码头的船只驶入又离开，在这个平平无奇的日子里纽特来到了这里，他的手里提着一只普普通通的行李箱，他坐在甲板的椅子上，看着远处越来越清晰的自由女神像眼里越来越兴奋。
突然，脚边的行李箱动了一下，扣着的扣子竟然自己打开了，里面可能是小动物，纽特耐心的低头对着箱子说了声我们马上到了，再等等好吗？得到了回应纽特便不再说什么。
安全人员在一一检查，轮到纽特工作人员需要开箱检查，纽特不但不慌张还贴心的为他们打开扣子。箱子里竟然只有整齐的衣物和日常用品，通过了检查，纽特提起箱子离开了码头。
反巫师运动，这一切源于1692年的塞勒姆女巫审判案，这一起由黑化巫师导致的冤案，造成了20多名女巫的死亡。而对魔法一无所知的麻瓜们来说，魔法是个可怕的东西，拥有神奇力量的动物们自然是要被屠杀的。
纽特行走在纽约的街头，看着繁华的地貌喧嚣的城市，他看到了先进与文明。经过一家银行门口他被小型集会所吸引，玛丽做着演讲反对巫师和神奇动物出现在这所城市、
纽特挤进人群，不小心撞到了一个戴着帽子的女人蒂娜。纽特听着台上的演讲不知在想些什么，可箱子里的小东西开始不安分了。
嗅嗅喜欢闪闪发光的东西，它跑进了银行里。此时的玛丽注意到了纽特问他为什么来参加这个宴会，心急嗅嗅的纽特只好说自己是路过，纽特匆匆跑进银行，为了不让嗅嗅引起骚乱，他坐在椅子上，另一边坐了一个看起来很不安的男人雅各布，他是为了开面包店而来，为了通过审核他特地带了一箱子的面包，和纽特的很像。
纽特新不在意的回答着雅各布的问题，眼神四处搜寻嗅嗅，他终于发现嗅嗅躲在沙发底下，准备偷走一只沙皮狗的项圈，纽特想待会嗅嗅却让它跑了，嗅嗅跑到了一辆堆满了金币的校车上坐着被送进了金库里。
纽特为了找嗅嗅，不小心把一枚蛋落在了座位上雅各布带着蛋寻找到纽特，蛋即将孵化的时候，纽特施了魔法将他们送到了僻静的地方，一只蓝色的鸟蛇破壳而出。
为了待会嗅嗅，纽特不停的施魔法带着雅各布一起，就在他准备消除雅各布的记忆时，雅各布竟然提起箱子跑了，普通人突然经历这么刺激的事件肯定还是会惊慌。
蒂娜看到了这一切，她曾经是魔法世界国会的一名傲罗，她用违反了魔法法律的名义带走了纽特。
拿错箱子的雅各布意外的打开箱子里面乱七八糟的动物破坏了雅各布的住所，雅各布被咬伤晕倒，蒂娜他们赶来带走了雅各布。
奎妮可以读取别人的想法，雅各布的爱意也没有逃过奎妮的眼睛。纽特带着雅各布领略了不一样的世界，震惊中的雅各布感觉自己的世界得到了刷新，有蛋壳是纯度很高的银子的鸟蛇，个头迷你的护树罗锅，纽特的的衣领上一直藏着一只护树罗锅，他还带着一只蜷翼魔。除此之外，还有一只体型巨大，可以感知危险的雷鸟。纽特检查了一下，发现除了嗅嗅之外，隐形兽也不见了。
动物园里一只正在寻找配偶的雌性毒角兽，就是这只毒角兽撞破了动物园的围墙和大门，里面的动物四散而逃，纽特和雅各布去到了动物园，自己在手腕上撒上了雄性毒角兽的气味液体，可是雅各布却打翻了液体导致毒角兽飞向了雅各布。
在舔了一口雅各布之后，毒角兽还是被收进来了箱子里。他们俩随后也进入了箱子，蒂娜出现把箱子带走。
玛丽收养了许多孤儿，她利用孤儿为自己宣传反巫师言论。克雷登斯受魔法国会的一个巫师格雷夫斯的利用，他想要通过克雷登斯找到一个默默然。
默默然的本身很有天赋，但因为别的原因而压抑了天赋的人，内外扭曲产生的怪物就是默默然，寿命很短一般不会超过十岁，攻击力超强。
魔法国会的人在纽特的箱子里找到了被冻结的默默然，那只是纽特为了救小女孩而带回来了，现在却成了被判死刑的证据。
在护树罗锅和其他动物的帮助下，他们刚跑出来却被出卖，纳尔拉克作为商人自然知道谁更值钱，四人再一次逃过追铺，刚好找到了一直正在给鸟蛇喂食的隐形兽。
格雷夫斯没想到克雷登斯竟然是一个默默然而且实力强大，克雷登斯用实际行动让格雷夫斯明白了自己的错误。克雷登斯开始大肆破坏纽约城，纽特和朋友们赶到想帮助克雷登斯，可是却被格雷夫斯打破了计划。
为了维护和平，塞拉菲娜带着巫师们出现了，他们举起了魔法杖杀死了本可以得到帮助的克雷登斯。格雷夫斯见自己的希望破灭，准备逃跑却被纽特的蜷翼魔制服，原来他就是臭名昭著的黑巫师。
最后，目睹了这一切的人们都被消除了记忆，一切仿佛没发生般的恢复了平静。
比起《哈利•波特》的少年学院幻想系，《神奇动物》是标准的成人冒险童话，掺杂了一点悬疑和一点点惊悚戏，还多了一份人文关怀，例如对心理扭曲者的同情，对珍稀生物的保护意识，对异类的开放与接纳……
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