若提及宋元时期泉州摩尼教，不得不讲的就是泉州晋江县罗山乡谢店大队苏内村华表山麓的草庵摩尼寺。草庵摩尼寺为国内唯一保存完整的摩尼教遗址，被列为福建省重点文物保护单位。
关于晋江草庵摩尼寺的最早记载见于明代何乔远《闽书》一书，其言及：“泉州府晋江县华表山，与灵源山相连，两峰角立如华表，山背之麓有草庵，元时物也，祀摩尼佛。”长期以来，草庵摩尼寺被认为是佛教寺庙，鲜为人知。
直到陈垣首次提及并介绍该寺为摩尼寺之时，草庵摩尼寺才逐渐走入众人视线。张星烺一行曾专门找寻该寺，但却不得结果。吴文良最终揭开了草庵摩尼寺的面纱，将其披露于世。草庵摩尼寺依山而建，寺内正厅后壁的花岗岩摩崖上，雕刻了一座佛龛，龛内雕刻了一座摩尼佛像摩尼佛雕像——高154厘米、宽85厘米、深11厘米，头部长32厘米、宽25厘米，呈趺坐状。摩尼教教义禁止偶像崇拜，但此座摩尼寺却立佛以祭拜，显示摩尼教入华之后依托佛教传播，受佛教影响之深。作为目前世界上仅存的摩尼佛石雕像，草庵摩尼寺内摩尼佛像的价值自不待言了。
泉州草庵摩尼寺摩尼佛佛龛周围摩崖上有两侧碑记——一边记刻“谢店市信士陈真泽，善舍本师圣象，祈荐考妣早生佛地者。元至元五年戌月口日记”；另一侧记刻“兴华路罗山境姚兴祖奉舍石室一院，祈荐先君正卿妣三十三宴、妣郭氏五六，大孺继母黄十三娘，先兄妣月口世生界者”。据此可知，元至元五年（1339），陈真泽捐资兴修佛像；之后，姚兴祖又为摩尼佛修建了一座石室以供奉之。
陈真泽捐资兴修佛像是关于泉州草庵摩尼佛寺修建的唯一时间记载，故该寺多被认为在元代修建。但也有学者对草庵摩尼寺建立时间提出了质疑，究其原因主要有两点：第一，草庵摩尼寺前曾出土了大量宋代瓷器，这些瓷器上都描绘有明教会字样，说明早在宋代此处已经成为摩尼教徒长期活动之地，且极有可能已有摩尼寺院；第二，根据清代道光年间《西山杂志》之记载，其言：“宋绍兴十八年（1148），宋宗室赵紫阳在石刀山之麓筑龙泉书院，夜中常见院后石壁五彩光华，于是僧人吉祥募资琢佛容而建之寺，曰摩尼寺。
元大德时（1297—1307），邱明瑜曾航舟至湖，格登摩尼寺，捐修石亭，称曰草庵寺。”此记载显示，草庵摩尼寺建于宋代，元代修建了草庵摩尼寺石亭。对此有学者认为，“明教会”陶瓷的发现只能证明宋代此处为摩尼教徒活动之地，并不能明确说明该寺就在此时修建，而《西山杂志》一书系后人传抄之作，错讹太多，不足为信，但是主张草庵摩尼寺宋代建立者认为，《西山杂志》虽系后人传抄形成，但不能轻易否定其历史价值，应结合具体史实分析。由于没有其他更具说服力的证据，双方就此问题一直争执不下。尽管如此，草庵之地在宋元时期成为摩尼教徒聚集活动的场所当不容否认，其繁盛程度非他地可以比拟。在草庵摩尼寺前约40余米之处，有一摩崖石刻上镌刻“清净光明，大力智慧，无上至真，摩尼光佛”，寓意“明尊、光明、威力、智慧”四位一体，象征着摩尼教最高的宗教品质。该文刻于明正统乙丑年（1445），显示直到明代，草庵摩尼寺的宗教活动仍持续不断，呈现出顽强的生命力，并有人刻石勒碑加以宣扬。
元明易主之后，摩尼教再次失去了恩宠。明朝建立之初，朱元璋旋即卸磨杀驴，以“摩尼教教门上逼国号，摈其徒、毁其宫”，再次打压摩尼教。泉州摩尼教虽然维持了一段时间的繁盛，但难以抵制大环境的影响。明朝万历之后，草庵摩尼寺开始逐渐荒废，当地人已不识其为摩尼寺，多视其为一座佛教寺庙。清代，泉州摩尼教更不见于官方记载，草庵摩尼寺早已是断壁残垣、破败不堪，完全被荒山野草所覆盖。民国时期，佛教僧人重建草庵摩尼寺，方才建成了今天的意空楼，至此草庵摩尼寺被彻底改造为佛教寺院，成为佛教僧人的居住之地，昔日的摩尼寺再也不为人所知了。最终，在陈垣、张星烺、吴文良等人不懈的研究与寻找之下，才让人们重新认识了这座早已被遗忘的摩尼教寺。如同摩尼教在华传播的坎坷不平、起伏跌宕，虽经数次禁绝，但屡禁不绝的命运那般，泉州草庵摩尼寺历经辉煌惨淡，甚至遭人遗忘，最后得以重见天日，故其不仅是摩尼教在华发展的见证，更是摩尼教留给这个世界的瑰宝。
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