砀山南站位于安徽省宿州市砀山县薛口村，由中国铁路上海局集团有限公司徐州直属站管辖，站房建筑面积5000平方米。
砀山南站建筑方案设计以砀山之名为构思源点，通过厚重坚实的体量关系和个性鲜明的黑与白色彩运用，以简洁流畅的空间曲线勾勒出富于变化而又规整统一的现代徽派建筑语言，将山之坚毅隐化于特征鲜明、简约大气的建筑造型之中。
2009年12月，国家发改委批准新建郑州至徐州铁路客运专线项目建议书。砀山南站是徐兰高速铁路郑徐段在安徽设置两站之一，另一站为萧县北站。
2012年3月6日下午，徐兰高速铁路郑徐段砀山南站建筑方案征求意见座谈会在县政府三楼会议室举行，经过商谈、协调和对接，最终“敲定”了徐兰高速铁路郑徐段砀山南站建筑方案。
2016年9月10日，连通东西部多条铁路干线的徐兰高速铁路郑徐段正式通车运营。
2019年11月26日，砀山南站启用电子客票。
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