日本是一个四面被海洋所环绕的国家。中国距离日本最近的城市上海距离日本大约690公里，韩国距离日本最近的地方也有51.40公里的直线距离。这样一个与周边邻国均存在一定距离的岛国在古代的航海技术条件下是相对比较封闭的，即使是横扫亚欧大陆的蒙古帝国也在日本折戟沉沙，所以在漫长的古代历史岁月中日本得以始终保持本民族的文化特色。如今日本依然被视为是一个民族结构相对单一的国家，不过这种民族结构的单一性也只是相对而言的。
日本的主体民族是占其总人口98%以上的和族。这也就意味着日本还有2%左右的少数民族。中国的民族分布呈现大杂居小聚居的特点：在全国范围内汉族与少数民族是混合杂居的，但在新疆、西藏等边疆地区则呈现出少数民族聚居的特点。日本很少有这种少数民族聚居的现象，也就是说日本的少数民族大多是与和族混居的，久而久之在风俗习惯上就逐渐被和族同化，从而丧失了自身民族文化的独特性。这是日本被一些人视为单一民族国家的重要原因。
日本古代在相当漫长的时间里只有语言，而始终没形成自己的书面文字。直到我国隋唐时代汉字大量传入日本之后日本人根据汉字草书偏旁发明了平假名，根据汉字楷书偏旁发明了片假名。在此之前日本无法使用文字记录自己的历史，所以像汉倭奴国、邪马台国这样的早期日本历史其实是由中国人记录的。然而由于海洋的阻隔使当时的中国人对日本的了解相当有限，所以中国关于日本的早期历史记载大多是类似于徐福东渡这样的传说故事。
目前日本最早的考古遗存可以追溯到3万多年前，那时还压根没秦始皇和徐福什么事，所以说日本人都是徐福带去的童男童女的后代这种说法是不靠谱的，但徐福东渡这个故事的确反映了当时中日之间的联系。从现代考古学的发现可以推断得出：至少在距今3万多年前已有人类开始在如今这块被称为“日本”的土地上生息繁衍，不过当时的日本还并不是孤悬海外的岛屿。那时日本通过海岸线边缘的低地与亚洲大陆相连，于是一批又一批远古时代的猎人就追逐着猎物来到了这里。
大约在1万年前左右地壳运动海平面上升导致现在的日本列岛从亚洲大陆分离出去。日本就这样成为了孤悬海外的列岛，而在当时的条件下已在岛上生息繁衍的居民们也就再也无法自由离开了。日本列岛上这些最早的居民究竟从何而来呢？这个问题时至今日依然存在各种各样的说法，始终没能形成能令所有人信服的统一标准答案。目前唯一所能确定的是：日本民族最早的祖先必然是来自亚洲大陆，除非日本这个弹丸小岛能支撑起一个独立民族的起源。
然而日本人的祖先究竟是亚洲大陆上的那支民族呢？目前考古学界一般倾向于认为：日本民族的祖先并非来自亚洲大陆的某个单一民族，而是由来自中国淮河下游及长江下游地区的汉族移民与来自西伯利亚及中国东北的通古斯人、南洋群岛的马来人、中南半岛的印支人、古代朝鲜人等多个族群融合形成的。这些来自亚洲大陆的移民并非一股脑涌入日本的，而是一波接一波涌入日本的。当后来者到达时先进入日本的移民们已开始形成了自己一定的民族文化。
距今大约1万年前日本的第一个文明时期“绳文文化”出现，因为这个时期出土的陶罐上有绳纹而得名。所谓的绳文文化其实就是新石器时代原始人狩猎、采集的时期。绳文时代始于公元前12000年，于公元前300年正式结束，这一时期日本列岛上的各部族由旧石器时代进入新石器时代。绳文时代的人种身材粗壮矮小，长着一张大饼脸。他们被认为是如今北海道的土著居民阿依努人的祖先。纯粹的阿依努人带有典型的印欧人种特点：毛发卷曲、皮肤很白、眼睛发蓝。
