明朝正统十四年（1449年）明英宗朱祁镇在北征瓦剌的战斗中在位于今天河北省张家口市怀来县境内的土木堡兵败并沦为瓦剌人的俘虏，瓦剌部首领也先挟持朱祁镇作为人质进犯明朝边塞，一路长驱直入进逼北京城下。危难之际幸亏时任兵部左侍郎于谦以江山社稷为重拥立明代宗朱祁钰。于谦亲率二十二万大军列阵北京九门外，于谦指挥的这场北京保卫战可谓是明代历史上一场力挽狂澜的关键性战。北京保卫战的胜利尽管起到了力挽狂澜的作用，但已无法改变明王朝整体上江河日下的国运：事实上土木堡之变成为了明朝由盛转衰的标志性事件。洪武、永乐年间执行的是积极出塞的国防政策，明军在这种国防政策的指导下多次深入漠北草原打击蒙古部落，到了仁宣时期尽管明朝开始由强力战略扩张向宽松治国、息兵养民转型，但在与蒙古的边境战争中总体上仍占上风。然而土木堡之变后明朝对于蒙古的政策就开始全面收缩，尽管土木堡之变后明朝也曾战胜过蒙古势力，但再也没像明初一样执行过积极出塞政策，总体上已完全进入到战略防御态势。由此可见土木堡之变是明朝历史上的转折性事件，不过这对作为战争另一方的瓦剌同样是一次转折性事件，甚至从某种意义上而言：土木堡之变对瓦剌的影响更大于明朝——土木堡之变尽管使明朝由盛转衰，却并没使明朝迅速崩溃，反而是瓦剌在土取得木堡之变的胜利后走向了分裂。
事实上自称厄鲁特的瓦剌在明代瓦剌能不能算是蒙古人都是存在争议的——至少东边的鞑靼就不把瓦剌当作蒙古人。事实上游牧民族和定居民族有一点显著的不同就是：没固定的生活地域，各部族之间的互相融合是相当频繁的事。其实历史上的匈奴、突厥等族系很可能并非一个单一民族，而是由草原游牧民族组成的共同体。而我们今天所说的蒙古族是由于成吉思汗的蒙古部统一草原诸部而形成的民族，在成吉思汗统一草原之前蔑儿乞、乃蛮、克烈、汪古等部显然不会认同自己是蒙古人，只是在成吉思汗统一草原后才形成了蒙古族这一民族共同体。公元1388年明太祖朱元璋派遣徐达从蒙元王朝手中收复燕京后蒙元势力就退回来漠北草原，然而脆弱的游牧经济已无法支撑元朝仿照汉制建立的统一帝国，于是蒙古草原迅速恢复到成吉思汗统一之前的诸部割据状态。蒙古诸部逐渐演化为两大部落联盟：位于草原西部的和硕特、绰罗斯、杜尔伯特、土尔扈特诸部所形成的联盟被称为瓦剌；位于草原东部的察哈尔、土默特、科尔沁、鄂尔多斯诸部所形成的联盟自称蒙古，而明朝则称其为鞑靼。明朝人所谓的蒙古人是同时涵盖鞑靼人和瓦剌人的，然而鞑靼却以蒙古正统自居而将瓦剌视为异族。事实上鞑靼才是成吉思汗黄金家族的嫡系后裔，在退回草原之初他们甚至沿袭了“元”这一国号（北元）。瓦剌则起源于叶尼塞河上游地区，在成吉思汗建立大蒙古国时将他们称为“林木中人”，成吉思汗以及日后的蒙古大汗通过联姻来笼络他们。由此可见瓦剌并非成吉思汗黄金家族的嫡系后裔，属于被蒙古征服后所同化的部族。尽管瓦剌被蒙古同化后也冠以蒙古之名，不过在以蒙古正统自居的东部蒙古人眼中瓦剌仍是“非我族类其心必异”。
