影片讲述德川幕府时代，日本政府对天主教施行的弃教政策，利用残酷的刑罚迫使天主教徒放弃信仰。1549年耶稣会士沙勿略登上日本国土传教，仅仅几十年信徒已达60万，还派出过两次遣欧使节团，前往罗马参谒教宗。这不得不引起政府的重视，主要原因有，一方面天主教不愿意像佛教那样入乡随俗，和日本本土神组成神佛受到政府的控制，另一方面在人事变动上，天主教只听从教会的安排。这就会出现一个现象，一旦统治阶级信奉天主教后他就可能不再听从幕府的命令和召唤，这给幕府带来巨大的麻烦，因此德川时代的禁教活动愈发频繁和残酷。
《沉默》剧照
影片就是在这种背景下开始的，两名传教士听闻自己的师傅菲利佩弃教，不顾危险远渡重洋去日本寻找菲利佩，此时的日本仍有不少天主教信徒，两名神父的到来，似乎燃起了这些信徒心中的圣火。影片过程中展示了各种残酷的迫害手法，如绑在十字架上放入海水中任凭冲击，少则一日多则几日才会死去；将人倒吊进一个洞里，脖子上割开一个小口，让血液慢慢流出，好几天才可完全死透。这些残酷的刑罚并没有让天主教徒屈服，他们认为是为主而死，均倍感荣耀，这让幕府认识到，这种方法是不能彻底清除人们的信仰的。想要彻底消灭天主教只能从根上切断，因此迫使传教士放弃信仰，是最直接有效的方法。
罗德里格斯遭出卖被抓后，眼看着众多追随他的信徒死去，上帝一直在沉默，但这并没有让他放弃信仰，他一直在祈祷希望上帝不再沉默。直到菲利佩的出现，他告诉罗德里格斯日本是片沼泽，无法生根发芽，日本人只信人不信神。记得《菊与刀》中讲到过，日本人对于天皇的崇拜超过了所有，但天皇终究是人，所以对于日本人来说超脱的神并不存在，看不见摸不着的东西日本人是不信的。最后迫使罗德里格斯弃教的关键是他可以解救濒死的信徒，这让他觉得他化身上帝解救了众生。
弃教后的罗德里格斯和师傅菲利佩一直生活在日本，帮日本政府审查海关的贸易货物是否夹带天主教的私物，直到死去，按照佛教的规矩日本人将他火化，但镜头扫过他合十的双手时，紧握手中的十字架熠熠发光。幕府很成功的抑制了天主教的扩张，这是符合日本社会的发展规律的，但信仰是一种超脱的精神意志，它不可能被磨灭和杀死。两者不能说谁战胜了谁，只能是在各个阶段双方取得了自己想要的结果而已。
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