近期很多房地产客户咨询关于转让在建工程时，在计算销项税额时，究竟能否扣除土地价款?其实，这个问题主要是针对房地产企业转让营改增后项目进行讨论，本以这是有准确答案的问题，但是，最近听到了不同声音和疑问，那小编带大家一起分析下。
案例
甲房地产公司为一般纳税人，2017年通过招拍挂手续取得目标地块土地使用权1000万元，2020年正式开工建设，2021年5月共计发生建设成本500万元。甲公司将项目转让给乙公司，项目转让价款5000万元。甲公司如何计算销项税额?
分析：很多人认为甲公司转让的是未完工的在建工程项目，而非自行开发的完工产品，认为后续乙公司若继续进行项目开发，则将会重复抵减土地价款。因此不能按照(国家税务总局公告2016年第18号)规定，在计算销项税额时，可以扣除对应的土地价款。
但是，小编认为甲公司转让在建工程，在计算销项税额时，可以扣除对应的土地价款。即甲公司确认的增值税销项税额为：
(5000-1000)/(1 9%)*9%=330.28万元。
1.房地产企业销售项目，无论项是转让完工产品还是转让未完工产品，与计算销项税额时，均可扣除对应的土地价款，即便销售的为在建工程项目，也是属于项目所有权的整体销售和转移，在转让环节，完成项目的整体销售行为。
2.从增值税的整体抵扣链条来看，甲公司支付的土地价款，取得是政府开具的土地出让金票据，政府部门无法开具增值税专用发票，导致甲公司无法取得合规的增值税专用发票进行抵扣，故会导致甲公司增值税抵扣链条中断，税务总局发布的(国家税务总局公告2016年第18号)文件规定，完善了增值税的整体抵扣链条。
3.无论后续乙公司继续开发房地产项目，作为乙公司而言，是取得的在建工程项目，而非单纯的土地使用权，甲公司将项目整体转让给乙公司时，向乙公司开具项目“转让不动产”增值税专用发票，乙公司取得专票，可以作为进项税抵扣即可，此时与土地价款无关，故不存在重复抵减土地价款的问题。
4.针对房地产企业转让在建工程项目，适用一般计税方法，在计算销项税额时，能否扣除对应的土地价款，国家税务总局2018年第二季度政策解读现场给予明确回复：
问题:我们是一家房地产企业，近期准备转让一个尚未完工的在建工程项目,这个项目适用增值税般计税方法。转让该在建I程项目，对应的土地价款允不允许差额扣除?如何扣除?
回复:房地产开发企业一次性转让尚未完工的在建工程，该工程项目适用一般计税方法的,以取得的全部价款和价外费用，一次性扣除向政府部门支付的土地价款后的余额计算缴纳增值税。
来源：中道财税 作者：焦宗欣
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