过粪管安装的位置关系到粪便流动方向，流程长短，是否有利于厌氧发酵，能否有效的阻流粪皮、粪渣、以及保持好一、二池的有效容积，新鲜粪便进入粪池后，多集中在上层形成粪皮，然后逐渐疏松崩解，比重较大的下沉形成粪渣，粪皮与粪渣之间为稀粪液。寄生虫卵一般都集中在粪皮和粪渣中，因此，过粪管位置要放在寄生虫卵较少的中层粪液中。过粪管位置较好的设置应分别斜插安装在两堵隔墙上：其中第一池到第二池过粪管下端，位置应在第一池的下部1/3处，上端应在第二池距池顶100mm左右：第二池到第三池过粪管下端，位置应在第二池的下部1/3处或中部1/2处、上端在第三池距池顶100左右，过粪管与隔墙的水平夹角应呈60度。
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