滤过是一种机械除菌的方法，将液体或空气通过含有微细小孔的滤器，只允许小于孔径的物体，如液体和空气通过，大于孔径的物体不能通过。主要用于一些不耐热的血清、毒素、抗生素、药液、空气等除菌。一般不能除去病毒、支原体和细菌的L型。
滤过的效能的大小，取决于滤菌器滤孔的大小以及滤菌器的电荷等因素。常用的滤菌器有以下几种：
1）张伯朗滤菌器：目前少用。
2）伯克非尔滤菌器：目前少用。
3）蔡氏滤菌器：为金属圆筒漏斗状，滤过部分是用石棉制成的滤板。滤板按滤孔的大小分三型，即K、EK、EK-S。K型滤孔最大，用于液体的澄清；EK型滤孔较小，一般常用此型滤板除菌；EK-S型滤孔最小，能阻止较大的病毒通过。
4）玻璃滤菌器：漏斗形玻璃制成，其滤板部分是以不同号数的玻璃细粉用一定压力压制而成，并镶嵌在玻璃漏斗中，滤板孔从0.15～250µm不等，一般为G1、G2、G3、G4、G5、G6六种规格，G5、G6可阻止细菌通过。
5）薄膜滤器：常用的滤膜是由硝化纤维素酯或高分子聚合物制成，装于滤器上，其孔径大小不一，除菌过滤孔径不应大于0.22µm。常用于气体、液体的除菌，操作时应在无菌环境下进行。
现常用一次性针式滤器（无菌）进行滤过除菌，滤器一端为注射器接口，另一端为滤出端。使用前用注射器回抽插入滤器的注射器接口，推动注射器推进器，若有阻塞感，说明滤器完好可用。滤过液体时，要保证滤出端及其边缘绝对无菌，切不可接触任何物品。
非一次性针式滤器可反复使用，洗涤时不能泡酸液，用2%NaOH泡6～12小时，或者煮沸20分钟，常规冲洗干净，烘干（60℃以下）备用。使用前首先装好滤膜，安装时注意光面朝上；然后用注射器回抽注入检查膜是否破损，安装好膜后将螺旋稍微拧松一些，放入金属盒内（或用牛皮纸包装），外层用纸包装，灭菌备用。注意在超净台内取出，使用时应立即将螺旋旋紧。
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