养心殿，一番君臣寒暄过后，围绕马新贻一案，慈禧与曾国藩说了几句话。对答一共只有两句，却颇含深意：
慈禧：马新贻这事岂不甚奇
曾国藩：是很奇怪
慈禧：马新贻办事很好
曾国藩：马新贻办事和平精细
此后，尽管朝廷一再催促曾国藩赶紧去江南赴任，但曾国藩仍然在路上走了两个多月，这与他一贯勤于政事、严谨处世的作风颇有出入。接手案子后，曾国藩也只是程式化地点齐人犯，过堂时默不言声。耐人寻味的是，在审问如此重要的凶手时，一直都未用重刑。
大约半个月后，曾国藩只是对钦差大臣郑敦谨淡淡地说了一句：“只好仍照魁、张二公原奏之法奏结。”以“浙江海盗挟仇报复”罪名上奏，了结了此案。同治十年二月，奉谕比照大清谋反叛逆律例，刺客张文祥被凌迟处死。
因为慈禧太后对马新贻一案的旨意，马新贻虽死于非命，却于身后倍极恩荣。上谕赐谥“端愍”，追赠太子太保衔，再加恩照阵亡例赐恤，赏其子马毓桢骑都尉兼云骑尉世职，并准于江宁府建立专祠。但即便是这样，马新贻的死因至今也没有定论，晚清朝廷内部里那套是是非非确实让人难以琢磨。
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