海昏侯墓的发掘，是我国考古史上的重大发现，而从发掘以来，海昏侯墓未解之谜一直有很多。而且很多发现甚至可以改写中国历史，需要进一步的去探索与发现。且海昏侯墓十分完整，在国内所挖掘的墓中是独一无二的。
1、主墓发掘3年香气不断
一般的古墓中，只有厚重的泥土气息与霉味，但海昏侯墓却有所不同。主墓从发现盗洞到发掘的近3年间，一直弥漫着一股神秘香气。这些香气出自何处，现在也没有找到答案。而且这股香气，绝对在发掘之前就一直存在，所以从下葬起，可能就一直存在着。可以说是海昏侯墓未解之谜中的最神秘的一个谜团了。
2、蒸馏酒历史可能提早千年
海昏侯墓葬出土文物中发现了一个形似制酒用品的青铜“蒸馏器”。一开始，研究人员就猜测这个器具是用来制作果汁或者炼丹的。经鉴定后，又发现了芋头的残留物。直到现在，日本制作清酒的主要原料还是芋头，残留物的发现让专家们觉得这应该是蒸馏制作烧酒所用的器皿。而墓中的器皿是否是用来制作蒸馏酒，依然属于海昏侯墓未解之谜。
资料显示，中国发现的最早制酒蒸馏器属于距今800多年的元代。如果能证明西汉时期中国就可以蒸馏白酒的话，相当于把蒸馏酒的历史提早1000多年。
3、出土补药改写中国草药史
在曾做过27天皇帝的刘贺的陪葬物品中，也发现了不少补品，而这些补品有可能是冬虫夏草。虫草是一种真菌，寄生于虫草蝙蝠蛾的幼虫体内，只生长在海拔3000米以上的高寒草场，因冬为虫，夏成草，又称“冬虫夏草”。海昏侯墓未解之谜其三就是其中出土的补药。
关于冬虫夏草最早的文字记载见于清朝王昂的《本草备要》(1694年)：“冬虫夏草，甘平，保肺益肾，止血化痰，止劳咳。”而此次墓室出土的补药类似于冬虫夏草，且有可能是从西藏传过来的。如果真是冬虫夏草，中国以冬虫夏草入药的历史又将提前千年。
4、“南昌”得名与海昏侯有关
在此次墓室出土的文物中，一件清晰刻有汉隶字体“南昌”二字的青铜豆型灯灯座引起了广泛关注，这是目前关于“南昌”的最早的实物资料。据史料记载，南昌在汉高祖刘邦(公元前256-前195年)统治时期就已建成，但其名如何得来，至今仍没有准确的判定。杨军介绍，海昏侯刘贺原来是昌邑王，封地在如今的山东省巨野县一带，后来随着他称帝27天后被废，改封为海昏侯，封地就在今天南昌市新建县一带。
墓里出土了许多“昌邑九年”“昌邑十一年”字样的漆器，说明刘贺当时一直心系昌邑，渴望有一天重新做回昌邑王，因此很可能将从前待过的山东称为“北昌邑”，将自己之后所处的江西鄱阳湖畔的都城称为“南昌邑”。“南昌”或许由此得来。
5、5号墓主人身份未知
尽管墓主身份已公布，但是在南昌西汉海昏侯墓中仍留下了不少未解之谜。如墓园中的其他墓与主墓之间的关系是什么，比如主墓正北方向的5号墓，专家们认为5号墓墓主性别很关键，能够判断“列侯墓的墓园会不会像诸侯王墓一样，墓园中只能埋夫人”。
对于5号墓墓主人身份有两种声音，有人认为该墓墓主身份是刘贺之子，因为该墓中出土了武器，如果墓园中真有刘贺儿子的墓，或可理清他们之间的年代关系，因为四代海昏侯在时间跨度上很长。也有人认为是刘贺的宠妾，因为5号墓与主墓共用一个地面建筑。目前，5号墓的主棺已被套箱提取，事实如何有待后续的实验室考古给出答案。
6、墓园南门到底在哪
整座墓园目前只发现了东门和北门，而主墓墓道朝南，按照以往的情况，墓园也应是朝南进出。那么，南门在哪里?还是根本就没有南门?7号墓地的朝向与其他墓地的朝向不同，它的墓道朝西，而包括主墓在内的其他墓都是朝南。这究竟是为何?这对将来了解这个墓园的形制，非常关键。
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