《心灵捕手》的故事并不复杂，它的主要内容就是尚恩教授通过心理疏导的方式，帮助被童年经历困扰的天才少年威尔重新找回自我，走上正确的人生道路。
此部以人物主导的影片聚焦于男主角威尔心灵受创的自我揭露与重建过程，细腻而真实地开展了一场心灵角力的战争。
威尔是一个自甘堕落的天才，他经常和几个问题青年一起打架斗殴、偷盗乃至袭警，并时常去MIT或哈佛大学，“三分钟摆平一个笨蛋”。他能轻易解决数学教授和同事用数年才解开的难题（顺便说一句，小黑板上写的那道关于排列的题和答案都是很基础的，不是那种能困扰菲尔茨奖获得者多年的难题），却甘心当一个落魄的清洁工。
其实，这种外部表征的分裂源于威尔内心的分裂。我们每个人都有一套固定的逻辑，我们认为，自己的某些特质是“好我”，这些特质可以让自己维持并促进关系的发展，而自己某些特质的是“坏我”，这些特质会导致一个关系的疏远甚至结束。威尔的逻辑是：“天才”是坏我，“平庸”是好我。他认为天才并不能换来关系中的亲密，而平庸倒可以做到这一点。因此，每当他展现天才时，其实多数时候都是在疏远乃至结束一个关系。所以，我们看到，他的聪明都用到了刺激心理医生、“三分钟摆平一个‘笨蛋’”等事情上。而尚恩却告诉他，他狂妄的聪明自信，不过是对痛苦的防御罢了。这种防御是一堵墙，令威尔只敢与书本建立关系，而不敢与外部世界直接建立关系。
这深深刺痛并震撼了威尔多年以来封闭孤独的内心世界，并让他渐渐对教授建立信任，并向其袒露心声。
接下来，尚恩让他明白，有时候不完美的东西才是好的。威尔深爱着一个女孩，却始终不敢深入了解她。因为他认为对方太完美了，不敢接近或不敢破坏这个幻想，或者，用威尔的话说“现在她很完美，我不想破坏”。但其实是我们惧怕自己的不完美被对方看到，也害怕通过与对方的深入了解，渐渐发现对方身上的种种缺点，从而影响甚至颠覆对方在自己心中的美好想象。
为了让威尔看到这个逻辑的内在荒谬性，尚恩不动声色地讲了一个自己的故事。尚恩说，他的太太放起屁来特别厉害，一次，他被太太的屁惊醒了，接着，他家的狗叫了起来。最后，太太自己也被弄醒了，问他，是不是你在放屁，尚恩说是，
因为他不忍心告诉太太她被自己的屁臭醒了。
尚恩讲这个故事时，威尔忍不住大笑起来，尚恩自己也忍不住狂笑起来。故事讲完后，尚恩解释说，真实就是美，“不完美才是好东西，它可以选择谁进入我的世界。你的女生也不完美，关键是，你们是否合适”。这次咨询结束后，威尔立即去见他钟爱的女孩——哈佛大学的史凯兰去了。
渐渐地，威尔与史凯兰的感情日渐深厚。史凯兰希望威尔跟自己去加州，证明他爱她。但在威尔的世界里，这种搬迁是最可怕的事情。他先是被父母抛弃，后来四次被送人寄养，其中三次被严重虐待。所以，他内心深处认为，换一个家是可怕的事情。于是，在第一次爱到最深处的时候，他也遭遇了最严重的危机。同时，威尔的事业也陷入危机。数学教授正接二连三地给他介绍优裕的工作，但是，对威尔而言，这是一种颠覆，他会恐惧。所以，当治疗、爱情和事业都抵达一个高潮时，他内心的斗争也就抵达了一个最严重的危机——是固守自己已有的逻辑，还是冒险接纳新的逻辑。
有意思的是，化解这个危机的是他的死党查克，这也是影片感人至深的一个情节。在建筑工地上休息时，威尔说，他觉得整天这样做体力活也不错，他希望他们的孩子能在未来一起玩耍和生活。
没料到，查克却对他说，如果我们50岁时，你还和我在一起，我会杀死你。这令威尔非常震惊，也许比面对尚恩时还要震惊。因为他觉得他和查克是如此好的朋友，他们在一起的时光是他们都很享受的。
但查克告诉他，他每天最幸福的时候只有10秒，就是每天他去威尔家接他出来时。每次，他都想象，这次见不到威尔了，那意味着威尔到了能施展他的才华的地方。然而，每次他都能见到威尔开门，这种幸福感便消失了。威尔之所以自甘堕落，之所以浪费才华，无比重要的原因是他通过这样的方式赢得了友谊。而他和查克等三名死党的友谊，是他多年以来在这个世界上仅有的支持，因为这是多年以来仅有的认可他、接纳他的关系。所以，当查克也对他说，你走吧，我希望你的天才能有用武之地时，威尔真正地解脱了。前面有爱情、事业等美好而正确的生活等着他，后面则是多年死党的督促、威逼和容纳，那么威尔还有什么好犹豫的呢？
影片最后一个高潮，是威尔终于又来到了尚恩的治疗室，而尚恩拿着威尔的卷宗——那上面有他的种种问题和受虐经历，对他一遍又一遍地说“这不是你的错”。终于，威尔的防线彻底崩溃了，他扑在尚恩的身上，紧紧抱着尚恩，像婴儿一样痛哭。这种拥抱，有着极大的象征意义，意味着威尔终于第一次真正与他人建立了互相信任的友好关系。
影片的最后，是威尔驾驶着查克等死党送给他的破车，奔向加州，去寻找史凯兰，同时也去寻找自己的新生活。
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