在元朝军事制度的基础上，明朝创立了较为独特的卫所制，在全国广设卫所，控扼要地。卫所的驻军，编入军户，军士携家属，居于卫所，并世代袭替，给养主要依靠卫所驻地的屯田。
遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，并发印信，领兵官率领从卫所调发的军队出征；战争结束，领兵官缴印于朝，调发的军队各回本卫所。
这种统军权与调军权分离、将不专军、军不私将的制度，出发点是保证皇帝对全国军队的控制。
据《明史•兵志二》载：“天下既定，度地害要，系一郡者设所，连郡者设卫。大率五千六百人为卫，千一百二十人为千户所，百十有二人为百户所。所设总旗二，小旗十，大小联比以成军。”
每卫设指挥使1人，正三品，是卫的最高统领；指挥同知2人，从三品；指挥佥事4人，正四品；卫镇抚2人，从五品。每卫通常统辖5个千户所，千户所分布在卫城周边，每个千户所军士编制1120人，每卫军士编制5600人，这个编制未包含居于卫所的军士家属，卫的编制可以视作5600户军户家庭。
卫大致相当于现代军队的师一级，卫指挥使相当于师长；卫指挥同知相当于副师长；卫指挥佥事，分管本卫重要事务，相当于师参谋长；卫镇抚分管本卫的司法刑狱纠察，相当于师宪兵负责人。指挥使、指挥同知和指挥佥事是卫的核心领导层。
卫下设千户所，隶属于卫的千户所被称为备御千户所，另外还有少部分千户所，被称为守御千户所，它有相对独立的屯驻区域，不隶属于卫，而直接隶属省都司（都指挥使司，相当于现今的省军分区），到明朝中后期，守御千户所多又改隶临近的卫。
守御千户所和备御千户所的人员编制和设官都相同，每个千户所，设正千户1人，正五品；副千户2人，从五品；镇抚2人，从六品。每个千户所下辖10个百户所，军士编制1120人，基本相当于现代军队的团一级，而守御千户所则相当于独立团。正千户相当于团长、副千户相当于副团长、所镇抚相当于团宪兵负责人。
百户所设百户1人，正六品，军士编制112人，编成两个总旗，每个总旗又下辖5个小旗。百户所相当于现今的连一级，百户相当于连长；每个小旗管10人，加上小旗自己共11人，相当于现今的班长；每个总旗管5个小旗，加上总旗自己共56人，相当于现今的排长。
卫所军事单位与现代军事单位对应表
明代卫所官职与现代军事官职对应表
《明史•职官志》所记：“武官世官九等：指挥使及同知，佥事，卫、所镇抚，正、副千户，百户，试百户。”
试百户相当于见习百户，不是必设职位，比百户低一级，为从六品；总旗和小旗不算作职官，计入军士。
明代卫所的百户/试百户及以上的军官世袭，被称作世官，卫再往上，如都司（相当于现今的省军分区）和五军都督府（相当于现今的大军区/战区）的军官，则不世袭，从世职的卫所武官及武举中选授，属流官。
明兵部《武职选簿》记录的世官档案
明朝著名将领戚继光，就是承袭祖上的登州卫指挥佥事，开始了军旅生涯，后受张居正举荐，升任山东都司指挥佥事，防御山东沿海的倭寇。嘉靖三十四年（1555年），又调任浙江都司指挥佥事，并担任参将，防御浙江沿海的倭寇。都司指挥佥事为流官，不能世袭，但其后代可袭替原卫所的世袭官职，在戚继光去世后，其大儿子戚祚国，接袭了登州卫指挥佥事之职。
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