按照正常的叙述，对于乾嘉学派的开山鼻祖问题，一般会说是顾炎武与黄宗羲，然而江藩的《汉学师承记》把顾、黄列在了附录，对于这种做法，后世研究者多有不满，比如日本汉学家本田成之在《中国经学史》中说：“顾、黄二氏实是开汉学之门的人。顾是从朱子学出身，黄是从阳明学出身，虽不能说是纯粹的汉学者，但可以说是汉学的开祖，江藩《汉学师承记》把这二人除外，述在附录，其不妥当是不消说的。”
本田成之把顾、黄视之为清代汉学的开门人，所以他认为江藩把这二人放在附录当然不妥当，可是本田先生也在文中说：顾的学问出身是宋明理学，而黄则是阳明心学，所以这两位都算不上是纯粹的汉学家。那既然这样，江藩在《汉学师承记》中把他们放在附录还有什么不妥当之处呢？当然，跟本田先生持同样观点者还有多位，而这篇小文不是为了探讨乾嘉学派的开山鼻祖，我在此只想说，江藩的《汉学师承记》乃是汉学阵营的一大成果，而该书内所收录的汉学家，均为那个时代的一流人物，所以他的这本书凡是研究清代学术者，都是无法绕开的一部最重要作品。
阎若璩撰《潜邱劄记》六卷，清乾隆十年闫学林眷西堂刻本，书牌
阎若璩撰《潜邱劄记》六卷，清乾隆十年闫学林眷西堂刻本，序言
阎若璩撰《潜邱劄记》六卷，清乾隆十年闫学林眷西堂刻本，卷首
对于阎若璩的研究方式，此后很多学者都大为夸赞，比如段玉裁在《戴氏年谱》中说：“百诗读一句书，能识其正面背面。”段玉裁的治学方式本来也是如此，而他能以此来夸赞阎若璩，可见他对阎是真心的佩服。常原生所著《阎若璩》一书中，引用了许多阎对古文献的研究方式，从这些文字可以看出，阎若璩敢于在不疑处生疑，比如他在《潜邱劄记》卷三中有着这样一段考证：
按：朱子不甚闲地学又臆解字义，故《陈风》：“防有鹊巢。”《毛传》云：“防，邑也。”刘昭引《博物记》云：“邛地在陈国，陈县北防亭在焉。”孔颖达《疏》云：“以鹊之为鸟，畏人而近人，非邑有树木，则鹊不应巢焉。”故知“防”是邑也。此与堤防之解，绝不相蒙。而《诗集传》乃云：“防，人所筑以防水者。”
朱熹在解读《诗经》上的一句话时，认为《陈风》中的某句中的“防”字是防止的意思，而阎若璩经过一番考证，认为这“防”乃是地名。
阎若璩的考证也有一些实用性。阎若璩的故乡在太原附近的西寨村，此村离山西著名的晋祠很近，但是晋祠内有座圣母殿，以至于元朝人把晋祠直接称为“女郎祠”，然而晋祠明明是为周初晋国唐叔虞所建的祠堂，这两者之间的问题困惑了很多人。某天阎若璩到晋祠去游玩，偶然在荒草之中发现了一块宋碑，此碑名为《谢雨文》，阎若璩细读碑文后才明白，原来晋祠内圣母殿供奉的圣母，乃是唐叔虞的母亲邑姜，而这邑姜乃是姜太公的女儿。他的这个发现令当地人十分高兴，太原知府周令树专门树碑纪念此事。
当然，阎若璩在考证上的更大名声则来源于他对经学的研究，而最为著名的一件事则是他经过30年的考证，最终确认了千年以来流传的《古文尚书》乃是一部伪书。
《古文尚书》是跟《今文尚书》相对而言者，原本《尚书》并不分古文与今文，在汉代原本流行的《尚书》乃是由伏生所传，这位伏生在秦国做过博士，后来秦始皇焚书坑儒，《尚书》也在被焚之列，伏生就偷偷地把一部《尚书》藏在了墙壁内。经过了一系列战乱，刘邦建立了汉朝。天下稳定之后，伏生又从墙壁内找回了他所藏的《尚书》，但是他发现自己的所藏也有部分的损坏。伏生将剩余的部分进行了整理，只剩下了二十九篇。从此之后，伏生就用这残存的二十九篇来授徒。再经过他的弟子广泛地传播，这二十九篇《尚书》就成为了汉代通行的版本。
然而到了西汉末年，有人从孔子旧宅的墙壁中又发现了一部《尚书》，刘歆在《移书让太常博士》中说到：“鲁共王坏孔子宅，欲以为宫，而得古文于坏壁之中，逸《礼》三十九篇，《书》十六篇。天汉之后，孔安国献之，遭巫蛊仓卒之难，未及施行。”
