幻影工作室计划在87版动画完结后让神龟重返小屏幕，于是便有了1997年的电视剧《下一次变种》（The Next Mutation），剧中引入一位女性神龟维纳斯。《下一次变种》的制作水准低劣，因为预算有限，质量明显低于真人电影，仅播出一个季度，就在1998年寿终正寝。
Image出版的《忍者神龟》原作漫画第三部，沦为黑历史
《忍者神龟》原作漫画第二部停刊后，幻影工作室于1996年将第三部授权给Image集团。当时漫画界正处于黑化虐心之风盛行的年代，Image版《忍者神龟》也没能跳出这一俗套：里奥纳多断手、拉斐尔毁容、多纳泰罗变成了义体人（Cyborg）、斯普林特变成了蝙蝠……第三部的剧情在1999年以烂尾告终，彼得·莱尔德对这次交易感到后悔，他把Image的授权收回，并将第三部打入黑历史。2000年，神龟陷入空前的黑暗时代——漫画、动画、游戏、电影、电视剧……一切官方作品都陷入了死寂。凯文把属于自己的大部分神龟版权和幻影工作室股权卖给了彼得，保留的一小部分也在2008年最终卖出，宣告凯文与幻影正式一刀两断。
《忍者神龟》原作漫画第四部
2001年，彼得亲自上阵，开始连载《忍者神龟》原作漫画第四部，剧情设定在第二部的15年后。2004年，《忍者神龟传奇》第二部开始连载，填补这15年的时间线空缺。
2001年幻影交给华纳的TV动画草案设定图
彼得在2001年绞尽脑汁，试图让神龟的影视作品复活，他构思出一套人设类似初期原作漫画的TV动画方案，与华纳展开谈判，遭后者回绝。
彼得还找到专营游戏和3D动画的Rainbow工作室，制作了一段5分钟的3D试播集，试图发展成新的TV动画，依然没人感兴趣。同年，幻影和吴宇森联系，希望凭借这位名导的力量复活真人电影，双方的谈判同样以失败告终。
2003年，全新的《忍者神龟》TV动画终于开播，掀起了第二次神龟狂潮。这一次的制作方变为4 Kids，彼得担任监制，为剧情付出巨大心血。与87版偏离原作的路线不同，03版是最忠于漫画原作的TV动画，风格高龄化，单元剧变少，故事线更长、连贯性更好，对于观众也就更有嚼头。人设方面，神龟的双眼不再画出瞳孔，身材也更加高大健壮。收录的彩蛋以致敬漫画为主，甚至包括沦为黑历史的Image版，颇为有趣。
本片强调战斗场面。施莱德能力空前强大，成为充满威严的魔王，他的手下韩（Han）也是一号劲敌，肌肉比牛头猪面更加发达，头脑却不简单。87版动画中没能登场的女忍卡莱终于亮相，成为重要角色。
03版动画前4季的阿特姆施莱德
03版动画的很多元素取材自漫画，设定上与漫画的最大区别在于施莱德。前4季的施莱德真名并非小禄崎，而是屈瑞尔（Ch’rell），一个臭名昭著的外星战犯，种族从地球人变为阿特姆。斯普林特的身份与漫画相同，依然是滨户良的宠物老鼠，而非滨户良本人。但由于施莱德变为阿特姆，没有必要围绕唐慎争风吃醋，滨户良的情敌变为另一名人类真纸鱼幸雄（Yukio Mashimi）。幸雄杀害了唐慎，并投靠施莱德，沦为叛徒，导致滨户良死于施莱德之手，他的宠物老鼠斯普林特逃出生天，率领神龟展开复仇。
03版改编漫画，Dreamwave出版
03版动画的改编漫画交给了以《变形金刚》闻名的Dreamwave，水平值得称道，可惜只发行了7本，Dreamwave就因为财力不济倒闭了，没能成为类似阿奇版的常青树，给读者留下一声叹息。
作为老牌合作伙伴，KONAMI全平台出击，迅速推出03版游戏，动画和游戏一唱一和的二重奏再现江湖。
《忍者神龟》（2003版）（TMNT）
主机版使用卡通渲染技术，帧数稳定，仅支持双打，可以施展合体技。画面没有分屏的设定，视角随两个主角的距离自动拉远，因为本作无法四打，视角拉的比续作更近，看起来更舒爽。招式类似《无双》系列，通过轻重攻击的组合施展不同的连续技，冲刺可以取消当前攻击动作，跳空技除了追打还可以击飞油桶炸翻敌人。远距离引爆油桶则需要借助手里剑，这种忍者必备的小道具扰敌性能不错，就算场景内缺乏油桶，也可以给敌人造成硬直，附有雷电和爆炸属性的特殊手里剑效果更佳。
本作的变革可谓喜忧参半。四位主角的招式有了明显区别，特别是多纳泰罗，真正做出了长棍远近皆能、变化多端的特色，但关卡冗长，敌人重复度较高，爽快感不如2D时代。相较《无双》系列，四名神龟的能力又缺乏成长性，没有经验值的设定，加剧了反复刷敌的烦躁感。本作提供了一些隐藏内容，如特殊服装、原画收集、挑战模式、单挑模式，然而这一堆噱头对耐玩度的提升显然比不过《无双》系列的RPG元素。
游戏的演出效果倒是不错，剧情由当时热播的TV动画浓缩而成，新增大量原创部分，日本方面为此特意制作了全新的2D过场动画，人设与TV版保持一致，作画质量比TV版更好。配音采用动画原班人马，表现出色，唯一的问题在于战斗中神龟经常喊出搞笑台词，频率太高，略显吵闹，这个问题一直延续到此后KONAMI乃至UBI的续作。
