高中生物学课本在描述染色质时指出：染色质(体)容易被碱性染料染成深色。实验中对染色质(体)进行染色，须使用龙胆紫溶液或醋酸洋红溶液等碱性染色剂，这些染色剂是以龙胆紫或洋红溶解于醋酸溶液中制得，配制后的龙胆紫溶液pH值约小于7(呈酸性)。那么为什么把龙胆紫溶液称为碱性染色剂呢?
一、碱性染料对染色体染色的原理
细胞核中的染色质(体)内含有脱氧核糖核酸(即DNA)，属酸性物质，可电离出H，而使自身带负电荷，所以它能与碱性染料(如龙胆紫)电离出的带正电荷的助色基团通过电荷间的引力作用牢固结合，从而被染料染上颜色。在“植物细胞有丝分裂的观察”实验中，若用盐酸解离后不漂洗直接染色，则由于盐酸是一种强酸，而脱氧核糖核酸是一种弱酸，盐酸的存在会抑制脱氧核糖核酸的电离，从而使脱氧核糖核酸无法与龙胆紫中带正电荷的助色基团结合，这样染色质就无法被染上颜色。
二、碱性染料和酸性染料
1、作为染色剂必须具备两个条件：
一是具有颜色；产生颜色的部分称为发色基团
2、碱性(或酸性)染色剂的界定并非由染料溶液的pH值决定的，而是根据染料物质中助色基团电离后所带的电荷来决定的。
助色基团带正电荷的染色剂为碱性染色剂（又称阳离子染料）。
助色基团带负电荷的染色剂为酸性染色剂（又称阴离子染料）。
3、高中阶段涉及的碱性染料主要有两种：龙胆紫、醋酸洋红，其染料本身的PH值呈酸性。
从配制方法上看。龙胆紫染液的配制过程：取龙胆紫溶解在2％乙酸溶液，直到溶液不变成深紫色为止；醋酸洋红的配制过程：取100mlA5％乙酸，煮沸30s，加入1g洋红，搅拌，再煮2～这两种碱性染料的配制过程中用到的溶剂都是乙酸。
龙胆紫PH值：3.0-5.0 醋酸洋红PH值：1.9
三、其他碱性染料
生物学常见的碱性染料有:龙胆紫、醋酸洋红、苏木精、甲基绿、吡罗红等等
高中实验《观察细胞内DNA和RNA的分布》，利用甲基绿和吡罗红的混合染色剂对细胞进行染色，甲基绿将DNA染成绿色而吡罗红将RNA染成红色，以观察DNA和RNA在细胞内的分布情况。
四、苏木精-伊红染色法（简称HE染色法）
苏木精为碱性染料，主要使细胞核内的染色质与胞质内的核酸着紫蓝色。
伊红为酸性染料，主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色