看来，是鲁共王为了扩大宫殿而拆掉了孔子的旧宅，而正是在拆房的过程中发现了《尚书》。这部书后来被大学问家孔安国得到了，而这部《尚书》乃是用古代的蝌蚪文写成，在当时社会上流行的《尚书》是用汉学通行的隶书所书写者，既然隶书是通行的字体，所以以此写成的《尚书》就被称之为《今文尚书》，而从孔子墙壁中发现的这部用古字写成的《尚书》就被称之为《古文尚书》。孔安国认为《古文尚书》当然早于《今文尚书》，所以他认为《古文尚书》最可靠，于是他就将此献给了皇帝，希望能够得到推广。
然而那时人们已经习惯于诵读《今文尚书》，所以孔安国的建议遭到了很多人的反对，所以《古文尚书》就没有得到官方的承认。到了王莽建立了新朝，刘歆利用自己跟王莽的特殊关系，终于使得《古文尚书》得到了朝廷的承认。自此之后，《古文尚书》被立于学官。但后来还是被取消了。到了后汉章帝时，《古文尚书》又再次被朝廷批准可以公开讲授，然而此时的讲授属于私学。
孔安国所献的《古文尚书》到了魏晋时代又失传了，而后东晋豫章内史梅赜向朝廷献出了一部《尚书》，梅赜说：这部《尚书》就是孔安国所献的《古文尚书》，这部《尚书》前有孔安国的自序，其内容共分为46卷58篇，这是已知后世见到的留存卷数最多的《尚书》，它比伏生所献的《今文尚书》多出了25篇。
阎若璩撰《四书释地》一卷，清乾隆八年阎氏眷西堂刻本，书牌
阎若璩撰《四书释地》一卷，清乾隆八年阎氏眷西堂刻本，卷首
梅赜所献的《古文尚书》由此而引起学界的广泛关注，从此之后，这部《古文尚书》就跟伏生的《今文尚书》并立于朝官。到了唐代，大儒孔颖达奉唐太宗之命修《五经》。对于《尚书》，孔颖达就以梅赜所献的《古文尚书》为准，写出了《尚书正义》，同时他也把伏生所传的29篇《今文尚书》的内容融入了其中。从此之后的一千多年，社会上流传的《尚书》就是以梅赜本为主体的《古文尚书》。
到了宋代，有位叫吴棫的学者对《古文尚书》表示了怀疑，他觉得这部书有可能不是当年孔颖达所发现的那一部。吴棫虽然提出了疑问，但他没有做深入的研究。而宋代理学大家朱熹也开始怀疑梅赜本，他在《书临漳所刊四经后》一文中称：“汉书以伏生之书为今文，而谓安国之书为古文。以今考之，则今文多艰涩，而古文反平易……或者以为记录之实语难工，而润色之雅词易好，……是皆有不可知者。至诸序或颇与经不合，如《康诰》、《酒诰》、《梓材》之类，而安国之序，又绝不类西京文字，亦皆可疑。”
朱熹首先是从文字风格上对《古文尚书》产生了怀疑，因为他觉得《今文尚书》读来比较艰涩，而《古文尚书》读来反而很是通顺，这不合历史规律，应该是古文难读才对，除此之外，《古文尚书》上的孔安国序言也不像是汉代人的口吻，朱熹在《记尚书三义》中又称：“尝疑今孔传并序皆不类西京文字气象，未必真安国所作，只与《孔丛子》同是一手伪书。盖其言多相表里而训诂亦多出《小尔雅》也。此事先儒所未言，而予独疑之，未敢必其然也。姑识其说以俟知者。”
看来，他更加怀疑《古文尚书》上的序言及文中的注释不是出自孔安国之手，他认为这是后人所伪造者。然而《尚书》乃是儒家最重要的经典之一，朱熹只说出了自己的疑惑，但他却没有做深层的怀疑，他希望后来者能够深入地研究这个问题。到了元代，吴澄等人也开始怀疑《古文尚书》，而明代经学家梅鸾按照这种疑古的思路，写了本《尚书考异》，但这部书没能彻底地推翻《古文尚书》。
阎若璩撰《尚书古文疏证》八卷，清乾隆十年序眷西堂刻本
