魏忠贤死前被公布罪状、发配凤阳，途中自缢。崇祯上台后对魏忠贤的这一处置赢得了圣明之君的欢呼颂扬。然而，17年后，在李自成攻破北京城前夕，崇祯却下密旨收葬魏忠贤的遗骸，墓址就选在了魏忠贤生前早已看好的香山碧云寺。
平心而论，魏忠贤为巩固个人权势，未免有党同伐异、残忍歹毒的罪恶一面，但从他曾经力排众议、大胆起用辽阳战败后遭受谗言的熊廷弼，不徇私情、果断罢免宁锦一战中畏缩不出的袁崇焕，抛开私怨、违心推荐赵南星、孙承宗等一批能臣直臣等致使辽东局势平稳。
崇祯即位的时候，海内难民揭竿四起、关外清兵虎视眈眈，在这种内忧外患的严峻形势下，朝廷迫切需要一位魏忠贤这样富有处理军国大事经验和把握动荡时局能力的“能人”来独当一面，虽然无法扭转国势日衰、积重难返的败亡趋势，但也不至于在短时间内坍塌崩溃。但崇祯为了整饬内政和平息民愤，更是为了报仇雪恨和独掌大权，借着朝廷文武大臣的“倒魏”怒潮，以迅雷之势彻底肃清了以魏忠贤为首的阉党集团。
魏忠贤死后，崇祯起用了倡导儒家思想的东林党人，但在国内动荡、边关危急的存亡之际，那些擅长空谈、治国乏术的文人儒将能有什么作为。尽管崇祯志向远大、励精图治、宵衣旰食、事必亲躬，但他既无治国之谋，又无任人之术，加上他严苛、猜忌、多疑，对大臣动辄怒斥、问罪、砍头、凌迟，其残忍和冷酷与魏忠贤相比，有过之而无不及。因为不相信文武百官，崇祯还频繁地调整官吏，17年间他竟然换了17个刑部尚书和50个内阁大学士。无奈之下，崇祯只好培植私人势力，重新起用大批更加腐朽无能的太监，最终导致“十万太监亡大明”的历史悲剧。
崇祯十七年三月十四日，也就是他煤山上吊自杀殉国前的第五天，崇祯在大势已去、大厦将倾的绝望中，听到太监曹化淳说“忠贤若在，时事必不至此”。无力回天的崇祯在精神上彻底崩溃了，于是下令收葬魏忠贤遗骸，既是对魏忠贤价值的重新肯定，也是对自己17年执政生涯的全盘否定。康熙四十年，魏忠贤墓被康熙皇帝下令夷平，这又是后话了。
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