《红楼梦》的主体背景是明末清初，具体时间是万历、泰昌、天启、崇祯、顺治、康熙这几朝，其它涉及洪武、建文、隆庆、嘉靖等个别细节，甚至秦、汉、唐等隐事。
贾母被称作“老祖宗”，有洪武皇帝的影子，对宝玉宠爱摩挲，是对大明江山（传国玉）得来不易的珍惜。而贾母身上更多的是对万历朝的隐喻。万历皇帝在位48年，是明朝在位时间最长的皇帝，后期重享乐，发生了明史上著名的“国本案”。
万历与宠妃郑氏偏向儿子朱常洵，却对长子朱常洛没有好感，而大臣们大多倾向于立长子为太子，为此争了有20多年。七十五回，贾赦讲了一个笑话：
一家子，一个儿子最孝顺。偏生母亲病了，各处求医不得，便请了一个针灸的婆子来。这婆子原不知道脉理，只说是心火，如今用针灸之法，针灸针灸就好了。这儿子慌了，便问：“心见铁即死，如何针得？”婆子道：“不用针心，只针肋条就是了。”儿子道：“肋条离心甚远，怎么就能好呢？”婆子道：“不妨事，你不知天下父母心偏的多呢。”
这个笑话很冷，甚至可以说相当蹩脚，可是作者却设计在如此重要的场合，目的就是暗示明末“国本”一案，讽喻万历皇帝对福王朱常洵的偏心，甚至不惜得罪大臣们，非要越过长子朱常洛立福王为太子。当然，最终还是由朱常洛继承了大宝。
长子朱常洛是万历偶然临幸宫女所生，因此万历皇帝才不爱这个儿子。此节风流韵事也被写进小说，就是宝玉的小厮茗烟按着一个女孩子云雨之事。那女孩儿叫“卐儿”，“卐”俗称“万字不到头”，即万历之意。茗烟是大明朝化烟的意思，所以史书有云：明实亡于万历。
贾母在枕霞阁讲了一个关于她自己的故事，说是她掉在水里，额头磕在木桩子上，落下一个指头肚大的窝。这时凤姐凑趣说：“可知老祖宗从小儿的福寿就不小。神差鬼使碰出那个窝儿来，好盛福寿的。寿星老儿头上原是一个窝儿，因为万福万寿盛满了，所以倒凸高出些来了。”此处“万福万寿”与张道士口称贾母“万福万寿”都是暗点“万历”二字。
秦可卿的故事背景是泰昌时期。泰昌帝被称为“一月天子”，在明朝十六位皇帝中属于来也匆匆，去也匆匆的特殊一位。他不受父亲万历皇帝的待见，跟“养生堂”抱来的孩子似的，好容易做了天子，就开始放纵起来，结果当上皇帝才十几天，就因为临幸后宫而卧床不起。这样的故事与秦可卿“情既相逢必主淫”“淫丧天香楼”是一致的。
秦可卿死前吃不下饭，却能克化动“枣泥馅的山药糕”，实在无理。作者借此暗讽朱常洛的“红丸案”，他临幸宫女导致身体被掏空，又被误诊为上火，吃药后腹泻，一天换好几件衣服。最后，鸿胪寺卿李可灼进一粒红色药丸，他觉得“倒像是能克化的动”，于是傍晚又吃一颗，第二天早上上便传来皇帝驾崩的消息。
秦可卿逝后，背景就到了天启一朝，王熙凤就开始协理宁国府，掌握贾府大权（戴权）。但王熙凤却不是天启皇帝，而是掌握大权的魏忠贤。《冰山记》是张岱的著名散文，其描写对象就是魏珰（魏忠贤），这让读者很容易就联想到王熙凤在十二钗图册里的“冰山”。凤是上古雄鸟，可是判词里却说王熙凤是一只“雌凤”，说明这个人“不雄不雌”。
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