在《红楼梦》这本书中，秦可卿是个比较神秘的人物。
一个是身世神秘。书中曾交待，秦可卿出身于一个小小的营缮郎的家庭，并且还是抱养的。只是因为与贾家有那么一点瓜葛，因此嫁入宁国府。按当时贵族之间联姻的习惯，联姻的两家首先要门当户对，或至少也得差不多。但小小的营缮郎与国公，显然是差得太悬殊了。更奇怪的是，就这么一个小门小户的小家碧玉，在宁荣二府里是倍受重视瞩目，如众星捧月一般，这很不正常。关键就在于与贾家的那么一点瓜葛，这点瓜葛始终没有解释，可能也不便解释。
有人考证说秦可卿是当时废太子胤礽的女儿，是皇家的格格。贾家因为在当时皇权争夺中站错了队才导致被抄家从而败落的。其实，贾家的败落肯定有政治斗争的因素，但只是一个外部因素。从全书来看，贾家内部的腐朽没落才是这个家族衰败的主要原因，其他原因比如政治斗争等外部因素只有可能加速这种衰败的进程。贾府的衰败代表着当时那个腐朽的社会的衰败，作者认为这是一个历史的必然，无法挽回，所以才有第五回宁荣二公的魂灵与警幻说我家运终数尽，衰败是不可避免不可挽回的。这表面是在说贾家，实际就是作者在说当时那个社会。可是如果把贾家之败归结于政治斗争中站错了队而受到的打击，那就把必然变成偶然了，完全背离了作者写此书的宗旨。也是完全没能理解作者所说的‘谁解其中味’的那个‘味’。
第二是秦可卿的死因也是扑朔迷离。她真正的死因是因为与贾珍的私情被撞见，然后悬梁自尽的。这在曲子中说得很明确了，画梁春尽落香尘。同时，畸笏叟对此也有一大段评论说：因为可卿死后给凤姐托梦，为贾家想好了后路。因此命作者把秦可卿淫丧天香楼一大段删去，以此来表示对秦可卿淫乱之罪的赦免。因此书中说秦可卿死于得病，应该是作者后改的。
不论秦的身世多么神秘，不论作者让她怎么死，但结果都是个死，而她的死因就是她与贾珍之间的孽情败露。
《红楼梦》大旨谈情，这个情包括很多种。比如宝玉黛玉之间的爱情，司棋与潘又安之间的爱情，秦钟和智能儿之间的爱情，小红和贾芸之间的爱情。这种情是最普遍的，最不为当时的社会所容的。就如太虚幻境中的对联所说：
厚地高天，堪叹古今情不尽。
痴男怨女，可怜风月债难偿。
说的就是那个时代封建包办婚姻和自由恋爱之间的矛盾。
秦可卿是个特殊的样本，她和贾珍之间的情是一种超越了伦理的情，作者称之为孽情。
有人说秦可卿是被迫的，实际情况却是她和贾珍是两情相悦的。这从秦可卿的判词曲子可以看得出来，从贾珍在秦可卿葬礼上的表现也可以看得出来。
秦可卿的判词：
情天情海幻情身，
情既相逢必主淫。
漫言不肖皆荣出，
造衅开端实在宁。
秦可卿的曲子：
画梁春尽落香尘，擅风情，秉月貌，便是败家的根本。箕裘颓堕皆从敬，家事消亡首罪宁，宿孽总因情。
从判词和曲子中的句子看出，秦可卿并非是无辜的，她对贾珍是有情的。但是，由于这种情况超越了伦理，所以不会为任何社会所容。从判词和曲子看，作者对于这种情是批判的，对于当事人和宁国府也是批判的。
所以作者在通过《红楼梦》批判封建婚姻制度讴歌爱情的同时，还是有所区分的，对于那种超越伦理的所谓的爱情，他是批判的。
但是，这种孽情败露后的结果，对于男女双方来说却是截然不同的。
这个事败露后，男人没事，该当族长当族长，该袭官职继续袭官职，没有影响。但女人，却只能死。
所以，不论秦可卿的身份多么神秘，地位多么特殊。即使她真的是皇家的人，在这种情况下还是会被礼教杀死。说明那个时代女性的地位和男性地位的差别非常之大，说明那就是个男权社会。这一点也是作者通过秦可卿这个人物所要表达的。