事实上北元退回草原后就同时面临两大强敌：南方的明朝一度执行积极出塞的国防政策，而西部的瓦剌势力趁机悄然做大。明初在出塞打击蒙古势力时为实现分化瓦解的目标就对瓦剌和鞑靼进行分别对待：明朝所称的鞑靼人其实就是继承了成吉思汗黄金家族正统的北元政权，这是明朝必须打击的大敌，因为只要北元政权仍在延续“元”这一国号就意味着并没放弃重返中原的意图。相比之下瓦剌只是草原上一个从无显赫历史的籍籍无名的部族，和明朝也没北元政权那么大的积怨，因此在相当一段时期内瓦剌属于明朝争取拉拢的对象。这一时期瓦剌也有意识将自己与黄金家族进行区分，这样做一方面是彰显自身的独立性，另一方面也是向明朝示好，当然名义上瓦剌还是北元的藩属。然而随着瓦剌势力的日益做大就渐渐开始有了不一样的想法了，这点明朝方面也感觉出来了。公元1410年北元政权遭到明成祖朱棣的重创，然而朱棣并没趁机彻底消灭北元，反而册封北元太保阿鲁台为大明特进光禄大夫、太师、和宁王，这么做的其实就是为牵制名义上为北元藩属、实际上独立存在且依然做大的瓦剌。朱棣的警惕是有道理的，因为瓦剌的崛起确实已呈现出明显的征兆。截至14世纪初名义上作为北元藩属存在的瓦剌实际上已架空了北元的军政大权。公元1439年（北元岱总汗十五年、明英宗正统四年）瓦剌部首领脱欢去世，其子也先成为瓦剌部的新首领，同时继续保持着北元朝廷的军政大权。也先在北元朝廷的正式职务为中书右丞相、太师、淮王、瓦剌部总兵。
明初几代皇帝积极拉拢瓦剌部本意是想使其成为牵制北元朝廷的力量，然而瓦剌最终却架空了北元朝廷，从而成为明朝北部边疆新的大敌。也先掌握北元朝政后先后把蒙古漠南、漠北、漠西以及原为明朝册封建立的东北兀良哈三卫、女真诸卫统一了起来。也先尽管不是出自成吉思汗嫡系，但他同样渴望像成吉思汗一样建立了一个辽阔的帝国。1449年也先率以瓦剌部为主的北元蒙古骑兵大举攻明，此举成为了明英宗御驾亲征的导火索。尽管土木堡之变后也先在北京城下败于于谦之手，因此未能实现他入主中原的既定目标，但俘虏明朝皇帝的战功已使他越发骄横起来。此时放眼草原诸部再找不出能与也先抗衡的人物，而也先已不再满足于自己现有的地位。瓦剌部在名义上是北元的藩属，而也先的正式头衔也是北元太师，在也先看来这种身份地位与自己的实力是不相匹配的。这时的也先已盘算着“求大元皇帝并一统天下”，也就是说他想要篡夺北元的皇位并南下灭明。当时的北元岱总汗是也先的妹夫，长期以来这位名义上的北元最高统治者对也先都是言听计从。也先试探性地向岱总汗提出退位的要求，也先并没直接让岱总汗让位给自己，而是让岱总汗让位于太子。太子是也先的外甥，同时一个幼君在也先看来也相对更容易控制，完全可以把他作为自己正式上位前的过渡人物。然而一向对也先言听计从的岱总汗这次却明确拒绝了也先的要求，而恼羞成怒的也先随即与岱总汗兵戎相见。战败的岱总汗逃到郭尔罗斯部，这个郭尔罗斯部的首领是岱总汗的前岳父。为什么说是前岳父呢？原来当初岱总汗为巴结也先就娶了也先的妹妹，同时休掉了自己的前妻，对此郭尔罗斯部可是一直怀恨在心，于是岱总汗就被自己的前岳父给杀了。
