增值税纳税申报分为一般纳税人申报和小规模纳税人申报。
一 增值税纳税申报表整合后，一般纳税人增值税纳税申报内容更完善易操作了
新的《增值税及附加税费申报表（一般纳税人适用）》及其附列资料填列时，主要注意三个方面的变化：
一是在原《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》主表增加第39栏至第41栏“附加税费”栏次，表名调整为了《增值税及附加税费申报表（一般纳税人适用）》；要求据实填写。
二是将原《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第23栏“其他应作进项税额转出的情形”拆分为第23a栏“异常凭证转出进项税额”和第23b栏“其他应作进项税额转出的情形”，并将表名调整为《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）。其中第23a栏专门用于填报异常增值税扣税凭证转出情况，第23b栏填报原第23栏内容；要求据实填写。
三是增加《增值税及附加税费申报表附列资料（五）》（附加税费情况表）。
其中涉及到增值税纳税申报内容的变化主要是：纳税人在办理纳税申报时，需要将按照规定本期应当作异常增值税扣税凭证转出处理的进项税额，填写在《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）的第23a栏“异常凭证转出进项税额”。
对于前期已经作过异常增值税扣税凭证转出处理，解除异常凭证或经税务机关核实允许继续抵扣的，且纳税人重新确认用于抵扣的进项税额，在本栏次填入负数。
二 增值税小规模纳税人申报时，可确认数据后，通过系统引导完成纳税申报
系统为增值税小规模纳税人提供了【增值税及附加税（费）申报（小规模纳税人适用）】和【增值税小规模纳税人引导式申报】两种申报方式，纳税人可自行选择使用其中的任意一种方式进行申报，完成其中一种方式的申报后，两种申报方式的申报状态均会同步更新，无需重复申报。
一是在系统中选择【我要办税】-【税费申报及缴纳】-【常规申报】-【增值税小规模纳税人引导式申报】
二是点击左上角【申报表】按钮，系统会弹出【智能辅助归集表】，该表可自主选择使用。若选择不使用归集表信息，点击右上角关闭即可；若选择使用【智能辅助归集表】，数据核对无误后，点击【确定】则可将归集数据自动写入申报表的对应栏次。
三是核对申报表各类数据准确无误后，点击【提交】
注意：
（1）当申报表被提交之后【智能辅助归集表】将不再展示，若想重新呼出【智能辅助归集表】，则需要先作废申报表。
（2）辅助归集表：允许填写“未开具发票”、“差额征收”、“销售不动产”，其中“差额征收”和“未开具发票”需勾选后再填写；
（3）差额征收栏次：开具发票合计大于0时允许填写，填写金额必须小于等于开具发票合计；
（4）销售不动产栏次：由纳税人自行填写，必须小于等于5%征收率金额。
