Morris水迷宫还被广泛运用于实验动物空间学习能力、认知能力的测定，如果用Morris 水迷宫研究与此类功能有关的药物的药理作用或者研究一种刺激对实验动物的远期影响，分析方法用重复测量的方差分析最合适，因为这符合重复测量方差分析的设计特点。另外此时按分析因素的水平还可将其分为单因素或多因素的重复测量的方差分析。
Morris水迷宫，型号：XR-XM101，上海欣软
重复测量方法是对同一观察对象的某一观察指标进行反复多次测量得到的资料，常用来分析观察指标在不同时间点上的变化。
重复测量资料方差分析要求样本是随机的，同一水平上的观测数据是独立的，每一水平的测定值都是来自正态总体，尤其是协方差球形对称。由于这类数据间存在着相关性，而且随机误差分布于不通的层次，所以在实践中不宜采用常规的方差分析方法，常规方差分析不能揭示这些内在特点，甚至有可能得出错误的结论。见表下表。
重复测量的方差分析会控制一些变异的来源，它将总变异分为受试对象间的变异和受试对象内的变异两部分，受试对象间的变异分为处理组间误差和个体变异两部分，而受试对象内的变异又分为时间因素、处理和时间的交互效应及个体内的变异三部分( 如表 ) 。
如果通过计算得出: 处理组间的 P 值有统计学意义，则说明处理因素有作用; 时间点间的 P 值有统计学意义，则说明时间因素有作用，即指标有随时间变化的趋势; 处理和时间的交互效应有意义，则说明在不同的时间处理因素的效果也不同。其具体操作可以在 SPSS 软件中实现。在条件允许时还可以用混合线性模型进行重复测量的方差分析。这种方法它能更好的适应我们在实际中所做重复测量资料的特点，而且对样本的要求更宽松。
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Morris水迷宫除了上述两种常用的用途外，还可以用于其它认知方面的实验研究，但是其设计的基本原理大致都与上面所讲的两种统计思想类似，在对 Morris 水迷宫相关指标的数据资料进行统计处理过程中，随机区组设计和重复测量方差设计的区别在于研究者的目的不同，想要控制的因素和需要得到的结果也不同。故在实际应用尤其是临床或基础试验过程中，应根据研究者的研究目的、资料的性质以及设计本身的特点综合考虑选用合适的设计类型及分析方法。我们要善于区别，善于分析。如此，可以尽量避免一些不必要的错误，提高研究设计的效率和准确性。
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