什么是生物分类学
生物分类学是研究生物分类方法和原理的生物单位。 分类是指按照分类学的原理和方法，对生物的各种分类群进行命名和分级。
地球上的现生物种有数百万，千变万化，各不相同。 不分类的话，不建立系统的话，就不能识别，很难研究利用。 分类的对象有很多种，都是进化的产物。 所以理论上说，分类学是生物进化的历史总结。
分类学是一门综合性学科生物学的各个分支，可以从古老的形态中学习现代分子生物学的新成果，并作为分类的依据。 分类学也有自己的分支学科，如基于染色体的细胞分类学、基于血清反应的血清分类学、基于化学成分的化学分类学等。 动物、植物和细菌作为三门分类学，各具特点的病毒分类尚未正式采用双名制和阶元系统。
很久以前，人类就能够识别物体并给它们命名。汉初的尔雅将动物分为四类:昆虫、鱼类、鸟类和动物:昆虫包括大部分无脊椎动物；鱼包括鱼类、两栖类、爬行类等低等脊椎动物，鲸、虾、蟹、贝类，鸟是鸟类；动物是哺乳动物。这是中国古代最早的动物分类，四个名称的出现不晚于西周。这个分类，相比林奈的六纲体系，只缺少两个纲:两栖类和蠕虫类。
古希腊哲学家亚里士多德通过性状比较的方法来区分物类。 例如，将热血动物归为一类，以区别于冷血动物。 他把动物按照结构的完成度排列，给出了自然楼梯的概念。
17世纪末，英国植物学家雷对当时已知的植物种类进行了属和种的记述。 着作《植物研究新方法》是林奈以前最全面的植物分类总结，雷还提出了“杂交不育”作为区分物种的标准。
近代分类学诞生于18世纪，其创始人是瑞典植物学家林奈。 林奈为分类学解决了两个重要问题:第一，建立双名制，各种赋予学名，由两个拉丁化名词组成，第一表示属名，第二表示物种名。 二是建立了阶元系统，林奈将自然界分为植物、动物、矿物三个界，在动植物界下设置了纲、目、属、种四个层次，建立了分类的阶元系统。
每个物种都属于一定的分类系统，占有一定的分类地位，可以分层检索。 林奈在1753年发行的《植物物种志》和1758年第10版《自然系统》中首次将阶元系统应用于植物和动物。 这两部经典著作标志着近代分类学的诞生。
林奈认为物种是不变的，他的《自然系统》没有亲缘关系的概念，按照哺乳动物、鸟类、两栖动物、鱼类、昆虫和蠕虫的顺序排列六个动物纲。拉马克逆转了这个倒过来的系统，把它列为从低级到高级的进化系统。他还将动物分为脊椎动物和无脊椎动物，至今仍在使用。
由于林奈的进化论当时没有被公认，所以对分类学没有什么影响。 自1859年达尔文《物种起源》出版以来，进化思想渗透到分类学中，分类研究表明，系统分类学诞生了，即探索生物之间的亲缘关系，将分类系统建成生物系统。
历史上的分类
生物种类很多；到目前为止已经发现了大约200万种，早在1735年，瑞典自然学家林奈就把生物世界分为动植物群落。
根据林奈两界的说法，像裸藻一样可以通过鞭毛摆动和叶绿体的光合作用来制造养料的生物，在分类系统中属于哪个界呢？
显然，这两种定义并不能合理地对生物体进行分类。随着人们对不同生物群认识的加深，目前，美国学者魏特科在1969年提出的五界理论被广泛接受，它是建立在根据真菌和植物在营养模式和结构上的差异进行生物分类的基础上的。
在传统的生物分类中，界( kingdom )被认为是分类的最高层次。 从亚里士多德到19世纪中叶，生物学家(如林奈Linnaeus )将当时已知的所有生物分为植物界( kingdom Plantae )和动物界( kingdom Animalia )，即双界系统( two-Kingom Animalia )。 这个分类法有着悠久的传统历史，我们也生活在肉眼观察的陆生范围内，因此从小被教育生物只有植物和动物两个世界。
但是，随着光学显微镜的发展，人们发现微小的水生生物等许多生物不适合进入植物界和动物界。 虽然发现了很多微生物，但是人们仍然沿用着这个双界系统。 其中细菌有坚硬的细胞壁，所以一直被植物界所归属。 真核具有叶绿体的单细胞生物(单细胞藻等)，也称为植物的菌类不能进行光合作用，和植物的结构不太相似，但是由于他们定居，所以被分类为植物。 吃食物的单细胞原生动物( protozoa )属于动物界。 眼虫没有活动的细胞壁，被动物学家归入动物界，但有叶绿体，能够光合作用，所以被植物学家纳入植物界。
除了植物界和动物界以外，还有其他世界被提倡，但很少被大部分生物学家接受。 一个多世纪前，德国生物学家黑格尔提出了第三界——原生生物界( Kingdom Protista )，将曾经置于植物界的比较简单模糊的生物，例如细菌和大部分微生物重新分类为原生生物界，这就是三界系统( Three-kingdom system)
60年代，由于电镜的发现和生化技术的进步，生物学家在细胞学上有了新的认识，为重新分类生物提出了许多建议。 到1969年，康奈尔大学的Robert H. Whittaker基于生物的细胞结构及其营养获取方式，建立了五界系统( Five-kingdom system ) -原核生物界( Monera )、原生生物界( Protista )、原生生物界( Protista )、和 提出了这个五界只有原核生物界的成员有原核细胞，细胞内的遗传物质不被核膜包围，即没有完整核的其他四界有真核细胞，细胞内的遗传物质都被核膜包围，即是真核超界( Superkingdom Eukaryonta)。而原核生物则称为原核超界( Superkingdom Prokaryonta )。
真核超界的植物界、菌物界和动物界三界都是多细胞真核生物，各界有特殊的结构和生活史，营养方式不同。 原核生物界的成员是最原始的真核生物群体，不适合上述三界的真核生物都是这样的。 原生生物界大多是单细胞生物，但也包括一些简单的多细胞生物，生物学家相信这些简单的多细胞生物是单细胞原生生物的直接后代。 理想情况下，一个世界的所有成员都应该有共同的祖先，但原生生物界的成员似乎没有共同的祖先。 因为真核细胞在进化过程中是从几次不同的时间出现的(即内共生学说)。 一些生物学家为了解决这个问题，将原生生物界分为几个自然群(类似植物的藻类、类似菌类的原生菌类、类似动物的原生动物类)，每一群都是独立的边界，但大多数生物学家宁可把它们置于同一边界内。
80年代末，分类学家通过比较生物的核酸和蛋白质，寻求不同群体之间的相关性，得出了不同于五界系统的理念。 他们把原核生物分为两个界:真细菌界( Kingdom Eubacteria )和古细菌界( Kingdom Archaebacteria )。 因此，伊利诺伊大学的Carl Woese最初提出了考虑生物的细胞结构和营养方式，以及进化关系的六界系统。
另外，一些生物学家倾向于将生物分为真细菌区( Domain Bacteria )、古细菌区( Domain Archaea )、真核生物区( Domain Eukarya )三个区。 这就是三域系统。
,
