在大战之后，已经恢复平静却不想在几个月前重犯格林德沃再次逃出监狱，英国魔法部紧急应对，忒休斯想到自己的弟弟纽特却不想纽特几乎毁掉了半个纽约市，幸好他用“遗忘雨水”让麻瓜忘记了可怕的经历。
纽特处于调查阶段不能处境，他来到魔法部，他看到莉塔时心里波澜四起，两人当初就读同所学校感情深厚，却不像现在她已经是忒休斯的未婚妻。
这场听证会上，委员们让纽特加入魔法部成为傲罗。但纽特不同意他们的想法而拒绝，他觉得克雷登斯只是个迷茫的魔法师并不是罪大恶极，纽特的申请被驳回，他已然无法出境。因此魔法部便找了赏金猎人。
在魔法部出来，纽特用旋风咒摆脱傲罗的追踪。邓布利多带来新的情报，克雷登斯可能是纯血统的魔法家族后裔，很可能是莉塔的弟弟考乌斯。幼儿时代失踪又在二代塞勒姆反巫会遭到继母的虐待，缺少爱的关怀才会催生出默默然。如果让克雷登斯知道自己有兄弟姐妹，或许就能替代默默然，拯救克雷登斯。
纽特接下来就需要想办法离开英国去巴黎。纽特回到家里突然，玻璃碎裂的声音传来原来是圭妮和雅各布，因为雅各布记得圭妮，圭妮慢慢把事情告诉雅各布两个人就这样在一起了。
圭妮和雅各布相恋违反了条例，不愿意圭妮被关进阿兹卡班，因此不愿意结婚。圭妮只想过普通人的生活，雅各布脱离了迷情咒依然不愿意结婚，圭妮一气之下跑掉了。
纽特在地上捡到圭妮遗落的明信片知道了她姐姐也在寻找克雷登斯，圭妮一定会去巴黎找姐姐，两人一拍即合要去寻找心上人。
蒂娜进入到魔法世界，她得知克雷登斯藏身在马戏团。而这边的克雷登斯因为对纳吉尼心生怜悯趁表演时放走了飞禽走兽，趁乱带她逃走。
逃出来的巨兽驺吾摇动着长长的尾巴，把观众吓得四散奔逃。老板不敢逗留，赶紧收拾家当走人。蒂娜关心的只有克雷登斯，可不见人影。
尤瑟夫同样是来寻找克雷登斯的，从亲源上来说，尤瑟夫与克雷登斯算是远亲。他能拿出证据，证实克雷登斯的真实身份，也正是蒂娜所需要的线索。
纽特带着雅各布偷渡到巴黎，出显踪咒，纽特看到了昨晚在这里发生的事情。加上嗅嗅对闪光点的痴迷，二人很快找到了尤瑟夫。
傲罗失踪，魔法部定会追查。仅凭这一点，就能让尤瑟夫不得不领着纽特去见蒂娜。可纽特见到的是被关在下水道里的蒂娜，连他自己的魔杖也被尤瑟夫收走，身后的铁门被重重关上。尤瑟夫并无恶意，承诺在杀死克雷登斯之后，就会释放纽特、蒂娜和雅各布。话音未落，尤瑟夫就痛苦的捂着眼睛晕倒在地。
从不离身的护树罗锅皮克特展现出它的开锁特长，从铁门后一出来，蒂娜最先拿回自己和纽特的魔杖，纽特却在仔细观察尤瑟夫。尤瑟夫常年躲藏在下水道，必定是感染了寄生虫水龙，需要找地方治疗。
街上传来驺吾的吼声，纽特从皮箱中取出逗猫棒。驺吾本性就是只大猫，直勾勾的盯着毛绒绒的逗猫棒，不知不觉钻进了纽特的皮箱。收服了驺吾，纽特带着另三人躲进了邓布利多的安全屋
心中难过的圭妮没有找到姐姐，也离开了心爱的人，她被格林德沃的人迷惑，她中难过的根源在于不能和麻瓜接触，格林德沃则想创造一个巫师不用担心暴露身份的世界，由此圭妮追随于格林德沃。
格林德沃屡屡作恶，魔法部执行长特拉弗斯最先想到和格林德沃关系匪浅的邓布利多，邓布利多不愿出手对付格林德沃惹怒特拉弗斯被软禁。
纽特安抚好邹吾，并向蒂娜解释清楚自己的心意。格林德沃的召集令遮蔽了整个巴黎，纽特喝下复方汤剂化成哥哥的模样想去寻找格林德沃的线索，莉塔先一步找到了他想要的东西，皮克特害的纽特和蒂娜被发现，守护者放出了灵猫攻击他们，千钧一发纽特放出了邹吾对战，驺吾日行千里，骑在它的背上，顷刻就到了魔法部外。刚才还凶神恶煞扑过来的猫群，一个个都成了可爱的猫咪。
三人来到公墓，看到尤瑟夫将魔法杖对着克雷登斯和纳吉尼，幸亏莉塔及时阻止。尤瑟夫说出了他们的身世本以为克雷登斯就是考乌斯，但莉塔说不是真正的考乌斯已经沉没海底，克雷登斯的身世依然成谜。
在之后的混战中莉塔牺牲，炼金师尼可与其他傲罗在公墓设下边界施下“万咒皆终”熄灭历火保住了巴黎。
危机暂时平息但却不是终点…….
在前作诞生的两年后，呈现在我们面前。这部影片无论是从内容的信息量上看，还是从塑造人物角色的复杂刻画上看，都有比上一部《神奇动物在哪里》有了更多的进步。
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