十三世纪的东西方史料对蒙古人的占卜都有详细记载。《黑鞑事略》载：“其占筮则灼羊之枚子骨，验其文理之逆顺而辨其吉凶，天弃天予，一决于此，信之甚笃，谓之烧琵琶。事无纤粟不占，占不再四不止。”耶律楚材所以受到成吉思汗的器重，主要是因为他知天文、善占卜。有一次他准确地测算了月蚀的时间，成吉思汗大为惊异，说：“汝于天上事尚无不知，况人间事乎。”于是每次出征，必令他预卜吉凶，自己也烧羊骨以符之。可见蒙古人对占卜的重视。
古代阿尔泰各族都把地和天并奉为最崇拜的神祇。《蒙鞑备录》说蒙古人“最敬天地”，《元朝秘史》中就常见到天地并提。早年铁木真在王罕、札木合协助下攻打蔑里乞人获胜，感谢他们道：“因罕父和札木合安答的协力伴同，因天（Tenggeri）地（Qajar）添气力，有威势的天神指示着，母亲地神（Ekeetugen）导引着”，才灭绝了仇敌蔑里乞人（《秘史》第113节。又，第255节作otogeneke）。
卡尔平尼记载说，蒙古人称其神为Itoga。马可波罗说，蒙古人有神名为Natigay（Nacigay），是保佑其子女牲畜的地神，甚受崇敬；他们各供奉一神于家中，用毡布制作神像及神妻神子之像，食时取肥肉涂神及神妻子之口。卡尔平尼的Itoqa和马可波罗的Natigay，当即上引《秘史》之EkeEtugen（一作Itugen，1362年之《忻都公碑》蒙文作utugen）的讹读或讹写。此字和Tenggeri（天、天神）似乎同为古阿尔泰语，相应含有“地神”的意义，古突厥人的圣地于都斤山（突厥文碑作otuken或utugen）亦即此意。蒙古人加上eke（母，这里是加于神祇的尊称），称为“地母神”。蒙古语的udaghan（女萨满）可能就是由此演变来的。
天上的日、月，地上的山、川诸物，都是萨满教崇敬的对象。《秘史》中有Ekenaran一词，即“太阳母亲”（日神）；当人们向天祈祷时，要面朝着太阳。卡尔平尼记载说：“当天空出现新月，或月圆时，他们便着手去做他们愿意做的任何新事，因此他们称月亮为大皇帝（按：其实是神的意义，卡尔平尼此处有误解），并向它下跪祈祷。”这和《蒙鞑备录》所载“其择日行事则视月盈亏以为进止，月出之前、下弦之后皆其所忌，见新月必拜”，是完全吻合的。这种信仰在古代阿尔泰诸族中似很普遍，如匈奴人“举事而候星月，月盛壮则攻战，月亏则退兵”，突厥人“候月将满，辄为寇抄”；回鹘可汗徽号之“爱登里”（AiTengri），即“月神”之意。如同突厥人以于都斤山（今杭爱山）为圣地一样，蒙古人也尊崇其祖先始兴之地三河（鄂嫩河、克鲁伦河和土拉河）之源的不儿罕山（Burqanqaldun）。
《元朝秘史》（第103节）记载，铁木真早年遭到三姓蔑里乞人袭击，躲进不儿罕山得以脱难。下山后他捶胸告天，感念不儿罕山救了他的性命，许愿要每早祭祀、每日祷告，让子子孙孙都要遵行，说着将腰带挂在项上，帽子挂在手上，捶着胸，向着太阳，下跪九遍，洒奠祷祝了。他和他的子孙无疑都遵守着这个誓言。据《元史》记载，宪宗二年（1252），始用中原礼乐祀天于日月山，由学士魏祥卿、徐世隆和燕京行尚书省郎中姚枢等率领东平路征召、训练的礼乐人五十多名赴漠北行宫，祭毕遣还；四年，宪宗又“会诸王于颗颗脑儿之西，乃祭天于日月山”；七年秋“驻跸于军脑儿，洒马乳祭天”。所举行的祭天仪式，当是“合祭昊天后土”，并以祖宗配享（见《元史·祭礼志·郊祀》）。“日月山”应是漠北时代大汗“郊祀”的地方，忽必烈迁都漠南后，就改在桓州西北望祭了。
“日月山”显然是汉人给起的名称，今地何在颇难索考。从上引资料看，似应在颗颗脑儿之西或军脑儿附近。颗颗脑儿疑即《秘史》第89节“不儿罕山前的古连勒古山内的桑沽儿小河的合剌只鲁之阔阔纳兀儿”。桑沽儿河即克鲁伦河上游支流僧格尔河；古连勒古山（《亲征录》作曲邻居山）即蒙元诸帝葬地起辇谷，也就是鄂嫩河和克鲁伦河之源不儿罕山（肯特山）之南派；军脑儿（Gunnaur，深湖）为克鲁伦河上游西著名的“撒里川”（Sa’ariKe’er）中一湖，明人金幼孜《后北征录》载撒里川之地有元宫殿及祭坛遗址。据此则所谓“日月山”似即不儿罕山或其一部分（郊祀处）。无疑，不儿罕山是蒙古人萨满教信仰中极尊崇的神祇（地神）。
火在萨满教信仰中占有很重要地位。据卡尔平尼记述，蒙古人禁忌用刀子接触火，或在火旁用斧子砍东西，认为这样会使火遭到杀害；他们相信火能净化万事万物，因此使者或王公们到他们那里时，都被强迫携着带来的礼物从两堆火之间通过，以便加以净化（卢勃鲁克也有类似记载，并谓所有死者之物也都要用火来净化）。凡“遭雷与火者，尽弃其资畜而逃，必期年而后返”，以为神灵示儆。火还有表示家灶、家产的意义。
成吉思汗给家族成员分封民户时，因其叔答里台斡赤斤曾追随王罕反对过自己，准备不给他分份子，博尔术、木华黎和失吉忽秃忽谏道：“这就像熄灭掉自家的炉火（O’er-unqaliyan），坏了自己的帐房一般。”当时蒙古习俗由幼子守家产（诸兄长大后都分出去自立门户），在家庭中拥有特殊地位，故幼子称为“火王”（灶王），意思是掌管家灶（家产）之主，不过此词当时不用蒙古语的qal，而借用突厥语的ot-tegin，音变为ot-chigin（斡赤斤）。蒙古人把ot（女神火）认为是幸福和财富的赐予者，各家各户的保护者，把火炉也看作神圣的地方，因为没有火，家也就失去存在价值了。此外，阿尔泰民族中还有其他一些习俗和萨满教信仰有关，如婚姻、生育、疾病、丧葬、服色等。元朝统治者采用了中原的仪礼制度，但还保留了许多“国俗旧礼”，祭告用蒙古巫觋（萨满）。虽然一部分蒙古人（主要是社会上层）接受了佛教或景教，多数人民仍保持着原始的萨满教信仰和习俗。东北边远各族（女真、水达达、兀者、吉里迷等），也都信奉萨满教。
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