左宗棠收复新疆是历史书上的重要内容，也是晚清历史最扬眉吐气的一段，左宗棠收复新疆，驱除的重要侵略者之一就是，臭名昭著的“中亚屠夫”——阿古柏。
清朝末年，西方列强趁清政府腐败无能，国力衰弱之机，以各种形式入侵我国，践踏我国家尊严，欺辱百姓，攫取大量的罪恶财富，给当时的人民带来沉痛的伤害。在清政府沦为西方半殖民地统治的时候，在西北边疆，一中亚小国，一伙暴徒趁机入侵新疆，其暴力统治，给当地人民造成了巨大的灾难——这就是阿古柏入侵新疆。
一、阿古柏入侵新疆的背景19世纪60年代，在太平天国运动的影响，西北各地爆发了反抗清政府统治的起义，喀什噶尔也爆发了由不同势力领导的各种起义，喀什噶尔白山派首领托合提马木提艾来姆占据回城称王。伽师回族封建主金相印父子，勾结柯尔克孜族部落头目司迪克，赶走托合提马木提艾来姆·夺取王位。在各个势力进行纷争的时候，司迪克为了控制喀什噶尔的局势向浩罕国进行求援，中亚屠夫阿古柏携和卓后裔布素鲁克汗来到新疆，司迪克成为引狼入室的千古罪人。
二、阿古柏生平穆罕默德·阿古柏，于1820年出生于浩罕国小市镇匹斯坎特。原为当地一个社会闲散人员，1845年成为浩罕国新汗王呼达雅儿的随从，1847年投奔塔什干的一名叫阿奇木的伯克，由于他的妹妹嫁给了这个伯克，他被提拔为官员，到锡尔河上游治理一个叫阿克麦斯其特意为“白清真寺”的地方。其后由于浩罕国的内乱，阿古柏转而支持呼达雅儿汗王的哥哥毛拉汗夺得汗位，被任命为边境要塞的长官。十几年间，浩罕国的统治者像戏剧演员一样，你方唱罢我登台，演绎了一幕幕精彩的剧幕，毛拉汗夺得汗位仅两年，就被叛乱者杀死，呼达雅儿回头正要继续接掌汗位，一个部落酋长又抬出了一位汗位继承者，阿古柏趁各方势力你来我往之际，如城头之草瞅准时机，来回摇摆逐渐获得了极高的权力。
阿古柏像
在浩罕国内部纷乱，俄国人入侵之时，依然不忘对我国边疆的觊觎。浩罕国一直以来，都试图侵入与其毗邻的我国南疆等地区，先后多次组织，“大小和卓”时期逃亡至此的小和卓的后裔，以“圣裔”的旗号入侵南疆地区。此次接到金相印及司迪克的邀请信后，迅速指派阿古柏携布素鲁克及六十多名亲信入侵南疆。
三、阿古柏入侵新疆的经过阿古柏与布素鲁克到达喀什噶尔以后，在司迪克等人共同的谋划下，立布素鲁克为汗，大肆鼓吹圣人后裔（霍加家族）。实际上布素鲁克只是逃亡国外的叛徒，早在乾隆年间，大小和卓叛乱肆意欺压百姓，被乾隆平定之后，霍加家族中积极参与平叛及未参与叛乱的成员，均已受到乾隆皇帝的封赏，迁居至北京。不明真相的群众，受其蛊惑，纷纷效忠布素鲁克，阿古柏借此逐渐掌握了实际权力。当司迪克发觉自己沦为边缘人物后，愤起反击，阿古柏早有准备，仓促之下司迪克不敌，逃往北部山区。
在阿古柏入侵喀什时，南疆还有其它两股较大的起义势力，（清末太平天国运动，不仅削弱了清政府的统治，也激发了受压迫人民的起义情绪，1864年，在陕甘回民起义的影响下，南疆也爆发了反对清政府的起义，由于缺乏成熟的领导，起义的成果均被封建贵族和宗教势力窃取）分别是以库车为中心建立的热西丁政权和以和田为中心建立的哈比布拉政权。
阿古柏稳定好喀什噶尔之后，开始出兵攻占叶儿羌，与热西丁开展了围绕叶儿羌的争夺战役，经过三次的进攻，阿古柏趁热西丁政权内部不稳之机，占领了叶儿羌。攻占叶儿羌之时，布素鲁克不甘心做一个提线木偶趁机，发动了政变。僵持十天后，以布素鲁克的失败告终，布素鲁克遭到了软禁。
占领叶儿羌后，阿古柏开始了针对和田的阴谋，他假意布素鲁克要前往和田参拜加帕尔沙迪克的麻扎，骗取了和田政权哈比布拉父子的信任，在哈比布拉父子出城迎接时，双双遭到监禁。阿古柏冲进了和田城，对和田居民进行掠夺，和田居民英勇反抗，阿古柏对和田居民展开了残忍的屠杀，一时间和田城伏尸千里血流成河。
阿古柏稳定住南疆四城后，1867年5月挥军北上，趁热西丁政权内讧之机，先后占领了阿克苏、乌什、库车。
阿古柏侵占新疆示意图
至1867年10月，南疆七城喀什噶尔、英吉沙、叶儿羌、和田、阿克苏、乌什和库车均落入阿古柏手中，阿古柏废除了布素鲁克，建立了“哲德沙尔”（七城）汗国。自称“比条勒克”（洪福）汗。
