猕猴桃是一种具有重要经济价值和营养价值的新兴藤本果树，其果实中维生素C含量极高，长期以来被冠以“水果之王”和“维C之王”之美誉。大约在100年前，猕猴桃在传入新西兰后开始人工驯化和广泛栽培，现已在中国、新西兰、意大利和智利等10多个国家大规模种植，成为风靡全球的高端水果之一。
其实，我国才是猕猴桃的原产地，种质资源十分丰富，据调查在全国分布的猕猴桃属植物有52种之多。结合自身特有优势，立足本土重要物种，我国猕猴桃产业虽然起步晚，但近年来得到了蓬勃发展，基础研究方面也取得了显着成绩。随着高通量检测技术的快速发展，猕猴桃相关的生物学数据朝着多组学、多维度的层面快速积累，为猕猴桃品质改良和遗传育种奠定了坚实的基础，将是猕猴桃研究的一个宝贵资源库。而目前，用于分享猕猴桃生物学数据的主要在线平台却仍是2015年发布的第一版基因组数据库KIR（Kiwifruit Information Resource，http://kir.atcgn.com），只收录了第一个猕猴桃基因组数据“Hongyangv2.0”。
近日，由安徽农业大学刘永胜教授、北京农学院郑轶教授和美国康奈尔大学BoyceThompson 研究所费章君教授共同领导，整合了来自猕猴桃属3个猕猴桃种4个基因组版本的基因组数据，并开发生物信息流程对基因进行了详尽的功能注释，以及整合数十个猕猴桃种的转录组等多组学数据，构建了一个最新版本的猕猴桃基因组数据库KGD（Kiwifruit Genome Database，http://kiwifruitgenome.org/）。该数据库是基于Tripal系统开发的，Tripal是GMOD社区开发的一款针对基因组遗传数据的内容管理系统。Tripal系统最大的优势是利用模块化设计，实现了同一个功能模块在不同组学数据库中使用，避免了重复开发。该团队开发了基因组共线性浏览器SyntenyViewer，基因富集分析等模块。除了用于KGD外，还应用于葫芦科基因组数据库、蔷薇科基因组数据库等众多基于Tripal开发的组学数据库。同时，KGD内嵌了基于Apache Solr的基因组“搜索引擎”，实现对相关组学数据的高度集成、检索、比较和智能分析，不再让大量的猕猴桃生物学数据束之高阁。
Fig. 1: Gene feature page in KGD.
Fig. 2: Search functions in KGD.
KGD数据库的建立必将有效促进广大科研工作者对猕猴桃现有组学数据资源的利用，辅助猕猴桃的分子育种和品种改良，共同促进科学事业的发展。但该数据库的开发仍有一点遗憾，其服务器目前放在美国康奈尔大学，可能会导致国内用户在特定时间段的使用不顺畅。接下来，KGD开发者将争取尽快把后台数据迁移到国内或在国内做一个镜像，便于国内用户快捷使用。
KGD数据库以题名Kiwifruit Genome Database (KGD): a comprehensive resource for kiwifruit genomics发表在Horticulture Research。安徽农业大学园艺学院副教授岳俊阳博士和康奈尔大学刘佳澄为论文的共同第一作者，北京农学院生物信息中心郑轶教授、安徽农业大学刘永胜教授和美国康奈尔大学BoyceThompson研究所费章君教授为论文共同通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金，安徽省自然科学基金，以及美国自然科学基金等资助。
文章链接：
https://www.nature.com/articles/s41438-020-0338-9
About Horticulture Research
Horticulture Research 是由南京农业大学与自然出版集团（现Springer Nature）合作创办的英文期刊，是Nature旗下唯一的园艺领域专刊。所有关于园艺作物的基础和理论研究都可以投稿。Horticulture Research 科睿唯安JCR2019影响因子：5.404，位于园艺一区（第1/36名），植物科学一区（第16/234名），遗传学一区（第24/177名）。2019年中科院期刊分区（基础版）：位于园艺小类一区，植物科学小类一区，农林科学大类一区（Top期刊）。
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