电影《金陵十三钗》以南京大屠杀为背景，围绕一群女学生，将教堂作为地点，讲述中国士兵、外国神父和一群妓女为保护一群女学生的，甘于奉献，慷慨赴死的感人故事。揭示战争的残酷，讴歌战争中人性的美好。
抗日战争对中国人民的摧残是巨大的，导演之所以选择“战争中人性的美好”作为主题，一是以人性的美好与战争的残酷作对比，揭示南京大屠杀对南京人民的伤害，让中国人民勿忘国耻；二是揭示战争中依然有美好的人性存在，借此安慰国人被战争创伤的心灵，让观众看到，残酷对于战争不是绝对的，在战争中，依然有净土的存在。
在本片中，人物性格的转变推动故事情节的发展，其中，又以“神父”、十三钗和小女孩为主。
约翰以“钱”为相处方式的性格在目睹战争的残酷后，最终回归人文主义的美好。约翰是美国派来安葬神父的人员，“money”是约翰出场之初最常使用的台词。为神父祷告需要钱，修理卡车需要钱，甚至在爱情中，他仍认为应该用金钱维持。留在教堂不是乔治的本意，他是为寻找教堂中可供他使用的资源——金钱和美酒；穿上神父的衣服也并不是乔治的自愿，而是为博得玉墨的欢喜。然而，当日军冲进教堂，女学生即将被亵渎时，这些发生在约翰身上的偶然便成为保护女学生的必要武器。
影片中，日军野蛮的行为与女学生声嘶力竭的求救声深深刺痛约翰的心灵，人物的性格在此发生改变。日本人不敢惊动西方人，这为约翰保护女学生提供很好的基础。他站在教堂的最高处，假扮神父，手执教会的十字架红旗，高声痛斥日军的残暴。这是剧情的一大发展，约翰人性的美好第一次在本片的荧幕上展示。约翰决定留在教堂，用神父的身份，继续保护女学生。
期间，为寻找两名走失的妓女，约翰外出寻找。在半路上，他遇到自己在美国的朋友。原本他可以选择和朋友一起乘坐回美国的大船，可他决定留下来。他积极寻找帮助女学生出逃的办法，在夜深人静时，悄悄躲在大院修理卡车。
约翰性格的转变所带来的人格魅力也渐渐吸引玉墨，两人的爱情不再以金钱衡量，而是两颗心的距离。故事发展到这里，观众已经很明确地看出约翰人物性格的转变。从索要金钱才能修理卡车，到恳求别人提供修理卡车的工具；从在教堂寻找资金，到自愿留下保护女学生；从以钱衡量爱情，到结局的真心相爱，约翰性格的转变一步一步推动情节的发展。这种性格不仅是约翰个人的性格，也是西方资本主义的性格，以金钱衡量事物的标准最终被中华民族的人文情怀所感化。
战争在无形中，把两个价值观不相同的民族拉近，表现出相同的美好人性，可见战争中美好的人性是不分国别的。
“金陵十三钗”原本是被称为“不知亡国恨”的“商女”，然而在战争期间，她们人性中美好的一面也得到释放。香兰、春花和玉墨是其中的代表。
香兰为给长得像自己弟弟的兵弟弟弹一首秦淮曲，不惜冒险逃出教堂。这与十三钗出场时冷漠的形象形成对比，表现出他们充满人性温暖的一面。
春花最初泼辣地与女学生抢公用厕所，女学生拼死抵抗；最后女学生欲跳楼自尽时的相救，承诺顶替女学生去日本军营。她前后与女学生互相排斥到彼此接受的转变，也是十三钗与女学生关系的转变。女学生通过相处发现十三钗不为人知的血性一面，产生好感。
玉墨是全剧的中心人物，也是秦淮河女美好人性释放的具体体现。玉墨在成长过程中，因继父的强暴而走上秦淮河女的道路，她压抑自己接触过高等教育的感知。在民族受到日本蹂躏时挺身而出，喊出“商女也知亡国恨”的口号，号召秦淮河女子团结对外，保护女学生。
玉墨这种人性的释放实则代表着整个十三钗人性的释放。她们并不就如人们眼中那般冷漠无情，而是由于生活的无奈，在饱受他人歧视的眼神中，渐渐将自己错误定位。但是民族血性阳刚的气质是深深烙印在骨子里的，当国家危险时，中华民族特有的人文主义精神自然回归，人性的美好体现于这些被人们视为的“特殊人群”的心中。
战争中人性的美好尚能在这群昔日地位低下的人身上体现，影片由此被推向高潮。
女学生的性格转变相比约翰和十三钗要少一些，最明显地体现于对十三钗的接纳。学生一开始对十三钗百般排斥。不允许十三钗进入教堂、不同意共用厕所，而最后，当十三钗决定替学生赴会，学生们拿着校服递给十三钗时的那声“姐姐”，化解先前一切矛盾，证明学生对十三钗的接纳。这既可以表现学生在战争中的成长和对特殊人群的重新认识，也可以从侧面看出十三钗温情的释放打动着每一个人。
片中还有一位相对没有性格转变却十分重要的人物——李教官。这是一名中国军官，在部队还有一步就能出城时，毅然下令向日军开枪，解救女学生，直接导致军队的阵亡。在生命的最后一刻，他选择牺牲性命保护女学生，独自面对日军，捍卫中国军人的尊严。这是一位血性军人。身中数枪时不吭一声，却在看到同胞牺牲时，流下热泪。在李教官身上体现的是中国军人的精神，赞美战争时期中国军人不畏牺牲的精神，讴歌一曲荡气回肠的凄美保卫战。
人物性格层层推动情节的发展，是本片的一大看点。身为摄影师出身的张艺谋，在视听语言上也极力给观众营造真实、感人的效果。
