《刀剑神域》第三部总务省实际上是日本自卫队中少的菊冈诚二郞为了研究人工智能，把婴儿的灵魂复制到虚拟世界“Under World”之中，意图从下往上培养出合格的人工智能代替士兵作战。在Under World中的一个普通少年尤吉欧因为和系列的主角桐老爷相遇，开始了从NPC向人工智能进化之路。
尤吉欧是Under World的原住民，身负砍断恶魔之树"基加斯西达"的天职，如果不是和桐人相遇，估计一辈子就在砍树中度过了。不过桐人的主角光环太强大，随便教了尤吉欧一点剑术，恶魔之树就被尤吉欧砍断了。尤吉欧也从砍树工进化到了剑士。
跟主角桐人接触的越久，进化的就越快。为了拯救自己和桐人的侍从剑士蒂洁、罗妮耶不被强暴，他以右眼破碎为代价冲破了RATH成员柳井私自设置的封印"Code 871"，损害了温贝尔的天命并触犯了禁忌目录。到了这里其实已经完成了菊冈诚二郞的设想，懂得了反抗，知道了有所为有所不为的道理，应该算是一个初级的人工智能了。
原本可以和桐老爷双宿双飞，稳定进化的，结果来了个第三者爱丽丝·辛德赛斯·萨蒂。为了拯救爱丽丝，尤吉欧和桐人踏上了反抗公里教会之路，尤吉欧的进化速度大大的加快了。
潜入公里教会，一路打怪进化，尤吉欧也越来越人类化，进化程度越来越高。终于到达塔顶，遇到了大BOSS阿多米尼斯多雷特。打完阿多米尼斯多雷特创造的剑骨巨人，尤吉欧就快挂了，在这里尤吉欧进化到了顶点，牺牲自己帮助桐人重现了二刀流并得以反败为胜，打败了阿多米尼斯多雷特。（虽然尤吉欧挂了，但是灵魂却依然以"记忆"的形态保存了下来，菊冈诚二郞的人工智能研究取得了重大突破，可喜可贺~）