GBA版自然是传统的2D卷轴清版游戏，关卡没有纵深，主角只能向左右两个方向移动，同屏敌人不多，但强化了招式。新增二段跳、蓄力技、挑空技和下段技，四名主角拥有不同的特技，这一次不需要为了解密而切换角色，四位神龟拥有自己的专属关卡、小游戏和BOSS，将四个角色的独立剧情打穿后，才能面对最终BOSS施莱德，这样的设定让游戏充满了新鲜的感觉，也导致流程较短。无法通过联机线双打是本作最大的遗憾，这一点显然不如GBA同期的《双截龙》。
《忍者神龟2：战斗连接》（TMNT 2：Battle Nexus）
2004年末的续作，副标题《战斗连接》源自动画中连接不同空间的宇宙锦标赛，敌人也随着动画的推进变得更加丰富。本作的最大卖点是四人合作，每个角色都具备不同的特技，解密时四位神龟都是不可或缺的，如果玩家凑不齐四个人，空缺的角色交给电脑接管，也可以在需要时将操作权切换给玩家。画面效果依然不错，即使屏幕上有四名神龟，帧数依然基本稳定在60。
能力方面，新增二段跳，冲刺附带让敌人眩晕的特效，四位神龟还学会了不同的蓄力攻击，这也是BOSS战的主要攻击手段，选择合适的神龟面对BOSS可以起到事半功倍的效果。新增道具水晶在限时和永久两个方面提升角色能力，比如蓝色水晶的限时效果为无限手里剑，永久效果为提升手里剑携带上限。过关评价会统计玩家搜集的道具，累计到一定程度就可以学会新技能。关卡中的隐藏宝物除了披萨、等回复HP的食物之外，还可以解锁隐藏服装。
游戏共40多关，由过场动画穿插，数量乍一看不少，但多数关卡的长度都比较短，有时甚至没有动画长，原创动画的质量比起前作也有所下降。关卡的探索元素更多，提供分支，过场动画的剧情可能会出现顺序混乱的情况，这也是自由度变高带来的副作用，制作组并没有安排好流程顺序。本作的平台跳跃部分明显增加，经常甚至给人一种玩《马里奥》的错觉，移动平台和传送带数量太多，喧宾夺主。四名神龟共享一条HP，一个人挂了，所有人都要重来，这个问题在平台跳跃部分尤其严重。
附加模式方面，生存模式可以解锁部分水晶和宝物，每一轮系统会提供手里剑或HP补充，玩家需要利用好这些资源，击败一波又一波的敌人。初代街机版作为隐藏要素被收录在光盘中，偶尔会出现拖慢但整体效果尚可，最大的遗憾在于KONAMI没有重新购买87版动画的版权，导致音乐和语音被迫更换，没能做到原汁原味。
GBA版《战斗连接》则出乎意料引入了大量潜入元素，关卡迷宫化，初始状态下主角没有自己的标志性武器，只有扰敌用的手里剑，需要利用潜入技巧回避正面冲突，拿到武器之后才能堂堂正正与敌人正面对决。各类小游戏和BOSS战依然健在，还收录了类似《索尼克》的竞速模式和18个限时挑战关。如果《忍者神龟》这四个字在游戏领域对你而言仅代表清版过关，那么GBA版自然不适合你的口味，如果你愿意尝试其他类型，本作就值得一玩。
《忍者神龟：变种格斗》（TMNT：Mutant Melee）
2005年初发售，类似《能量宝石》的乱斗游戏，场景里有很多可破坏的物件，打碎后可以发现强化道具，部分家具和装饰品也可以举起来当作武器丢出去。游戏的模式还算丰富，也有不少隐藏要素，甚至收录了幻影工作室的第一本漫画，但即使如此，本作依然充满了赶工痕迹。角色模型粗糙、帧数不稳，地图设计、操作延迟和攻击判定也存在问题。
《忍者神龟3：变种噩梦》（TMNT 3：Mutant Nightmare）
2005年末的正统续作，也是KONAMI的最后一款《忍者神龟》新作。系统方面综合了前两代的特点，四人合作仍在，每一位神龟拥有独立的四条HP，新增合体技，可以迅速清理掉成群的杂兵，或对BOSS造成大量伤害。神龟动作更敏捷，操作手感更好，初始状态就提供大量招式，保留了水晶升级的设定，并引入变身和商店系统。关卡回归传统的章节制线性设计，平台跳跃元素相较2代大幅削减，避免喧宾夺主。
街机版《时空神龟》作为隐藏要素收录于光盘中，音乐和配音同样换成了03版，画面存在拖慢问题。这个毛糙的官方街机模拟器把四个投币位与四个手柄接口直接绑定，必须通过更换手柄接口选择角色，在没有分插的情况下，PS2只能连接两个手柄，无法使用多纳泰罗和拉斐尔，让人哭笑不得。
NDS版《变种噩梦》的画面和GBA的前作基本相同，战斗时允许多名神龟合作。下屏用于显示地图，偶尔会碰到转阀门、输入密码等简单的谜题，缺乏有趣的触摸应用。地图的规模比前作更大，但拉长的节奏也容易让玩家失去新鲜感。游戏给人的感觉更像2.5代而非3代，并没有体现出从GBA到NDS应有的提升。
清版过关这一类型在PS2时代的人气显然不如FC和SFC时代，三年来，神龟游戏销量呈递减状态，此后03版动画继续向后推进，然而KONAMI没有推出新作，仅在GBA上将两款游戏打包成合集敷衍了事。2007年，随着全新动画电影的上映，神龟的游戏改编权正式交给UBI。
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