公元前300-公元250年日本由绳文时代进入弥生时代，也正是在弥生时代日本的人种发生了很大的变化：大量身材较高、面部白净修长的人种出现了，他们跟亚洲大陆的中国人和朝鲜人比较相似。这与具有典型的欧洲人种特征的阿依努人形成了鲜明对照，而这些新出现的人种就被视为是如今日本和族的祖先。当和族的祖先进入日本时阿依努人已广泛分布于日本群岛各地以及周边的库页岛、千岛群岛、勘察加半岛以及中国东北、俄国远东等地，严格意义上他们才是日本群岛最早的主人。
但阿依努人就像美洲印第安人面对白人移民一样被后来迁入日本群岛的和族逐渐排挤。在17至18世纪阿伊努族大部分被消灭或同化，如今剩下的两万多阿伊努人大部分移住在北海道岛中部和北部的日高、旭川、钏路等地，少数远移库页岛和千岛群岛一带，也有一部分散居在本州的一些地方。目前仅有北海道少数几个阿依努族村庄还保持着自己的民族传统，散居本州的大多已被和族同化。生活在本州的阿伊努人不仅丧失了自己的文化特征，甚至在人种上也已被和族高度同化。
上文已提到纯粹的阿伊努人具有典型的欧洲人种特征，然而如今的阿伊努人或多或少存在与和族混血的现象，所以今天很多具有阿伊努血统的日本人身上已见不到欧洲人种的特征。在古代日本大和朝廷称阿依努人为虾夷人，而日本古代所谓的”征夷大将军“最初就是为征伐虾夷部族而设的职位。在和族征伐虾夷的过程中曾遭到过虾夷族酋长安倍赖时的抵抗，而安倍赖时的后人中如今有一位正在日本政府中担任高官，你能从他身上看出欧洲人种的特征吗？
2020年1月13日作为日本副首相兼财务大臣的麻生太郎在新春国政报告会上说道：“历经2000年一个国家、一个民族、一种语言、一个王朝延续126代天皇至今。这样的国家只有日本”。此言一出立刻引起了北海道阿依努族协会的强烈抗议。在过去很长一段时间里日本的确号称自己是单一民族国家，公开宣扬“大和民族优秀论”。直到2019年4月日本政府通过《阿伊努施策推进法》以法律形式明确“阿伊努人是原住民族群”。这标志着日本政府首次以法律形式承认日本是一个多民族国家。
事实上被日本政府所推行的“大和民族优秀论”所伤害的并非只有阿依努族，只不过阿依努人在经过多年的持续斗争后迫使日本政府承认了他们的民族地位和权益，然而在日本还有一些少数民族至今没得到承认。如今日本统治下的冲绳县在古代曾是独立的琉球王国，17世纪初日本萨摩藩开始侵略琉球，1879年明治维新后日益强大的日本正式吞并琉球，如今日本境内生活着大约120万琉球族人口。琉球人的本民族语言是琉球语，但如今大部分琉球人已不会说琉球语，而是普遍通用日语。
目前为止日本官方并不承认琉球族是一个独立的民族。事实上琉球族是一个人才辈出的民族：将空手道传入日本本土的船越义珍、日本共产党创始人德田球一以及如今活跃在日本歌坛、影坛的安室奈美惠、新垣结衣、仲间由纪惠等人都是琉球族。日本把这些琉球族名人成就也视为是本国的骄傲。事实上琉球族有着完全不同于和族的历史文化：琉球族有自己独特的琉球神道信仰，同时在历史上曾深受中华文明的影响，时至今日冲绳地区依然是日本国内少有的把中国农历春节作为法定假日的地区。
阿依努人和琉球人是目前日本国内少有的存在民族聚居现象的少数民族。除此之外日本还生活有约63万日籍华人、约59万在日朝鲜人。20世纪初日本曾向巴西、秘鲁等南美国家大规模移民，若干年后也有不少与当地人混血的日本侨民后裔又返回了日本——这其中典型的例子就是巴西裔足球运动员三都主。日俄战争中日军曾俘虏过沙俄部队中的士兵，十月革命后也有一部分沙俄贵族后裔流亡日本。这些人不一定都是俄罗斯族，也有一部分乌克兰人、哥萨克人以及中亚穆斯林。
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