四、阿古柏反动政权的残暴统治阿古柏在南疆的统治，具有很强的欺骗性和反动性。入侵新疆之时阿古柏仅仅是有68人，之所以能够短短时间内聚集起强大的力量，完全是打着宗教的旗号招摇撞骗，利用了当地穆斯林群众的淳朴情感。
为装潢门面阿古柏在各地兴修宗教场所，目前喀什阿帕克霍加麻扎（香妃墓）、艾提尕尔清真寺，阿图什萨图克布格拉汗麻扎，莎车加满清真寺都是在此时扩建至现在的规模。但阿古柏所谓对于宗教的虔诚，完全是为了满足其统治手段的需求，是有很强的选择性的，达到统治目的后，立即露出了丑恶嘴脸，将用之招摇撞骗的招牌“布素鲁克”一脚踢开。
在统治中，阿古柏标榜人人平等，用教法代替法律，实际上面对不同的人应用的律法是完全不一样的，“一个普通的士兵抢夺百姓的苜蓿喂马，被施以剥皮的残酷刑法，而阿古柏的儿子无故开枪打死一头驴，仅仅只是挨了一顿打”。
在治理体制上阿古柏采用了倒退的封建采邑制度，将统治的土地分封给各级军官和忠诚的追随者，任命他们为阿奇木。共划分了喀什、英吉沙、叶尔羌、和田、阿克苏、乌什、拜城、库车、库尔勒和吐鲁番等10个行政区划，阿奇木为当地的封建领主，阿奇木及其治下的大小官员均没有薪俸，个人收入完全取决于对百姓的搜刮。这种封建采邑制度只在早期的新疆及当时中亚部分落后地区存在，阿古柏采用这种方式完全是历史的倒退，百姓受到残酷剥削，无处伸冤，即便是有敢于告状的，阿古柏也是将案件转给告状人所属的阿奇木，致使阿奇木更加猖獗，完全根据个人的好恶滥用刑法。使原先生活在这里的自耕农民，实际上成为了封建领主的个人农奴。
在统治中，阿古柏表面上号称人人平等，实际上却是任人唯亲，军队及地方能够获得重要职务的均是跟随阿古柏而来及后期相继投奔而来的浩罕人和少数忠诚追随者。
阿古柏侵略军
在阿古柏的统治中，贪官污吏的横征暴敛，只是下层官吏对于人民的盘剥，而对于人民最大的剥削，都是阿古柏亲自制定的各种措施。
为维持表面的稳定及贯彻所谓的宗教口号。阿古柏实行了严酷的教法统治，在各地设立了宗教法庭，任命了一大批的宗教警察，这些宗教警察无论白天黑夜，出没在城市和乡村进行巡逻，随意进出百姓家中。宗教警察的权利极大，检查商铺的称重是否准确、查看集市上出售的货物的质量，对宵禁后（晚上八、九点）外出的人员及不戴面纱的妇女进行逮捕。由于宗教警察没有相应的监督措施，产生了严重的胡作非为现象。
阿古柏入侵新疆前期，所有的军费开支，完全靠掠夺支撑，每攻下一地首先扫荡当地的金库。但随着其队伍的扩充，已无法靠掠夺维持正常的运转，阿古柏又开始对搜刮而来的土地进行拍卖，对新发现的土地进行拍卖；后期由于急于凑齐军费，经常将已经拍卖出去的土地，强称为新土地，重新进行拍卖。
阿古柏恢复了伊斯兰教的课税制度，（在清朝的治理中课税早已成为当地人民自愿的行为），阿古柏将其恢复成一种强制的义务，除此之外还设立了乌什尔、塔纳比、扎尕提、撒曼普尔、卡分、塔里卡拉等各类名目的税收，致使当地百姓辛苦一年，往往到手的收入只有总收入的一半，有时甚至只有四分之一。
在统治期间，阿古柏左右征战，穷兵黩武，单单依靠招募士兵，已远远不能满足他对外征战的要求，他施行了强制的兵役制度，按照需求对各行政区划自上而下进行强行摊派，根据当时的人口统计，有十分之一的人都成为阿古柏军队的成员，在阿古柏的部队中五十岁以上的老人屡见不鲜，甚至外国商人也被抓起来当兵。人民苦不堪言，纷纷采取各种方式逃避兵役制度，许多青年借口给商队当向导，逃亡国外，据记载在阿古柏统治的短短几年间，逃出去的青年就有4千多人。
阿古柏的入侵给当地百姓带来了沉痛的灾难，其根本原因一方面是因为阿古柏本身的统治能力，无法建立统一有效的行政体制；更重要的一方面在于，阿古柏只是外来的入侵者，对当地的人民百姓，没有丝毫的情感，其统治之初从来没有想过如何能够使当地繁荣昌盛，百姓安居乐业。另一方面，所谓的虔诚信教者，也只是其为了统治而打的表面旗号，其本身对于宗教没有丝毫的信仰，为了达到目的满嘴谎言，根本不顾任何宗教礼法。
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