1949年4月20日晚和21日，人民解放军第二、三野战军遵照中央军委的命令和总前委的《京沪杭战役实施纲要》，先后发起渡江。在炮兵、工兵的支持配合下，在西起湖口、东至靖江的千里战线上强渡长江，迅速突破国民党军的江防，占领贵池、铜陵、芜湖和常州、江阴、镇江等城市，彻底摧毁了国民党军的长江防线。4月23日，第三野战军一部解放了南京，南京政府垮台。
1945年到1949年，外敌已退，解放战争开启，时局仍然紧张。
1945年，抗日战争胜利。但是国家仍然处于一种萧条的状态，紧接着开始的解放战争，局势紧张，作为国民政府的发源地，以及曾经的首都，南京成为解放战争的攻坚之地。
那时，南京城百姓的日子，仍然不好过，尤其是商家。古来都说“商人重利轻别离”，却未曾想，当政府与人民争利之时，处境才真的艰难。当时国民政府财政赤字明显，为了支撑解放战争不断增长的军费，大量印刷法币，导致物价疯涨，国统区社会经济面临崩溃。1948年，通货膨胀达到恶性时期，法币贬值严重，为了挽救财政危机，维持军费需求，国民政府发布政令：废弃法币，改发金圆券。1948年8月19日，金圆券正式发行，直到1949年7月停止流通。这种本位货币，摧毁了中华民国政府的经济体系，使得百姓苦不堪言。加之针对中药行业实行的“八·一五”限价，对南京同仁堂又是一大冲击。
乐笃周带领下的南京同仁堂，在南京城苦守着，他想到过去老一辈儿说过，“同仁堂”早在清朝的时候，是专供皇家御药的。当时外头人看到的是风光无限，只有他们自己知道，市面上药材原料价格涨涨落落，但是皇家给的价格是不会变的，所以赔钱、赚钱，看官家脸色的日子常有。怎么现在，连日本人都打跑了，日子还这么难捱呢？
不过乐笃周不怕，因为他知道日子会好起来的。他记得，管易文同志对他说过，“共产党一定会回来的”。乐笃周坚信：共产党一定会回来的！直到1949年4月，迎来了解放战争的胜利，管易文同志见到乐笃周时，说的第一句话是“共产党不使你失望，我们是回来了。”其实早在解放之前，经过了八年战争的洗礼，乐笃周早已看透——共产党是真正抗日的，要跟着共产党走！那时，乐笃周以自己的拳拳之心，就已经带着南京同仁堂加入了抗日统一战线。在南京同仁堂，曾经组织过对地下工作者的掩护，也在明里暗里的各种帮衬着共产党。
解放战争胜利后，乐笃周自愿接受改造，接受工人阶级的监督。1949年，新中国成立后，公方代表进驻南京同仁堂。1951年起，党在资本主义工商业开展“反行贿、反偷税漏税、反盗骗国家财产、反偷工减料、反盗窃国家经济情报”的斗争，南京同仁堂就已经被评为“基本守法户”。1954年11月，南京同仁堂资方代理人和公方代表联合向南京市人民政府递交公私合营申请报告。
1955年10月，南京市人民政府批准南京同仁堂公私合营，名称“公私合营南京同仁堂国药号股份有限公司”，成为了南京第一家合营药企，归南京市地方工业局领导。自康熙年间的“同仁堂”药店，乐家世代以医药为业，且始终由乐姓经营，直到1955年，南京同仁堂分号公私合营，乐氏经营了二百八十多年，最终公而忘私，同行大道！
