相传在遥远的东海域，有一个被称作黄金大海贼的男人，名叫邬南，在聚集了世界上三分之一的黄金后，邬南将黄金藏在一个不知名的小岛，便不知道了去向，海贼们争相寻找这个藏满黄金的小岛。
而拥有音波果实的能力者黄金龙船长，通过邬南曾经的手下找到了藏宝图，正前往黄金岛寻找宝藏，与此同时正在航行的路飞一行人出现了粮荒，娜美正盘算着如果找到邬南留下的宝藏。忽然，船上出现了小偷，路飞等人蒸鱼小偷对抗之时，小偷的老大黄金龙船长出现，使出一记声波攻击，将路飞一行人都打落进了海里。
在海上，路飞和索隆就起了一个叫做飞男的男孩子，飞男很崇拜邬南，希望能够找到他并且成为他的手下。飞男带着路飞和索隆一起回到了开关东煮小店的爷爷家里，二人见到关东煮大吃特吃，却没钱付账，于是就被飞男爷爷绑了起来。
而飞男总是埋怨爷爷不让他去做自己想做的事情，于是和爷爷起了口角，一气之下又走了，因为帽子被飞男拿走，于是路飞赶忙去追，拿到草帽后，路飞鼓励飞男要变得强大起来，于是他们开始一同寻找邬南的宝藏。正在他们迷路被困的时候，忽然听见远处的巨大声响，于是赶过去发现了邬南的城堡。
并与娜美、乌索普二人汇合，原来黄金龙船长发现了城堡，正打算毁掉城堡，挖出金子来，路飞想要保护邬南的宝藏，却没想到被一拳打飞，好在娜美发现了他，帮忙解开了锁链。接着路飞一行人发现了宝藏的真正所在地，并在前往的途中，遇到了飞男的爷爷，原来飞男的爷爷与邬南年轻的时候是好兄弟。
因为邬南立志要成为一名大海贼，掠夺世界上坏人的财富，而飞男的爷爷只想做出世界上最好吃的关东煮，于是二人分道扬镳，飞男爷爷也希望找到邬南。
在于黄金龙船长恶战了之后，终于来到了邬南的藏宝地点，但是进去之后众人发现，邬南早已经变成了一具白骨，而他在墙上的遗言写着，收集来的黄金也全部都还回去了，这些年航海的宝贵财富不是那些没有情感的黄金，而是收集黄金的冒险经历。
最后，路飞一行人离开了黄金岛继续航行，而飞男也开始理解爷爷，并决定像爷爷一样，认真的对待生活。《黄金岛冒险》作为《海贼王》的第一部剧场版动画，在那个剧场版市场还没有兴起的时代，也算是开启了先河。
别管是什么样的人生，只要肯认真对待，那么你的人生就是精彩的，就是值得自豪的。
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