学院(College、Institute或Academy)一词最早出现在1180年的巴黎大学，称为18人学院，是为当时18名来自法国以外的贫困学生免费提供食宿的场所。后来，由于来自国外的学生不断增加，巴黎大学的学院数也随之扩大。13世纪以后，随着大学间国际交流的频繁，不仅在巴黎大学，欧洲其他一些著名的大学也相继建立了学院，而且随着大学规模的扩大，同一所大学中，来自同一地区或学习同一学科的学生或学者聚集在一起，形成了不同的学院。中世纪后期，学院不再仅仅为贫穷学生提供食宿，它逐渐成为属于同一学科师生共同生活和学习的场所，学院逐渐发展成自治或半自治的学术团体，在英国和德国等国，学院或系是构成大学的最基本的教学和行政单位。
在中国，20世纪50年代开始的我国高等学校管理体制，学习前苏联的大学行政管理模式，在专业面狭窄的教学型大学的计划背景下形成的校、系、教研室三级管理模式。在当时的历史条件下，为国家培养了大批高级专门人才。但随着社会和经济发展，旧的管理模式已明显不适应现代高等教育的发展要求。大学开始试行以二级学院为运作组织，实行校、院两级管理模式的学院制，向学院放权，使学院成为能够自我发展的拥有相对独立和相应自主权的办学组织。
目前，各个高校设立二级学院的做法不尽相同，大体依学科门类而定：如文学院、法学院、理学院、工学院、医学院、商学院、信息学院等等。有的是由原来的系经过发展壮大而成；有的是依据学校内相近相关学科整合而成；有的是几所学校合并后依不同学科门类整合而成；也有的是根据社会发展所需要的新学科门类而设立的二级学院。
大学内的系科则是按照专业性质设置的教学行政组织。按照专业类别，一个高等学校可以分设若干个系，系以下设一个或几个性质相关联的专业。一般每个系设系主任一人、副系主任数人，领导本系所属的专业教研室、实验室以及有关的研究室(所)，负责规划组织本系的教学、科研工作。
二级学院和系科可以从以下三个方面探讨它们的区别。
一、级别不同
大学中设置的系科，一般来说级别上低于学院，由一个或几个性质相近的专业组成，两至三个系又组成一个学院。大学内也有规模较大与学院平级的直属系。
大学中设置的二级学院，与直属系一样是大学内设单位，包含多个相近的学科专业或学系，拥有相对独立的文化特征和管理权责。
二、规模不同
在规模上，从专业设置数量、学院师生人数，到设备设施和建筑占地面积，学院总体来说是大于系科的。上世纪80年代以来，一批规模较大、办学水平较高的教学科研型或研究型大学，纷纷由学系改组成为学院，升级的基本条件之一就是对学院规模有一定要求，如招生规模、教师数量和比例、实验室硬件设施、有硕士学科点、国家实验室、毕业生的论文水平和存档情况等，达到一定规模的基础上才可以从系科升级为二级学院。
三、功能及承担的任务不同
大学的系科主要承担组织教学和人才培养，具体科研项目及实验室建设等任务。
当系升级为二级学院后，以学院为主体，其所具有的功能和承担的任务都有了更大的外延，扩展到高层次人才培养、学科建设、科学研究及科技开发等领域，并因涵盖领域的扩大，不断形成交叉学科、边缘学科、新兴学科，通过创新学科，促进社会和经济发展。
进一步的，学院的社会服务功能日益显著，实现社会化办学，加速高科技应用型人才的培养和科研成果向生产力转化。
通过以上比较可以看出，系科具有专业性、学科性，以人才培养为主，小而精专的建设模式；学院则具有实体性、发展性、特色性和包容性等特点，有自身的学院文化，助力学科建设、科学研究及社会经济建设。（图片源自网络）
本文参考文献：
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