在隋朝末年的起义势力中，最先崛起的就是李密的瓦岗军，当时的瓦岗军不仅有秦琼和单雄信等一大帮名将，还有30多万大军。瓦岗最强盛的时候，占领了整个河南地区，当时李渊才仅仅有3万军队，地盘仅局限于太原一带。
瓦岗军的强盛并没有持续太长时间，由于几次错误的军事行动，瓦岗军最终四分五裂，将领们分别投奔了其他势力，李密也被李唐杀死。到了李世民第二次征讨王世充的时候，瓦岗军的大部分将领都加入了李世民的帐下，只有单雄信还跟在王世充的身边。
等到王世充战败的时候，李世民决定要杀死单雄信，当时徐世绩拼命地求情，李世民却拒绝了他的请求。令人奇怪的是，同样是瓦岗的将领，秦琼等人在单雄信被俘虏后，却没有任何动作。李世民杀死单雄信不仅因为他是王世充的将领，还因为单雄信和自己有仇。
小说中，单雄信的哥哥被李渊射死，两家人因此结仇。在历史上，李渊和单雄信并不认识，单雄信和李世民的仇恨，是在战场上结下的。
李世民擅长射箭，打仗的时候经常亲自上阵，单雄信是一个猛将，也喜欢冲锋在前。到了李世民和王世充交战的时候，双方混战在一起，单雄信看到了独自作战的李世民，拿着长枪就想要杀死李世民，李世民惊惶逃窜，刚好碰到了徐世绩。
徐世绩赶紧拦下了单雄信，在徐世绩的劝说下，单雄信转身离开了。后来李世民侦察敌情的时候再一次碰到了单雄信，单雄信骑着马追杀李世民，李世民险些就被追上，大声呼叫周围的人。就在千钧一发的时候，尉迟恭赶了过来，他阻挡住了单雄信，并且击伤了他。
李世民一生中仅仅被人追杀过两次，两次的追杀他的人都是单雄信，李世民后来坚持杀死单雄信也很正常。
一些人认为，秦琼和程咬金不给单雄信求情，是因为他们知道李世民已经下定了决心杀单雄信，再求情也无济于事。这个理由比较牵强，哪怕李世民真的下定了决心，这么多瓦岗将领一起求情，恐怕也能够让李世民回心转意。
从秦琼等人一直沉默的态度来看，单雄信和他们可能存在一定的矛盾。在瓦岗军队崩溃的时候，徐世绩直接投奔了李唐，程咬金和秦琼等人是后来投奔的李唐，他们最初和单雄信都在王世充手下。
王世充对于秦琼和程咬金的态度很一般，也不是非常信任他们，唯独对单雄信的态度很好，让他做了大将军。在这个过程中，瓦岗的将领已经出现了分裂，单雄信自己一派，其他人都抱团准备反叛王世充。
作为老兄弟，秦琼和程咬金离开王世充的时候，既没有拉着单雄信一起走，也没有通知单雄信。在两军交战的时候，程咬金和秦琼带着军队假装冲锋，到了半路上忽然调转枪口，然后嘲讽了王世充一番。作为大将军的单雄信肯定是不知道，不然王世充后来也不会继续重用他，还把女儿嫁给他。
虽然史书没有记载双方的矛盾，可是从王世充前后的态度来看，单雄信和秦琼等人的关系肯定不好。
王世充向来多疑，还很小心眼，这是程咬金对他的评价，这样一个人，在瓦岗的其他将领都走了之后，依然重用瓦岗出身的单雄信，唯一合理的解释就是单雄信和其他瓦岗将领不和。由于和瓦岗的其他将领存在矛盾，单雄信临死的时候，其他人也没有给他送行，只有徐世绩哭着送别他，还赡养了他的后人。
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