金刚被人引诱来一个人造生态园过着舒适的生活，但一切生物向往自由，金刚腻了，时不时扔几棵树搞破坏表示不满。
人类高科技公司Apex私下搞了能对抗哥斯拉的武器，被它发现了，立即苏醒来到武器制造基地大搞破坏，但没有被它发现武器。
Apex老总女儿大雄带领一群人去寻找能彻底激活武器的强大能源，大雄就是凶！
能与金刚沟通的小女孩睡不着，半夜找金刚玩，金刚动静太大，吸引了一群人的目光！
金刚的出现也引来哥斯拉的注意，这不，找上门和金刚单挑，金刚勉强对抗哥斯拉，剩下的舰队在熟人的提示下关掉一切能源引擎示弱，哥斯拉看到后才游走了（找场子证明自己的霸主地位）。
众人来到南极，让小女孩出面教唆金刚进洞探险，金刚和一群人来到了地下世界，这里有能威胁金刚存在的远古生物。
在祖传的记忆中，金刚来到目的地，拿到了属于自己的大宝贝（充能斧子）。
故事的另一条主线，三个好事者来到Apex的武器制造基地，发现了那里的秘密。
金刚闲得蛋疼，把大宝贝放到了一个嵌位上，激活了此地对大宝贝充能的机关，这动作立即引起了哥斯拉的注意。大雄也找到此行的目的能源，将能源数据分析上传回了基地。
哥斯拉老牛比了，把地壳喷穿挑衅金刚，然后金刚开始了与哥斯拉的大战，结局是金刚惨败。
通过之前的能源数据，武器机械哥斯拉成功激活，因为有着无限供应的能源，所以对于还在生物范畴的哥斯拉，是一点都不虚，把对方按在地上摩擦。
金刚因之前对抗只剩半条命，又被救活后，小女孩请求金刚帮助哥斯拉打败机械版的怪物。另一主线也没闲着，把机械哥斯拉的供能系统破坏后，成功帮助金刚毁灭了对方。
金刚憨态带着怂意地放下了充能大宝贝，哥斯拉看到斧子能力耗尽没有威胁，吼叫了几声宣扬霸气后，离开了。
总结：这部哥斯拉VS金刚，比上一部的怪兽之王2有趣多了。故事分两条主线，一条是关于金刚找家的人性描写温和路线，一条是哥斯拉对自己绝对霸主地位不可动摇的战斗刚猛路线。刚柔并济，没有一味追求打斗，两大巨兽的行动都有着自己目的，加上优秀的特效，十分值得一看！
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