玉门关是个大遗址、大景区，由汉长城墙体联通“一府两侯官一仓一路”。遗址内现存18段、45公里长城墙体和配套的堑壕天田，有烽燧33座，积薪67处。一府是玉门都尉府小方盘城遗址，两侯官是马圈湾的玉门侯官遗址和榆树泉的大煎都侯官遗，一城即大方盘城遗址，汉代军需物资储备的昌安仓，又叫河仓城，一路是沿长城的古丝绸之路遗址。
汉长城在修建时充分利用自然地形地貌，建设墙体、城堡、烽燧、亭障等组成防御工事，在汉代书简中被称为“塞”。从整个建筑形式来看，汉代的长城 是采取了因地制宜的办法，因山河形势，就地取材，用粘土砂石，或取土夯筑，或凿石垒墙。在沙漠戈壁以芦苇柳枝和砂石粘土层层叠压而成。在一些地段夯筑了塞墙，在一些地段则开挖了壕沟天田，一些地段是纯粹的自然屏障作为防御工事。沧桑巨变，历2000年的风雨剥蚀、风沙掩埋与人为破坏，这些长城已大多是面目全非了。或被夷为平地，踪迹无寻;或颓为田埂、沟壕，早已失却往日的风采。由于敦煌干旱独特的气候自然原因，玉门关的汉长城是河西汉塞保存状况最好，残留的最高度有3.75米，基宽3米，顶宽1.5米。虽经千百年的风雨浸蚀，仍屹立于戈壁风沙之中，蔚为壮观。实为中国古代军事及建筑史上的一大奇观。
小方盘城遗址是汉代玉门都尉府治所，是汉长城玉门关遗址景区标志性建，也是汉长城最华彩、最典型的部分。城堡呈方形，城垣保存完好，为黄胶土夯筑，开西北两门。东西宽24.4米，南北长26.4米，总面积630多平方米。现存城墙高9.7米，墙基最宽处5.1米，上宽约3.6米，城东南角原有登顶台阶，已毁，现存1.5米宽的夹道。正东110米处残存南北走向的坞墙，长75米，宽2—3米。南侧300米处有还有三间房屋遗迹，从地理位置、建筑形式看应该是玉门都尉府的哨所遗址。城西220米处另有一支南北走向的长城遗址，向南直达阳关。由此推算玉门都尉府的面积应该近万平方米的规模。
根据《汉书·地理志》记载： 敦煌郡，县六：敦煌，中部都尉治步广侯官。效谷、渊泉、广至，宜禾都尉治昆仑障。龙勒，有阳关、玉门关，皆治都尉。
汉代敦煌郡共设四个都尉。都尉，武官名。在郡中与太守并重，专管郡一级军事，负责防御征战。玉门关设置玉门都尉，治所在小方盘城。据此，可以界定玉门关遗址应该对应玉门都尉防区。玉门都尉锁控西域门户，战略地位极为重要。《汉书·百官公卿表》中都尉的概念有如下表述：郡尉，秦官。掌佐守典武职甲卒，秩比二千石。有丞，秩皆六百石。景帝中二年更名都尉。
斯坦因在1907年盗掘的708枚汉简中有2枚记载了“玉门关部都尉”。1944年，西北科学考察团夏鼐曾在小方盘城北60米房屋遗址处发掘“酒泉玉门都尉府”简。由此二简可知推知，玉门关是部都尉设置，设立之初，敦煌郡还没有设立，玉门都尉由酒泉郡管辖，敦煌郡从酒泉郡分置后，玉门都尉由敦煌郡管辖。
1998年10月从小方盘城周围出土的汉简中梳理信息得知:玉门关都尉府都尉下开府治事的内设机构有：都尉丞、侯、千人、司马；卒吏、属、书佐、主簿、功曹；城尉、啬夫等。这些内设机构辅佐都尉工作、带兵作训、检查问责通报、管理军需物资、书写文书、传递送达文书邮件等职能。
