生物有机肥的特殊作用是通过具有特殊功能微生物菌种的“特殊功能”来实现的，而这种特殊功能主要表现在以下几个方面：促进植物生长、提高植物防病抗病能力、提高肥料利用率、提高植物抵抗力、修复土壤、降解农药。
一，提高植物防病抗病的能力，在病原菌中主要有三种作用方式：1。拮抗作用。拮抗物质直接控制病原菌的生长。2.竞争效应。从营养吸收利用方面控制致病菌的生长。一般这种菌种生长很快。3.寄生效应。以病原菌为寄生，直接寄生在病原菌身上导致病原死亡。这三种防病方法往往是交叉的。
二，在目前的生物有机肥市场上，肥料利用率的提高已得到宣传，主要是固氮、解钾和活磷。固氮作用主要有三类：1共生固氮 2.自生固氮。3.联合固氮。
三，保水抗旱、修复土壤、降解农药等功能。对这类生物有机肥功能的宣传相对较少，主要是经销商和农民对这一功能的关注度较低，厂家通过宣传这类功能来吸引消费者可能性小，所以市场上看到的并不多。
通过以上分析可以看出，生物有机肥的特殊功能主要集中在三个方面：促进植物生长，提高植物防病抗病能力，提高肥料利用率。