身为北元正统象征的岱总汗一死就让也先感觉到机会来了，于是他在公元1453年（明代宗景泰四年）召集蒙古各部召开忽里勒台大会。这次大会上蒙古各部迫于也先的压力将其推举为蒙古大汗、北元皇帝，称“大元天圣大可汗”，定年号为“添元”。这在北元历史上是一次极具象征性意义的大事件：首先这是自成吉思汗以来汗（皇）位首次被非黄金家族的人占据；在此之前北元已由一个中国式王朝向游牧民族政权转型，其中一个典型标志就是取消了元朝仿照中原汉制确立的年号制度，截至也先上位之时北元取消年号已有65年，如今重新确立与中原相同的年号制度在一定程度上反映了也先的野心。也先的野心就是篡夺北元的皇位并完成一统天下的夙愿，如今他已然登上北元的皇位，明朝也已转为战略守势，看起来也先正在向他的既定目标迈进，然而事态的后续发展却证明他其实是在加速走向覆亡。也先虽是一个有远达抱负理想的人，但却是一个缺乏战略思想的人，他急于求成的篡位之举恰恰给自己招来了祸端。尽管身为成吉思汗嫡系的黄金家族退出中原已有百年，但草原蒙古人心中他们认识蒙古民族的英雄和图腾，朴实的蒙古人民还无法接受被非黄金家族的人所统治。尽管岱总汗没他的祖先那样的文治武功，但因为拥有正宗的黄金家族血统就被蒙古人民所尊奉，相比之下也先的瓦剌部本来只是草原上一个籍籍无名的部落而已。也先本人过于维护自己和家族小团体的利益，以致于连他自己所属的瓦剌本部群众中都有不少他的反对者，更不用说那些身为黄金家族后裔的诸王了。黄金家族诸王尽管此时正处于衰败期，不过人家手里还是有兵马的，尽管他们单独任何一个人都无法与也先抗衡，可如果他们全部联合起来可就是一股不可小觑的力量。
意想不到的是率先对也先发起挑战的并非黄金家族的成员，而是另一位同样来自于瓦剌部的酋长。瓦剌本身并不是一个统一的部落，而是由蒙古草原西部的和硕特、绰罗斯、杜尔伯特、土尔扈特诸部所形成的部落联盟。也先只是瓦剌诸部共同的盟主，在瓦剌诸部中他的实力最强，但在瓦剌这一部落联盟体系之下各部落仍有自己的酋长。公元1455年瓦剌部中另一位强势人物阿剌率先起兵反对也先，黄金家族诸王闻讯也纷纷起兵讨伐也先，也先仓皇逃往永谢布部。虎落平阳的也先仍没改变他飞扬跋扈的毛病——他不是请求永谢布部出兵帮助他，而是几乎以下命令的口吻让永谢布部出兵，结果永谢布部首领一怒之下就把也先给杀了。也先死后他的子孙与黄金家族的后裔们展开了长达20余年的战争。在这一过程中也先的两个儿子瓜分了也先的部众，成吉思汗异母弟别勒古台的后裔毛里孩拥立岱总汗之子马儿古儿吉思为蒙古大汗，将瓦刺驱逐到天山一带的西部地区。到了明末清初的史籍中一般将瓦剌称为卫拉特。卫拉特主要由杜尔伯特部、准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部四大部落以及辉特小部落共同构成。后来日益强大起来的准噶尔部将土尔扈特部向西压迫，迫使土尔扈特部与杜尔伯特部、和硕特部的一部被迫迁到了伏尔加河下游地区。准噶尔部又向东压迫杜尔伯特部，迫使其内附于清朝。准噶尔部还企图兼并和硕特部并入侵青海。准噶尔部又击败哈萨克人，翻过天山征服回部诸察合台汗及伊斯兰教派白山派与黑山派，此后飞兵拉萨凌摄西藏，终于建立起了强大的准噶尔汗国。全盛时期的准噶尔汗国疆域北接额尔齐斯河、鄂毕河、叶尼塞河上游，南到西藏阿里地区，西包巴尔喀什湖，东至蒙古萨彦岭及色愣格河流域，达到四百多万平方公里。准噶尔部的强大也为从康熙到乾隆长达70余年
,
