建文帝朱允炆的下落，一直成谜，以至于成了明朝的一件疑案。虽然朱棣进城后，找出两具尸体，指定就是建文帝和皇后，但当时的人却都不相信。而《明史》中记载："宫中火起，帝不知所终。"如果建文帝确实被烧死，则不必如此曲折行笔，其中史官必有难言之隐。那么，建文帝下落到底如何？
朱棣为何一口咬定建文帝被烧死
明史中记载："谷王橞及李景隆叛，纳燕兵，都城陷。宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。"这段描写是很有问题的，给我们留下太多想象的空间。而且，其前后矛盾，是史官故意留给我们的把柄。为什么突然宫中起火？不过是制造混乱，想让建文帝出逃更容易罢了。史官真实的观点，便是"帝不知所终"。后面记载还有这样一句话："或云帝由地道出亡。"不过这样的记载，显然不能被朱棣接受，朱棣必须要建文帝死。
所以，我们看到"燕王遣中使"，这个宦官是朱棣派去的人。"出帝后尸于火中"，既然建文帝的尸体已经找到，那么前面这句"帝不知所终"岂不是废话了吗？原因就在于朱棣必须让建文帝死。而火中的尸体简直是太好找了，随便扔一个人进去就成。朱棣都说是建文帝了，谁还敢提反对意见？朱棣这就是让天下臣民都绝了希望，以后不论建文帝还是宣称是他的后代，都可以指定为假冒，朱棣这是为后面做准备了。
建文帝出家为僧
建文帝出家为僧的传闻流传最广。我们知道，和尚姚广孝是朱棣靖难时期的大功臣，在他84岁重病的时候，请求朱棣释放僧人溥洽。溥洽当时是建文帝的主录僧，朱棣进南京后，有人举发溥洽知道建文帝的下落。于是溥洽一直以散布妖言的罪名被关了十六年。如果建文帝真的被烧死，朱棣对于溥洽，或杀或放，又何必以其他罪名关押十六年？原因便是朱棣尚未得知建文帝下落，对于溥洽还有所期望而已。而传言替朱允炆削发的，便是这位溥洽。
另外，胡濙是朱棣极为信任的官员，朱棣还曾派他监视太子。后来也是因为胡濙的报告，才使得朱棣打消了对太子朱高炽的怀疑。但就是这样一个心腹，却长期打着寻找张邋遢（张三丰）的名号，在全国各地巡游，打听各种传说报告给朱棣。从永乐五年一直到永乐二十一年，期间，胡濙因母丧请求回家，都没有被朱棣批准。
等到永乐二十一年，胡濙回到京城，但此时的朱棣却在宣府。胡濙二话不说，转身去了宣府。当胡濙到达后，朱棣已经就寝。
"闻濙至，急起召入。濙悉以所闻对，漏下四鼓（半夜两点以后）乃出。"
胡濙在外十几年，是什么消息使得朱棣半夜接见他？而且还一直谈到深夜，想必自然是建文帝的下落，而且是确切的下落。此时的建文帝或者已经死亡，或者已经彻底放下了皇位，否则朱棣不会心安。那么，建文帝出家为僧还是有很高可信度的。
建文帝是否有可能到了南洋
"先濙未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释。"
在胡濙没有半夜前来报道的时候，有传言建文帝出海到了南洋，所以朱棣才派郑和下南洋。等到胡濙报告了之后，朱棣的疑惑才打消。如果建文帝真的出海，那么郑和一次两次出海还可以理解，但长此以往就有些不划算了。
等到了朱棣的孙子明宣宗朱瞻基时，他的皇位已经大大稳固，没必要再关心建文帝的下落。但是在明宣宗时期，郑和还是进行了他最后一次下南洋。由此可以推断，郑和下西洋以宣扬国威为主，打探建文帝的下落只不过是附带。况且，建文帝如果真的到了海外小国，自然也无法对大明形成威胁，所以朱棣才会"疑始释"。
综上所述，在朱棣靖难成功后，建文帝并没有大火中烧死，也没有到南洋。而他出家为僧的概率，则是最大的。一直到明英宗的时候，还有僧人自称是建文帝，被知府送到朝廷，"下狱，阅四月死。同谋僧十二人，皆戍辽东。自后滇、黔、巴、蜀间，相传有帝为僧时往来迹。"可见，建文帝出家为僧，是被当时的人们广泛接受的。
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