阎若璩从20岁开始就怀疑《古文尚书》是一部伪书，阎咏在《行述》中说：“著《尚书古文疏证》，盖自二十岁始。而诸子史集，亦自是纵学，无不博览。”而张穆在《潜邱先生年谱》中引用钱大昕所作之传称：“年二十读《尚书》至古文五十五篇，即疑其伪，沈潜三十余年，乃尽得其症结所在。”
阎若璩对于《古文尚书》的研究可谓下了大力气，他竟然用了30年时间来研究这部书，最终他用了许多无可辩驳的证据说明，这部梅赜本的《古文尚书》乃是一部伪造本，为此阎若璩写出了自己的代表作——《尚书古文疏证》，他在该书中一条一条地举出了自己所发现的问题，比如《疏证》卷二第31条的题目为《人心惟危，道心惟微，纯出荀子所引〈道经〉》，而对于这条的考证，阎若璩写出了如下的文字：
二十五篇之《书》，起最背理者在《太甲》、《稽首》于《伊尹》，其精密绝伦者，在《虞廷》十六字。今既证《太甲》、《稽首》之不然，而不能灭《虞廷》十六字为乌有，犹未足服信古文者之心也。余曰：此盖纯袭用荀子而世举未之察也。荀子《解蔽篇》：“昔者舜之治天下也”云云，故《道经》曰：“人心之危，道心之微，危微之机，惟明君子，而后能知之。”此篇前又有“精于道，一于道”之语。遂隐括为四字，复续以《论语》“允执厥中”，以成十六字。伪古文盖如此。或曰：“安知非荀子引用《大禹谟》之文邪？”余曰：合《荀子》前后篇读之，引“无有作好”四句，则冠以“《书》曰”，引“维齐非齐”一句，则冠以“《书》曰”，以及他所引书者十，皆然。甚至引“弘覆乎天若德裕乃身则明”冠以《康诰》，引“独夫纣则明”，冠以《泰誓》，以及仲虺之诰亦然。岂独引《大禹谟》而辄改目为《道经》邪？予是以知“人心之危，道心之微”，必出真古《道经》，而伪古文盖袭用，初非其能造语精密至此极也。
阎若璩所说的《虞廷》十六字心传乃是“人心惟危，道心惟微。惟精惟一，允执厥中”，这16个字在宋明理学中成为了重要的立论依据，而此16字就是出自梅赜本的《古文尚书》，如今阎若璩证明了梅赜本《古文尚书》是一部伪书，那么这16字令也就变得站不住脚。而阎若璩证明此16字乃是出自荀子所引的《道经》，这对宋明理学的打击太大了，难怪朱子等大儒不愿意彻底地揭露这是一部伪书，因为其立论依据也是本自该书。因此说，阎若璩证明梅赜本《古文尚书》乃是一部伪书这件事，在他那个时代引起了轩然大波，但是真正的学者却为阎若璩的这个发现而欢呼，比如黄宗羲在给《尚书古文疏证》所作的序中称：
忆吾友朱康流谓余曰：“从来讲学者未有不渊源于‘危、微、精、一’之旨，若无《大禹谟》，则理学绝矣。而可伪之乎？”余曰：此是古今一大节目。从上皆突兀过去。“允执厥中”本之《论语》，“惟危”、“惟微”本之《荀子》。《论语》曰：“舜亦以命禹”，则舜之所言者，即尧之所言也。若于尧之言有所增加，《论语》不足信矣。人心、道心，正是荀子性恶宗旨。惟危者，以言乎性之恶，惟微者，此理散殊无有形象，必择之至精而后始与我一。故矫饰之论生焉。后之儒者，于是以心之所有，唯此知觉，理则在于天地万物，穷天地万物之理，以合于我心之知觉，而后谓之道，皆为“人心、道心”之说所误也。
黄宗羲的朋友朱康流跟黄说：理学的渊源就是本自这16字令，若证明这16字令是伪造者，那理学岂不没有了站脚之处？针对朋友的这个疑问，黄宗羲做了简明扼要的解释，而后黄接着说：“然则此十六字者，其为理学之蠹甚矣！”看来，黄宗羲也认为阎若璩的这个发现十分的重大，因为黄认为这16字令恰恰毒害了理学。为此，常原生在《阎若璩》中评价说：“阎若璩用确切的证据证明了被理学家奉为至宝的十六字心传为伪托，非尧舜周孔圣贤所说，这无异于釜底抽薪，从而给了宋明理学一个毁灭性的打击。无怪乎黄宗羲读了他的书那么激动。”
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