孔子的祖先是殷商王室的微子启。微子启与殷纣王是亲兄弟。纣王昏乱残暴，微子启劝谏失败后离开了他。商朝灭亡后，周成王把微子启安置在宋。这样，孔子的先世由王室之尊变为诸侯。从微子启四传至宋湣公，其长子叫弗父何，次子叫鲋祀。
宋湣公没有将君位传给儿子，而是传给弟弟炀公，鲋祀大为不满，把叔父炀公除掉了。鲋祀欲立其兄弗父何为君，弗父何拒不接受，鲋祀于是成为厉公，弗父何为卿。孔子的先世就这样又变为卿。
正考父是弗父何的曾孙，是宋国的戴公、武公、宣公的三朝上卿。他为人谦逊，受命时态度相当恭敬。正考父的儿子孔父嘉，是孔子的六世祖。孔父是其字，嘉是其名，他的后人把他的字做为姓氏。
在孔父嘉这一代，孔子的先世变故巨大。宋穆公时，孔父嘉位居大司马。孔父嘉是宋穆公、殇公两朝大司马，与其父同样地位显赫。孔父嘉的妻子非常美丽，鲁桓公元年（公元前711年），宋国的太宰华父督有一次在路上见到孔父嘉之妻，大为惊讶，惊叹世上还有如此美丽的女人，并开始日夜思念。第二年春天，华父督命人把孔父嘉杀掉，到他家抢走其妻。孔父嘉的曾孙逃到鲁国避难，在鲁国做防大夫，所以叫孔防叔。孔氏奔鲁就失去了卿位。从此由贵族公卿降为士族，从此孔家衰落。
孔父嘉被杀后，其子木金父在鲁国的陬邑落户，从此变为鲁国人。木金父以落难异国贵族子弟身份来到鲁国，自然不会很快引起鲁国政府的重视，所以他和他的儿子两代为平民。第三代人孔防叔在鲁国贵族臧孙氏家为家臣，出任防邑宰。防位于曲阜以东三十里，是臧孙氏的采邑，故人们都叫他防叔。防叔之孙叔梁纥任陬邑宰，陬邑宰是国家任命的正式地方官，比家臣的防邑宰荣耀。
叔梁纥就是孔子的父亲，后来叔梁纥任陬邑大夫，也是贵族中最低的一个阶层。
叔梁纥早年与鲁国的施氏成亲，共生育了九个女儿，没有儿子。后来娶的妾终于生了一个儿子，名叫孟皮，又叫伯尼。孟皮脚有毛病，走路有些跛。叔梁纥觉得这个孩子将来会有失他的武士身份，于是想再娶一个夫人，再生一子。于是叔梁纥向颜氏求婚，此时他已六七十岁了。颜氏把三女儿颜征在许配给了叔梁纥，后来颜征在生了一男孩，这就是孔子。
孔子出生那天是鲁襄公二十二年的农历八月二十八，刚出生的孔子头顶中间低，四周高，像山丘一样，所以取名曰丘。孔子母亲在尼丘山求子后生的孔子，且排行老二，所以孔子字仲尼。
